+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vkr | ||||||
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Title | Crystal structure of D. melanogaster SAMTOR in complex with SAM | ||||||
Components | S-adenosylmethionine sensor upstream of mTORC1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SAMTOR / SAM | ||||||
Function / homology | Function and homology information S-adenosyl-L-methionine binding / negative regulation of TORC1 signaling / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases / methyltransferase activity / methylation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Tang, X. / Zhang, T. / Ding, J. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2022 Title: Molecular mechanism of S -adenosylmethionine sensing by SAMTOR in mTORC1 signaling. Authors: Tang, X. / Zhang, Y. / Wang, G. / Zhang, C. / Wang, F. / Shi, J. / Zhang, T. / Ding, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7vkr.cif.gz | 372.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7vkr.ent.gz | 306.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7vkr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7vkr_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7vkr_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 7vkr_validation.xml.gz | 36 KB | Display | |
Data in CIF | 7vkr_validation.cif.gz | 51.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vkr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vkr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7vkkC 7vkqC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35340.430 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Samtor, CG3570 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9W138, Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases #2: Chemical | ChemComp-SAM / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.79 Å3/Da / Density % sol: 31.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: evaporation Details: 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, and 20% (w/v) PEG 8,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 4, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→43.322 Å / Num. obs: 51008 / % possible obs: 88.5 % / Redundancy: 4.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3585 / CC1/2: 0.602 / % possible all: 59.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.1→43.322 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 24.41 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 98.05 Å2 / Biso mean: 29.5429 Å2 / Biso min: 6.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→43.322 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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