PDB-7vjs: Human AlkB homolog ALKBH6 in complex with Tris and Ni

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vjs

タイトル

Human AlkB homolog ALKBH6 in complex with Tris and Ni

要素

Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 6

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALKBH6 / alpha-ketoglutarate / oxidoreductase activity / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / dioxygenase activity / focal adhesion / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.792 Å

データ登録者

Ma, L. / Chen, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the interactions and epigenetic functions of human nucleic acid repair protein ALKBH6.
著者: Ma, L. / Lu, H. / Tian, Z. / Yang, M. / Ma, J. / Shang, G. / Liu, Y. / Xie, M. / Wang, G. / Wu, W. / Zhang, Z. / Dai, S. / Chen, Z.

履歴

登録	2021年9月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vjs.cif.gz	61 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vjs.ent.gz	39 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vjs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vjs_validation.pdf.gz	777.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vjs_full_validation.pdf.gz	777.6 KB	表示
XML形式データ	7vjs_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	7vjs_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/7vjs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/7vjs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vjvC 3thpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mit-2 4o7x-d 4rcj-d 1lmh-d 4x2w-2 6bhv-1 4fvs-1 7kaa-d 7kys-3 4es5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 6

ヘテロ分子

27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.374, 64.212, 88.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 6 / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 6 分子量: 27469.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALKBH6, ABH6 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) 参照: UniProt: Q3KRA9, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q3KRA9, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 25643 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 31.5
反射シェル	解像度: 1.79→1.82 Å / Num. unique obs: 2131 / CC_1/2: 0.612

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3THP

3thp

解像度: 1.792→19.724 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.208 / WR_factor R_work: 0.192 / SU B: 2.262 / SU ML: 0.07 / Average fsc free: 0.9271 / Average fsc work: 0.9297 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2144	1261	4.965 %
R_work	0.1969	24135	-
all	0.198	-	-
obs	-	25396	99.06 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.654 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.024 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.027 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.792→19.724 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1562	0	8	89	1659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.467	1.654	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.305	1.563	3572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.203	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.463	19.167	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.416	15	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.212	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	364
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	756
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	733
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.147	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.923	2.319	821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.865	2.314	819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.796	3.46	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.806	3.463	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.482	2.529	800
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.48	2.53	801
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.905	3.691	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.903	3.692	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.905	27.128	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.853	27.024	1668

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.792-1.82	0.271	94	0.269	1671	X-RAY DIFFRACTION	94.6888
1.82-1.838	0.177	12	0.247	292	X-RAY DIFFRACTION	86.6097
1.838-1.889	0.286	90	0.241	1712	X-RAY DIFFRACTION	99.2291
1.889-1.943	0.271	103	0.235	1652	X-RAY DIFFRACTION	99.4334
1.943-2.003	0.214	96	0.196	1598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.003-2.069	0.196	91	0.203	1578	X-RAY DIFFRACTION	99.8803
2.069-2.141	0.231	77	0.199	1554	X-RAY DIFFRACTION	99.8164
2.141-2.222	0.227	64	0.184	1478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.222-2.312	0.208	78	0.19	1421	X-RAY DIFFRACTION	99.8003
2.312-2.415	0.215	80	0.175	1358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.415-2.532	0.181	69	0.184	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.532-2.669	0.214	62	0.183	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.669-2.83	0.232	63	0.203	1192	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-3.024	0.226	54	0.186	1123	X-RAY DIFFRACTION	100
3.024-3.266	0.188	49	0.2	1066	X-RAY DIFFRACTION	99.9104
3.266-3.575	0.176	58	0.196	972	X-RAY DIFFRACTION	99.6132
3.575-3.994	0.179	36	0.181	879	X-RAY DIFFRACTION	99.2408
3.994-4.606	0.185	33	0.167	795	X-RAY DIFFRACTION	98.1043
4.606-5.626	0.252	28	0.187	668	X-RAY DIFFRACTION	97.3427
5.626-7.893	0.313	24	0.245	538	X-RAY DIFFRACTION	98.4238

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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