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- PDB-7vkq: Crystal structure of D. melanogaster SAMTOR in the SAH bound form -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vkq | ||||||
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Title | Crystal structure of D. melanogaster SAMTOR in the SAH bound form | ||||||
![]() | S-adenosylmethionine sensor upstream of mTORC1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SAMTOR / SAH | ||||||
Function / homology | ![]() S-adenosyl-L-methionine binding / negative regulation of TORC1 signaling / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases / methyltransferase activity / methylation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tang, X. / Zhang, T. / Ding, J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular mechanism of S -adenosylmethionine sensing by SAMTOR in mTORC1 signaling. Authors: Tang, X. / Zhang, Y. / Wang, G. / Zhang, C. / Wang, F. / Shi, J. / Zhang, T. / Ding, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 383.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 311.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 40.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 57 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7vkkSC ![]() 7vkrC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35012.164 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: trasnferase Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9W138, Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases #2: Chemical | ChemComp-SAH / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.82 Å3/Da / Density % sol: 32.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: evaporation / pH: 5 Details: 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, and 20% (w/v) PEG 8,000. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 17, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.09→49.49 Å / Num. obs: 54989 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 2 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 6.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.09→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4909 / CC1/2: 0.678 / % possible all: 78.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7VKK Resolution: 2.094→41.022 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 21 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 75.94 Å2 / Biso mean: 26.4826 Å2 / Biso min: 6.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.094→41.022 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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