PDB-7vf3: Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vf3

タイトル

Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB1m7 peptide

要素

Plexin-B1
Uteroglobin,PB1m7 peptide,Uteroglobin

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Plexin / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

polychlorinated biphenyl binding / negative regulation of interleukin-4 production / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / semaphorin receptor binding / response to silicon dioxide / phospholipase A2 inhibitor activity / response to ozone / negative regulation of osteoblast proliferation / response to fibroblast growth factor ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Sugano, N.N. / Hirata, K. / Yamashita, K. / Yamamoto, M. / Arimori, T. / Takagi, J.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: De novo Fc-based receptor dimerizers differentially modulate PlexinB1 function.
著者: Sugano-Nakamura, N. / Matoba, K. / Hirose, M. / Bashiruddin, N.K. / Matsunaga, Y. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Yamamoto, M. / Arimori, T. / Suga, H. / Takagi, J.

履歴

登録	2021年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年10月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vf3.cif.gz	489.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vf3.ent.gz	331.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vf3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7vf3_validation.pdf.gz	507.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vf3_full_validation.pdf.gz	515.9 KB	表示
XML形式データ	7vf3_validation.xml.gz	37.1 KB	表示
CIF形式データ	7vf3_validation.cif.gz	52.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/7vf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/7vf3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7vg7C 1utgS 5b4wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Plexin-B1

B: Uteroglobin,PB1m7 peptide,Uteroglobin

C: Plexin-B1

D: Uteroglobin,PB1m7 peptide,Uteroglobin

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Plexin-B1

B: Uteroglobin,PB1m7 peptide,Uteroglobin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
74.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Plexin-B1

D: Uteroglobin,PB1m7 peptide,Uteroglobin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	263.591, 263.591, 108.379
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22
Space group name Hall	I4bw2bw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: x+1/2,-y,-z+3/4 #5: -x+1/2,y,-z+3/4 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1,x+1/2,z+5/4 #11: y+1,-x+1/2,z+5/4 #12: x+1,-y+1/2,-z+5/4 #13: -x+1,y+1/2,-z+5/4 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-721- HOH
2	1	C-775- HOH

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Plexin-B1 / Semaphorin receptor SEP 分子量: 56661.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLXNB1, KIAA0407, PLXN5, SEP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43157
#2: タンパク質	Uteroglobin,PB1m7 peptide,Uteroglobin / Clara cell phospholipid-binding protein / CCPBP / Clara cells 10 kDa secretory protein / CC10 / ...Clara cell phospholipid-binding protein / CCPBP / Clara cells 10 kDa secretory protein / CC10 / Secretoglobin family 1A member 1 / Urinary protein 1 / UP-1 / UP1 / Urine protein 1 分子量: 17477.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PB1m7-grafted uteroglobin / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCGB1A1, CC10, CCSP, UGB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11684

#1: タンパク質

Plexin-B1 / Semaphorin receptor SEP

分子量: 56661.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLXNB1, KIAA0407, PLXN5, SEP / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43157

#2: タンパク質

Uteroglobin,PB1m7 peptide,Uteroglobin / Clara cell phospholipid-binding protein / CCPBP / Clara cells 10 kDa secretory protein / CC10 / ...

分子量: 17477.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PB1m7-grafted uteroglobin / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCGB1A1, CC10, CCSP, UGB / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11684

-
糖 , 1種, 2分子

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 152分子

#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M sodium acetate buffer, 20% PEG 400, 0.2M Calcium acetate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→47.41 Å / Num. obs: 84660 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.9 % / B_iso Wilson estimate: 44.88 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.45
反射シェル	解像度: 2.29→2.43 Å / 冗長度: 13.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.24 / Num. unique obs: 13445 / CC_1/2: 0.663 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER	v2.8.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B4W, 1UTG

5b4w

1utg

解像度: 2.29→47.41 Å / SU ML: 0.3053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.6512
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2257	4229	5 %
R_work	0.196	80286	-
obs	0.1975	84515	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→47.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7754	0	97	146	7997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	8045
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9319	10960
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0553	1212
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0082	1439
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.3417	1161

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.32	0.3144	135	0.3246	2559	X-RAY DIFFRACTION	96.77
2.32-2.35	0.3321	141	0.3176	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.35-2.38	0.3794	138	0.3222	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.38-2.41	0.3499	140	0.3029	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.41-2.44	0.345	139	0.3002	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.44-2.47	0.3116	141	0.2832	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.47-2.51	0.2912	137	0.2641	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.51-2.54	0.2858	140	0.2533	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.54-2.58	0.2771	140	0.2544	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.58-2.63	0.2954	140	0.2463	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.63-2.67	0.3262	139	0.2491	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.67-2.72	0.2839	140	0.2497	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.72-2.77	0.2817	141	0.248	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.77-2.83	0.2556	139	0.2424	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.83-2.89	0.2748	141	0.2449	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.89-2.96	0.2955	140	0.246	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.96-3.03	0.2728	142	0.2422	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.03-3.11	0.2809	139	0.2308	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.21	0.2686	141	0.2173	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.21-3.31	0.2606	141	0.2057	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.43	0.2405	141	0.193	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.43-3.56	0.2228	140	0.1958	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.56-3.73	0.196	142	0.1796	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-3.92	0.1751	142	0.1586	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.17	0.1845	142	0.1495	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.17-4.49	0.1714	143	0.1375	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
4.49-4.94	0.1494	143	0.1324	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.94-5.66	0.195	144	0.1581	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
5.66-7.12	0.2011	146	0.1807	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
7.12-47.41	0.1816	152	0.1833	2855	X-RAY DIFFRACTION	98.75

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.48641538596	0.248373346518	0.723349362903	2.26471718478	0.341779164341	3.06295439947	0.0364923257504	-0.107813207973	-0.144751960544	-0.0455645894271	0.0159268591947	0.211698504614	0.300439298937	-0.371223582337	-0.0622039415923	0.272446081183	-0.0013785688438	0.0473870630519	0.343007923162	0.0205003649553	0.280630328962	25.5810401886	-6.36979134901	23.8155123299
2	1.26210076963	-0.38364897569	0.490913722082	1.46376395636	-0.426490137308	2.54788919884	-0.0279449600316	0.172174062554	-0.0413143166005	-0.102737322992	-0.0124482430602	0.00212370865997	0.113032324001	0.0342279563241	0.0511860907512	0.283078403874	0.00166081680225	0.0303191019043	0.346655332489	-0.0139997249037	0.251625497164	30.6396644624	5.03200156738	0.46606819008
3	2.91093166806	1.41815078517	0.129213127418	2.1499294609	-0.252662411447	1.60648944076	0.046226379153	-0.143302756619	0.134954596184	0.274645670726	-0.0784813223127	-0.255857847192	-0.0467918769477	0.555905445809	0.025789875377	0.275560842374	0.0489567316047	0.00754912488195	0.578035665785	0.00240309316783	0.385210177154	55.7023596455	7.6345149671	22.9802615403
4	2.91742532359	-1.26488141742	2.56759116098	2.06156055657	-0.258967457064	2.73543431187	0.408469938222	-0.33240921134	-1.12195965948	-0.0231192213159	0.352976849076	0.401205753638	2.35865623465	-0.921037679168	-0.517316171564	0.840997794852	-0.0701207299573	-0.108680414455	0.71328092461	-0.036703668321	0.677103759548	37.6779729124	-14.9634264859	5.95108544395
5	8.48751137521	0.66804333657	-5.08832798538	0.940263149526	0.291489088062	3.57369373105	-0.017075791978	0.473171229987	-0.854406287126	-0.565874129422	-0.0132444855281	-0.810060325211	1.46954682961	0.144297035842	0.0717734362716	0.571515867023	0.130702270384	0.0905009520449	0.367285820741	-0.0455409901007	0.485414664576	41.6930703242	-13.0722193899	13.9290125472
6	1.56303554852	0.369185629655	1.09713768823	2.66216017607	0.303551952231	2.8907304072	0.0837643108035	-0.233283331324	-0.0549998068273	0.0627925917263	-0.0581159289369	0.238760071298	0.233480961716	-0.220578668012	-0.0134021269574	0.226306400991	0.00218700188627	0.0603961594121	0.358055104416	0.0172047498704	0.266108769767	28.5367579003	-3.7709443888	-30.9533882657
7	3.02073344079	-0.268905826589	-1.16637884159	1.62779194721	0.422589988744	4.51178014635	-0.138346221626	0.0202378645392	-0.0794949118396	0.0992936357017	0.1021599815	0.367019085698	0.398548717972	-0.432923216518	0.052035378075	0.226557990133	-0.000273239310841	-0.0165376022826	0.301144288194	0.0218122015262	0.264103717685	26.9201356015	1.2250939066	-46.9792158142
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11	5.51855168402	-0.538487037799	-1.51210245245	8.61573537666	0.564574079038	2.16099059126	0.206290254438	0.2844325325	-0.258337512489	-0.0726184058919	-0.0361874420254	-0.235216263521	1.31840892049	-0.233625543044	-0.177317649813	0.49293337482	0.0648431324495	0.0350460130522	0.48095526559	0.0100157721367	0.404680646784	44.2436348195	-11.9506932615	-40.7776644987

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 24 through 158 )	A	A	24 - 158	1 - 135
2	2	chain 'A' and (resid 159 through 397 )	A	A	159 - 397	136 - 360
3	3	chain 'A' and (resid 398 through 534 )	A	A	398 - 534	361 - 494
4	4	chain 'B' and (resid 100 through 106 )	B	B	100 - 106	1 - 7
5	5	chain 'B' and (resid 107 through 114 )	B	B	107 - 114	8 - 15
6	6	chain 'C' and (resid 24 through 170 )	C	C	24 - 170	1 - 147
7	7	chain 'C' and (resid 171 through 235 )	C	C	171 - 235	148 - 212
8	8	chain 'C' and (resid 236 through 397 )	C	C	236 - 397	213 - 361
9	9	chain 'C' and (resid 398 through 534 )	C	C	398 - 534	362 - 494
10	10	chain 'D' and (resid 100 through 106 )	D	D	100 - 106	1 - 7
11	11	chain 'D' and (resid 107 through 114 )	D	D	107 - 114	8 - 15

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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