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- PDB-7v6h: Crystal Structure of the SpnL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v6h
タイトルCrystal Structure of the SpnL
要素Cyclopropane fatty-acyl-phospholipid synthase-like methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SpnL / Rauhut-Currier reaction / spinosyn A / Saccharopolyspora spinosa / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性: / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Cyclopropane fatty-acyl-phospholipid synthase-like methyltransferase
機能・相同性情報
生物種Saccharopolyspora spinosa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.054 Å
データ登録者Wu, H.-H. / Ko, T.-P. / Liu, H.-W. / Tsai, M.-D.
資金援助 台湾, 米国, 2件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan)AS-KPQ-109-TPP2 台湾
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 040541 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Evidence for an Enzyme-Catalyzed Rauhut-Currier Reaction during the Biosynthesis of Spinosyn A.
著者: Choi, S.H. / Jeon, B. / Kim, N. / Wu, H.H. / Ko, T.P. / Ruszczycky, M.W. / Isiorho, E.A. / Liu, Y.N. / Keatinge-Clay, A.T. / Tsai, M.D. / Liu, H.W.
履歴
登録2021年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclopropane fatty-acyl-phospholipid synthase-like methyltransferase
B: Cyclopropane fatty-acyl-phospholipid synthase-like methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2684
ポリマ－61,4992
非ポリマー7692
水00
1
A: Cyclopropane fatty-acyl-phospholipid synthase-like methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1342
ポリマ－30,7501
非ポリマー3841
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclopropane fatty-acyl-phospholipid synthase-like methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1342
ポリマ－30,7501
非ポリマー3841
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)177.351, 177.351, 116.252
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Cyclopropane fatty-acyl-phospholipid synthase-like methyltransferase


分子量: 30749.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora spinosa (バクテリア)
遺伝子: A8926_6440 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N3Y640
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 13408 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 3.05→3.1 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / Num. unique obs: 644 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.054→46.347 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 617 4.62 %
Rwork0.2038 --
obs0.2062 13348 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.054→46.347 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4112 0 0 0 4112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4835718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.972462
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075634
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009750
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.054-3.36110.38111700.30833085X-RAY DIFFRACTION98
3.3611-3.84730.27031140.24793194X-RAY DIFFRACTION99
3.8473-4.84640.24361600.20143183X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -38.1683 Å / Origin y: 22.934 Å / Origin z: -5.1144 Å
111213212223313233
T0.511 Å2-0.1686 Å20.058 Å2-0.7072 Å20.0489 Å2--0.6625 Å2
L1.2406 °20.0695 °20.7297 °2-0.6931 °2-0.3576 °2--3.3355 °2
S0.0119 Å °-0.4783 Å °-0.1214 Å °0.0784 Å °-0.1529 Å °-0.078 Å °0.0853 Å °0.2694 Å °0.1048 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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