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- PDB-7vdp: The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vdp
タイトルThe structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 1
要素
  • Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25
  • Cyclin-dependent-like kinase 5
キーワードTRANSFERASE / CDK5 / p25
機能・相同性
機能・相同性情報


superior olivary nucleus maturation / acetylcholine receptor activator activity / protein kinase 5 complex / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / regulation of cell cycle phase transition / Activated NTRK2 signals through CDK5 / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis ...superior olivary nucleus maturation / acetylcholine receptor activator activity / protein kinase 5 complex / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / regulation of cell cycle phase transition / Activated NTRK2 signals through CDK5 / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / layer formation in cerebral cortex / negative regulation of axon extension / neuron cell-cell adhesion / corpus callosum development / receptor catabolic process / cerebellar cortex formation / protein localization to synapse / regulation of dendritic spine morphogenesis / CRMPs in Sema3A signaling / NGF-stimulated transcription / ErbB-3 class receptor binding / synaptic transmission, dopaminergic / embryo development ending in birth or egg hatching / negative regulation of protein export from nucleus / motor neuron axon guidance / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / axon extension / axonal fasciculation / calcium ion import / regulation of synaptic vesicle cycle / regulation of synaptic vesicle recycling / phosphorylation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of neuron differentiation / tau-protein kinase activity / synaptic vesicle transport / dendrite morphogenesis / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / receptor clustering / central nervous system neuron development / synaptic vesicle exocytosis / negative regulation of cell cycle / oligodendrocyte differentiation / synaptic vesicle endocytosis / protein kinase activator activity / positive regulation of protein targeting to membrane / DARPP-32 events / alpha-tubulin binding / regulation of macroautophagy / beta-tubulin binding / ephrin receptor signaling pathway / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Schwann cell development / regulation of protein localization to plasma membrane / peptidyl-threonine phosphorylation / behavioral response to cocaine / skeletal muscle tissue development / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / synapse assembly / ephrin receptor binding / negative regulation of proteolysis / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of microtubule polymerization / sensory perception of pain / negative regulation of protein ubiquitination / ionotropic glutamate receptor binding / cerebellum development / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / axonogenesis / axon guidance / regulation of cell migration / protein serine/threonine kinase activator activity / cell-matrix adhesion / excitatory postsynaptic potential / hippocampus development / synaptic transmission, glutamatergic / filopodium / regulation of actin cytoskeleton organization / intracellular protein transport / Hsp90 protein binding / brain development / visual learning / neuromuscular junction / regulation of synaptic plasticity / tau protein binding / microtubule cytoskeleton organization / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / neuron migration / neuron differentiation / neuron projection development / cellular response to amyloid-beta / actin filament binding / p53 binding / rhythmic process / kinase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / cell junction / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 5 activator protein / Cyclin-dependent kinase 5 activator / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Cyclin-dependent kinase 5 activator protein / Cyclin-dependent kinase 5 activator / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-65L / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cyclin-dependent kinase 5 / Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Malojcic, G. / Clugston, S.L. / Daniels, M. / Harmange, J.C. / Ledeborer, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery and Optimization of Highly Selective Inhibitors of CDK5.
著者: Daniels, M.H. / Malojcic, G. / Clugston, S.L. / Williams, B. / Coeffet-Le Gal, M. / Pan-Zhou, X.R. / Venkatachalan, S. / Harmange, J.C. / Ledeboer, M.
履歴
登録2021年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent-like kinase 5
B: Cyclin-dependent-like kinase 5
C: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25
D: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,31926
ポリマ－113,2764
非ポリマー2,04222
水6,702372
1
A: Cyclin-dependent-like kinase 5
C: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,24623
ポリマ－56,6382
非ポリマー1,60821
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
2
B: Cyclin-dependent-like kinase 5
D: Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0733
ポリマ－56,6382
非ポリマー4341
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.370, 118.370, 155.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSASPASPAA3 - 2883 - 288
21LYSLYSASPASPBB3 - 2883 - 288
12SERSERSERSERCC147 - 29349 - 195
22SERSERSERSERDD147 - 29349 - 195

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Cyclin-dependent-like kinase 5 / Cell division protein kinase 5


分子量: 33306.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK5, CDKN5 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00535, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 5 activator 1, p25


分子量: 23331.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK5R1, CDK5R, NCK5A / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15078

-
非ポリマー , 6種, 394分子

#3: 化合物 ChemComp-65L / [1-[3-fluoranyl-4-[(2-piperidin-4-yloxy-1,6-naphthyridin-7-yl)amino]phenyl]pyrazol-3-yl]methanol


分子量: 434.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23FN6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07809 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月8日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→51.79 Å / Num. obs: 74979 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 24.9 / Num. measured all: 1501558
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.09-2.1418.41.42310144855250.7820.3391.4642.4100
9.35-51.79180.0281701794710.0060.02875.899.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.2データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3o0g

3o0g


解像度: 2.09→51.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.865 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 3645 4.9 %RANDOM
Rwork0.2009 ---
obs0.2022 71280 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 188.45 Å2 / Biso mean: 63.908 Å2 / Biso min: 27.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å2-0.09 Å2-0 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→51.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6820 0 131 372 7323
Biso mean--61.62 54.52 -
残基数----845
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0137095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0176824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.6579580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2091.5915734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5465836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16622.055365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.609151241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0561546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021619
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A85960.11
12B85960.11
21C36440.17
22D36440.17
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.144 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 260 -
Rwork0.256 5252 -
all-5512 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.84571.5974.11958.15452.183811.95690.1499-0.1396-0.43590.2947-0.1133-0.35580.58690.3411-0.03650.31110.04240.0310.1822-0.02360.312453.0003-47.046449.2382
23.19310.9219-0.29592.69970.41171.7711-0.0647-0.0628-0.3140.08680.0644-0.17220.23120.02490.00030.1027-0.013-0.03530.0849-0.00680.057447.4152-32.684854.072
32.309-0.02521.08631.89190.71474.574-0.0934-0.11350.09680.11260.0772-0.0012-0.165-0.08350.01620.12190.0077-0.05330.0236-0.03210.092452.8944-13.344965.7218
47.32365.27171.26577.1313-3.05274.9310.934-1.43630.22440.7649-0.39070.58040.0919-1.0587-0.54330.92770.44690.21521.45820.17851.039857.9523-44.11777.7914
56.65723.8920.02384.9812.18652.8423-0.4116-1.0873-0.85970.40290.01120.33690.4933-0.26910.40040.71080.27810.22170.91840.44960.704766.6368-52.734470.5765
64.8212-2.3003-0.78953.60580.87423.0136-0.4282-0.6686-0.20690.46250.4210.08520.31230.21660.00720.16730.1143-0.00980.3455-0.02610.160976.3641-40.069160.2775
72.007-3.5096-1.09148.3721-0.99995.01220.28320.11630.5483-0.4909-0.1689-0.9301-0.42090.298-0.11430.33830.0214-0.00830.52420.0580.367986.9281-40.401440.1393
83.29940.40010.10617.41944.00494.6085-0.1024-0.41370.87120.07390.3462-0.5637-0.4530.7022-0.24380.18490.0747-0.060.5221-0.21590.48989.2194-32.565358.9483
95.14873.28644.15318.63283.575.97290.0439-0.33790.52520.2973-0.13840.6169-0.4817-0.43860.09450.1617-0.02220.09210.3034-0.00530.136815.8839-38.134773.2412
102.1061-1.57050.77031.2047-0.77268.54590.099-0.2986-0.2111-0.0040.24380.20980.2502-0.3163-0.34280.1955-0.07840.05120.2580.06850.142712.0507-52.824369.5277
118.35551.81051.72592.48050.55770.4268-0.1564-0.299-0.04150.09990.0973-0.0273-0.0832-0.02950.05910.2906-0.0496-0.00710.27030.02980.122126.79-43.534179.7139
126.8049-3.46092.78845.5105-1.91142.64850.0007-0.15310.13210.21080.0365-0.2519-0.09960.1207-0.03720.2709-0.0681-0.0030.3012-0.00660.184735.7255-37.11478.4856
132.67392.39470.04213.3012-0.4251.19220.1-0.06130.00410.0455-0.04090.045-0.0982-0.055-0.05910.082-0.05480.00290.16160.00930.003724.7024-42.234666.9253
143.6862.39730.23838.1223-0.96473.5884-0.28760.1513-0.0715-0.38590.2501-0.6673-0.44190.47140.03760.2151-0.083-0.00980.42560.00940.225340.1054-39.037371.7298
152.44042.1932-0.35814.2972-1.22664.5536-0.1138-0.0916-0.4194-0.37720.0702-0.29010.63710.0820.04370.1125-0.04010.0180.1920.00880.088931.3891-44.187762.3615
167.32482.8602-3.69036.2691-3.53017.69630.12350.14410.6890.30770.1480.8269-0.3363-0.3732-0.27150.18050.07120.04630.212-0.01450.289417.5161-28.20865.9425
172.9615-0.02282.05390.0122-0.01541.49210.22280.4687-0.14940.06040.0577-0.07470.17650.0876-0.28051.25810.07810.12451.23540.12621.323674.1048-84.918161.538
185.9553-3.42963.43042.2613-1.8797.2326-0.1951-0.2802-1.2889-0.25130.55510.79141.3872-0.8442-0.361.4164-0.37950.07710.9482-0.12721.539268.7993-71.40750.9516
191.78471.56910.99561.9658-0.24342.85210.2596-0.0741-0.07880.04260.0224-0.02670.14150.0172-0.2820.76610.07860.10720.67340.08820.902378.0607-71.379265.397
201.8374-0.2708-0.93310.07190.13390.50170.34470.33570.6911-0.1924-0.05960.0254-0.0735-0.2851-0.28511.20180.09080.12170.96770.15921.39666.4954-73.799965.1445
215.04024.46232.7484.25652.17631.8562-0.234-0.6129-1.4544-0.55420.133-1.6105-0.0781-0.7250.1011.19290.09060.58151.1543-0.05682.456962.6957-65.357461.3121
221.40830.9717-1.68067.7050.62372.6033-0.19590.146-0.47830.54930.0654-1.10280.6746-0.09090.13050.92390.3439-0.03080.89640.34731.3180.771-68.100669.0624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3A158 - 291
4X-RAY DIFFRACTION4B3 - 31
5X-RAY DIFFRACTION5B32 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6B75 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7B220 - 247
8X-RAY DIFFRACTION8B248 - 288
9X-RAY DIFFRACTION9C146 - 162
10X-RAY DIFFRACTION10C163 - 170
11X-RAY DIFFRACTION11C171 - 187
12X-RAY DIFFRACTION12C188 - 197
13X-RAY DIFFRACTION13C198 - 237
14X-RAY DIFFRACTION14C238 - 245
15X-RAY DIFFRACTION15C246 - 277
16X-RAY DIFFRACTION16C278 - 293
17X-RAY DIFFRACTION17D147 - 173
18X-RAY DIFFRACTION18D174 - 197
19X-RAY DIFFRACTION19D198 - 211
20X-RAY DIFFRACTION20D212 - 234
21X-RAY DIFFRACTION21D235 - 259
22X-RAY DIFFRACTION22D260 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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