+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vjm | |||||||||
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Title | Aca1 in complex with 19bp palindromic DNA substrate | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION/DNA / CRISPR / anti-CRISPR / anti-CRISPR-associated / DNA binding / autoregulation / TRANSCRIPTION / Aca1 / complex / TRANSCRIPTION-DNA complex | |||||||||
Function / homology | Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / HTH cro/C1-type domain-containing protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Pseudomonas phage JBD30 (virus) synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | |||||||||
Authors | Liu, Y.H. / Zhang, L.S. / Wu, B.X. / Huang, H.D. | |||||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021 Title: Structural basis for anti-CRISPR repression mediated by bacterial operon proteins Aca1 and Aca2. Authors: Liu, Y. / Zhang, L. / Guo, M. / Chen, L. / Wu, B. / Huang, H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7vjm.cif.gz | 138.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7vjm.ent.gz | 87 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7vjm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7vjm_validation.pdf.gz | 423.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7vjm_full_validation.pdf.gz | 425.1 KB | Display | |
Data in XML | 7vjm_validation.xml.gz | 8 KB | Display | |
Data in CIF | 7vjm_validation.cif.gz | 10.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/7vjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/7vjm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7fa3SC 7vjnC 7vjoC 7vjpC 7vjqC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9319.603 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas phage JBD30 (virus) / Gene: JBD30_036 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: L7P845 #2: DNA chain | | Mass: 6123.977 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | | Mass: 6142.004 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.2M di-Ammonium tartrate; 20%(w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 29, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→30 Å / Num. obs: 6553 / % possible obs: 87 % / Redundancy: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 62.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 20.1 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.16 Å / Num. unique obs: 878 / CC1/2: 0.98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7FA3 Resolution: 3→29.79 Å / SU ML: 0.3809 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 26.2855 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 58.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→29.79 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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