PDB-7vkk: Crystal structure of D. melanogaster SAMTOR V66W/E67P mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vkk

タイトル

Crystal structure of D. melanogaster SAMTOR V66W/E67P mutant

要素

S-adenosylmethionine sensor upstream of mTORC1

キーワード

TRANSFERASE / SAMTOR / SAM

機能・相同性

S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase Bmt2-like / 25S rRNA (adenine(2142)-N(1))-methyltransferase, Bmt2 / S-adenosyl-L-methionine binding / negative regulation of TORC1 signaling / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-adenosylmethionine sensor upstream of mTORC1

機能・相同性情報

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.55 Å

データ登録者

Zhang, T. / Ding, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Molecular mechanism of S -adenosylmethionine sensing by SAMTOR in mTORC1 signaling.
著者: Tang, X. / Zhang, Y. / Wang, G. / Zhang, C. / Wang, F. / Shi, J. / Zhang, T. / Ding, J.

履歴

登録	2021年9月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vkk.cif.gz	208.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vkk.ent.gz	166.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vkk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vkk_validation.pdf.gz	478.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vkk_full_validation.pdf.gz	485.5 KB	表示
XML形式データ	7vkk_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	7vkk_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vkk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vkqC 7vkrSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine sensor upstream of mTORC1

B: S-adenosylmethionine sensor upstream of mTORC1

ヘテロ分子

70.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-adenosylmethionine sensor upstream of mTORC1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: S-adenosylmethionine sensor upstream of mTORC1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.494, 168.494, 168.494
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine sensor upstream of mTORC1 / dSamtor / Probable methyltransferase BMT2 homolog 分子量: 35067.242 Da / 分子数: 2 / 断片: trasnferase / 変異: V66W, E67P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Samtor, CG3570 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9W138, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5 詳細: 1.8 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, and 2% (v/v) PEG monomethyl ether 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.55→37.68 Å / Num. obs: 9792 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 3.55→3.68 Å / R_merge(I) obs: 0.813 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 950 / CC_1/2: 0.686

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VKR

7vkr

解像度: 3.55→37.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 75.369 / SU ML: 0.511 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.643 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2748	485	5 %	RANDOM
R_work	0.2255	-	-	-
obs	0.2279	9250	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.71 Å² / B_iso mean: 84.687 Å² / B_iso min: 61.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.55→37.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3843	0	28	0	3871
B_iso mean	-	-	88.47	-	-
残基数	-	-	-	-	521

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	3956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.198	1.962	5407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.93	5	515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.706	23.265	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.345	15	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.772	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	630
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2980

LS精密化シェル

解像度: 3.55→3.641 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	32	-
R_work	0.271	665	-
all	-	697	-
obs	-	-	96.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3408	0.5225	0.0737	1.5887	-0.7188	1.0775	0.1671	-0.0797	-0.0465	0.094	-0.1677	-0.0026	0.1053	0.006	0.0006	0.1396	-0.0118	-0.0448	0.032	-0.0143	0.1237	-10.0621	-40.8639	50.3071
2	0.6688	0.4034	0.746	0.7355	0.5834	0.9067	-0.0127	0.1103	0.0458	0.0486	-0.0428	-0.1917	-0.0182	0.0613	0.0555	0.016	-0.0065	-0.0309	0.0694	0.0162	0.2643	7.5316	-14.2409	47.1356

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 297
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	41 - 287

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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