[日本語] English
万見
- PDB-7vjm: Aca1 in complex with 19bp palindromic DNA substrate -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vjm
タイトルAca1 in complex with 19bp palindromic DNA substrate
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*A)-3')
  • anti-CRISPR-associated protein Aca1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / CRISPR / anti-CRISPR / anti-CRISPR-associated / DNA binding / autoregulation / TRANSCRIPTION / Aca1 / complex / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / HTH cro/C1-type domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Liu, Y.H. / Zhang, L.S. / Wu, B.X. / Huang, H.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for anti-CRISPR repression mediated by bacterial operon proteins Aca1 and Aca2.
著者: Liu, Y. / Zhang, L. / Guo, M. / Chen, L. / Wu, B. / Huang, H.
履歴
登録2021年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2021年10月13日ID: 7C0H
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: anti-CRISPR-associated protein Aca1
A: anti-CRISPR-associated protein Aca1
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9054
ポリマ－30,9054
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area12680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.710, 42.710, 362.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4

-
要素

#1: タンパク質 anti-CRISPR-associated protein Aca1


分子量: 9319.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
遺伝子: JBD30_036 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7P845
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*T)-3')


分子量: 6123.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*A)-3')


分子量: 6142.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2M di-Ammonium tartrate; 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 6553 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 62.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / Num. unique obs: 878 / CC1/2: 0.98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7FA3

7fa3


解像度: 3→29.79 Å / SU ML: 0.3809 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.2855
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2536 340 5.26 %
Rwork0.1949 6130 -
obs0.1981 6470 85.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1151 797 0 0 1948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412069
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6882968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0345323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.9054551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.780.33031460.2312764X-RAY DIFFRACTION80.08
3.78-29.790.22631940.18033366X-RAY DIFFRACTION90.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00850733590576-0.0143993359041-0.03048698518570.07235140652890.07298935380760.0951709517054-0.216148580814-0.155000045476-0.04268193053050.0802766219321-0.001899497260090.1623556831270.825127367461-0.00374882749119-0.0107827894380.3512882375530.08230988236640.1019835955160.4775000688210.1966541141980.5535765859038.00098312203-19.9311489627-15.4029943334
20.05097398039950.04761411147850.005832806965680.0802324589292-0.03615474009580.0592660759198-0.229113851408-0.4851372825380.2870881559280.1961099423490.359659381728-0.0535379074447-0.2039470779920.182881288724-0.001304716311170.2787498748010.05069431260240.09117364021030.658665222030.011420840320.3187146511338.67670421758-6.29901537718-11.2428832308
30.004970389088190.01299215518560.00202778779670.0373860469471-0.004170035665260.0217522230467-0.188291168573-0.133900959032-0.127002602378-0.0265644918467-0.2992805092440.6935206903810.0570506372813-0.195444144564-0.000717687066320.325035774103-0.0630917047079-0.03458976540940.53717210467-0.05831159996460.543063347063-1.86164196502-9.88082527538-20.0447757221
40.000222273930897-0.00493280171626-0.00131210891929-0.00493749891512-0.0004778539088990.0031312408121-0.0700565534768-0.287451748123-0.2948321168110.292367226060.002034247016380.01984423832020.0366884259850.134641655703-0.05070420621330.1287339421680.6132270441830.2536116420860.5595038998640.06719493436740.30320458874314.894882403-17.4605186686-12.2812857546
50.0381884734450.0500450469498-0.05625266986870.223707840848-0.2528898192860.5827838706370.0310648350492-0.4346914683830.1133274278510.04348168612260.253002464846-0.134437937140.004065220175520.1816769567280.1811906024260.211172292559-0.01843903873990.05608502918791.08478432524-0.1485763880450.49103117747724.5938184493-8.77240133346-14.4150598513
60.03099093427260.0182788991815-0.07889923197410.0331554688622-0.0336770473920.4279907757090.0214897969228-0.3190880847130.22847771009-0.04022625966660.226928920945-0.4295897437940.004602372243610.7998656260580.435883643721-0.05972037741360.3472887417890.310348013750.845574498075-0.212414762910.2011478605823.8203787333-13.0060107704-30.1078043023
70.469668936879-0.0974120699186-0.168357676260.240960794649-0.120839418740.1772583899690.003757917614410.003081943587460.315624349499-0.1864255323760.142995280687-0.236378469222-0.09346438341910.1048893904490.08486599842870.151017777924-0.399354973097-0.008158777480030.510658839164-0.2798175694280.27163242649823.63790858890.0518625563734-30.9334961723
80.2980023881910.277270593733-0.3920763321080.284888242167-0.3123840454980.543102718310.0754228992655-0.0144871581248-0.676371697852-0.0677922446198-0.0978634098245-0.4275507608290.3918585394240.2048739792230.004737097492690.3530974104060.2518410496380.01222084636670.856058383424-0.01383299015950.4255281902424.0423936756-17.0310521798-20.2853032137
91.15011252414-0.07494447498570.1531909411060.535770925871-0.2517635007090.1321141518860.1128689787-0.3205067173020.319901672670.293020132202-0.1121349642430.256116397556-0.1590833951770.156083039001-0.03800719024110.3271480137470.1054494063880.1030514316650.898420358204-0.002739492199210.4216131246170.609169410474-3.29156025023-5.18323101204
100.01224504619380.01356077190010.003553811266610.0559581743739-0.02423190426870.006745225849870.144224957892-0.1753321954240.658660008241-0.3771102603780.0270641538148-0.26062427967-0.146751028181-0.2168659122390.0002981477550660.6938961251250.321096421150.03741925806280.8874207491770.1129696146160.661903707438-0.0930063514056.01950717565-21.7818239135
110.0108601188866-0.0169275359101-0.006182132309980.0435987432243-0.008846810029460.02570818726020.3470597344730.2356265408740.427537783293-0.48989870917-0.072414977597-0.105525753795-0.1359769964470.005060603994870.001398761112590.420386791919-0.0405450562860.09003064266320.357246097138-0.08720864380560.57046443611211.4890682333-3.38523365685-32.4254081234
120.02720503637140.0106374592966-0.002798762270740.004534555881210.0117700224306-0.002332545770340.2502236431410.0330954106218-0.120812707609-0.44118790358-0.0408911502787-0.2881858335780.160657643657-0.1697119760790.0002554564272880.7647631794950.1590376662740.03890836426940.718933065141-0.04932021764550.37354461061219.0726944953-8.92981277938-48.1084784604
130.01882193589810.0205197982293-0.01776040941110.01031033226460.007559561286380.03040331404090.205946949646-0.0273059118668-0.0856090905264-0.3039419538320.1502502785210.136777509653-0.1843156090970.007249876126510.0008224695790350.5188413018890.09646220988090.118092515720.61330576061-0.08208776442330.47565036340124.591934894-12.7057622457-41.0553993949
140.7860175123270.2344058926020.08926784301110.191332712731-0.3125420104680.962765072020.569587263298-0.1229837403730.497272465201-0.603661517770.1645446334620.0140852733498-0.258200090763-0.5462044438560.348580491520.4801929783970.08216218394350.07583647680830.3967070700990.09824297449690.4344225320018.299689038740.0386858471141-31.3698175779
150.3011115364430.140262687066-0.1782299894790.465623734989-0.5735323046630.7119388946990.27068204703-0.2163907411840.0621084648059-0.1178941681890.5636151451170.266105857495-0.337516719193-0.0336385633080.04463607248220.7986546462320.1112444192930.2426759349530.662028039093-0.109208422490.741452724475-1.915332932036.72976563207-8.65132066788
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 7 through 28 )BA7 - 281 - 22
22chain 'B' and (resid 29 through 50 )BA29 - 5023 - 44
33chain 'B' and (resid 51 through 62 )BA51 - 6245 - 56
44chain 'B' and (resid 63 through 78 )BA63 - 7857 - 72
55chain 'A' and (resid 6 through 17 )AB6 - 171 - 12
66chain 'A' and (resid 18 through 50 )AB18 - 5013 - 45
77chain 'A' and (resid 51 through 62 )AB51 - 6246 - 57
88chain 'A' and (resid 63 through 78 )AB63 - 7858 - 73
99chain 'D' and (resid 20 through 24 )DC20 - 24
1010chain 'D' and (resid 25 through 29 )DC25 - 29
1111chain 'D' and (resid 30 through 34 )DC30 - 34
1212chain 'D' and (resid 35 through 39 )DC35 - 39
1313chain 'C' and (resid 0 through 4 )CD0 - 4
1414chain 'C' and (resid 5 through 14 )CD5 - 14
1515chain 'C' and (resid 15 through 19 )CD15 - 19

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る