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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vh1 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Machupo virus dimeric L-Z complex | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Polymerase / matrix protein / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / viral budding via host ESCRT complex / cap snatching / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport ...RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / viral budding via host ESCRT complex / cap snatching / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / viral budding from plasma membrane / virion component / outer membrane-bounded periplasmic space / host cell cytoplasm / periplasmic space / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA damage response / host cell plasma membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Machupo virus (ウイルス) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, X. / Ma, J. / Zhang, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure of Machupo virus polymerase in complex with matrix protein Z. 著者: Jun Ma / Shuangyue Zhang / Xinzheng Zhang / 要旨: The Arenaviridae family includes several viruses that cause severe human hemorrhagic fevers with high mortality, with no effective countermeasures currently available. The arenavirus multi-domain L ...The Arenaviridae family includes several viruses that cause severe human hemorrhagic fevers with high mortality, with no effective countermeasures currently available. The arenavirus multi-domain L protein is involved in viral transcription and replication and represents a promising target for antiviral drugs. The arenavirus matrix protein Z is a small multi-functional protein that inhibits the activities of the L protein. Here we report the structure of Machupo virus L protein in complex with Z determined by cryo-electron microscopy. The Z protein acts as a staple and binds the L protein with 1:1 stoichiometry at the intersection between the PA-C-like region, RNA-dependent RNA polymerase and PB2-N-like region. Binding of the Z protein may lock the multiple domains of L into a fixed arrangement leading to loss of catalytic activity. These results further our understanding of the inhibitory mechanism of arenavirus replication machinery and provide a novel perspective to develop antiviral drugs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vh1.cif.gz | 319.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vh1.ent.gz | 251.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vh1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/7vh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/7vh1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 253456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Machupo virus (ウイルス) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q6IUF8, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 54913.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Machupo virus (ウイルス) 遺伝子: malE, b4034, JW3994 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q6IUF9 | ||
#3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Machupo virus polymerase L in complex with matrix protein Z タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Machupo mammarenavirus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149686 / 対称性のタイプ: POINT |