PDB-7vi7: Crystal structure of GH3 beta-N-acetylhexosaminidase Amuc_2109 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vi7

タイトル

Crystal structure of GH3 beta-N-acetylhexosaminidase Amuc_2109 from Akkermansia muciniphila in complex with GlcNAc

要素

Beta-N-acetylhexosaminidase

キーワード

HYDROLASE / Akkermansia muciniphila / beta-N-acetylhexosaminidases / GH3 / Catalytic mechanism.

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Akkermansia muciniphila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Qian, K. / Yang, W. / Chen, X. / Wang, Y. / Zhang, M. / Wang, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Functional and structural characterization of a GH3 beta-N-acetylhexosaminidase from Akkermansia muciniphila involved in mucin degradation
著者: Qian, K. / Yang, W. / Chen, X. / Wang, Y. / Zhang, M. / Wang, M.

履歴

登録	2021年9月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vi7.cif.gz	153 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vi7.ent.gz	118.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vi7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/7vi7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/7vi7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vi6SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7vi6-2 7vi6-1 7vi7-2 5g3r-2 5ly7-1 5g2m-2 5g5k-2 5g3r-1 6s2x-1 5utp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (1) #76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-N-acetylhexosaminidase

B: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

79.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.243, 81.407, 125.836
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Beta-N-acetylhexosaminidase

分子量: 39479.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Akkermansia muciniphila (strain ATCC BAA-835 / DSM 22959 / JCM 33894 / BCRC 81048 / CCUG 64013 / CIP 107961 / Muc) (バクテリア)
遺伝子: Amuc_2109 / プラスミド: pET22b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: B2UPP0, beta-N-acetylhexosaminidase

#2: 糖

ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2M NaCl, 0.1M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: NFPSS

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9785 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 55640 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.13 / Χ²: 1.018 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 550049

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.07	10.2	1.441	5487	0.77	0.466	1.516	0.922	100
2.07-2.15	10.1	1.102	5486	0.857	0.359	1.16	0.892	99.9
2.15-2.25	9.9	0.776	5495	0.894	0.256	0.818	0.962	99.6
2.25-2.37	9.6	0.599	5509	0.938	0.201	0.633	1.018	99.9
2.37-2.52	10.3	0.392	5524	0.971	0.127	0.413	1.021	99.9
2.52-2.71	9.9	0.272	5525	0.983	0.09	0.286	1.025	99.9
2.71-2.99	9.7	0.181	5574	0.992	0.06	0.191	1.068	99.9
2.99-3.42	10.1	0.111	5563	0.995	0.036	0.117	1.1	99.5
3.42-4.31	9.7	0.072	5630	0.996	0.024	0.076	1.078	99.8
4.31-50	9.3	0.064	5847	0.997	0.022	0.068	1.1	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VI6

7vi6

解像度: 2→37.792 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2157	2812	5.07 %
R_work	0.1798	52679	-
obs	0.1816	55491	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.95 Å² / B_iso mean: 44.6756 Å² / B_iso min: 27.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→37.792 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5194	0	45	442	5681
B_iso mean	-	-	47.47	49.48	-
残基数	-	-	-	-	681

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.0342	0.3407	137	0.3155	2602	99
2.0342-2.0712	0.3432	149	0.295	2565	100
2.0712-2.111	0.3444	130	0.2714	2618	100
2.111-2.1541	0.3191	119	0.2454	2621	100
2.1541-2.201	0.2935	135	0.239	2636	100
2.201-2.2522	0.3329	158	0.2399	2560	100
2.2522-2.3085	0.3199	134	0.2357	2596	100
2.3085-2.3709	0.2963	102	0.224	2676	100
2.3709-2.4406	0.2689	131	0.2031	2613	100
2.4406-2.5194	0.2308	146	0.1972	2629	100
2.5194-2.6094	0.2352	161	0.1953	2584	100
2.6094-2.7139	0.2241	141	0.1978	2632	100
2.7139-2.8373	0.2356	151	0.1893	2635	100
2.8373-2.9869	0.2356	138	0.1888	2645	100
2.9869-3.1739	0.2387	137	0.1946	2639	99
3.1739-3.4188	0.1975	134	0.1758	2646	99
3.4188-3.7626	0.1806	157	0.1505	2640	100
3.7626-4.3064	0.175	172	0.1333	2647	100
4.3064-5.423	0.1706	141	0.1396	2713	99
5.423-37.79	0.1891	139	0.1738	2782	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)