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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v6d | ||||||
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タイトル | Structure of lipase B from Lasiodiplodia theobromae | ||||||
要素 | Lipase B | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta-hydrolases | ||||||
機能・相同性 | Alpha/Beta hydrolase fold / Lipase B 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lasiodiplodia theobromae (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Xue, B. / Zhang, H.F. / Nguyen, G.K.T. / Yew, W.S. | ||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021 タイトル: A Novel Lipase from Lasiodiplodia theobromae Efficiently Hydrolyses C8-C10 Methyl Esters for the Preparation of Medium-Chain Triglycerides' Precursors. 著者: Ng, A.M.J. / Yang, R. / Zhang, H. / Xue, B. / Yew, W.S. / Nguyen, G.K.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v6d.cif.gz | 151.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7v6d.ent.gz | 115.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v6d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7v6d_validation.pdf.gz | 752 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7v6d_full_validation.pdf.gz | 756.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7v6d_validation.xml.gz | 26.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7v6d_validation.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/7v6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/7v6d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6idyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45076.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lasiodiplodia theobromae (菌類) / 遺伝子: LIPB, DBV05_g2145 / プラスミド: pPIC9K / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: A0A5N5DNA6 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 % / Mosaicity: 0.12 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 60% MPD, 100 mM NaOAc, pH 4.6, 10 mM CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95373 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.95373 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→29.7 Å / Num. obs: 31233 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 37.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 425607 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6IDY 解像度: 2.5→29.7 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.1 Å2 / Biso mean: 43.7346 Å2 / Biso min: 20.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→29.7 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %
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