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- PDB-7v6d: Structure of lipase B from Lasiodiplodia theobromae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v6d
タイトルStructure of lipase B from Lasiodiplodia theobromae
要素Lipase B
キーワードHYDROLASE / alpha/beta-hydrolases
機能・相同性: / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Lipase B
機能・相同性情報
生物種Lasiodiplodia theobromae (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xue, B. / Zhang, H.F. / Nguyen, G.K.T. / Yew, W.S.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: A Novel Lipase from Lasiodiplodia theobromae Efficiently Hydrolyses C8-C10 Methyl Esters for the Preparation of Medium-Chain Triglycerides' Precursors.
著者: Ng, A.M.J. / Yang, R. / Zhang, H. / Xue, B. / Yew, W.S. / Nguyen, G.K.T.
履歴
登録2021年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase B
B: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6585
ポリマ－90,1542
非ポリマー5053
水2,126118
1
A: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5413
ポリマ－45,0771
非ポリマー4642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area620 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
2
B: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1172
ポリマ－45,0771
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.428, 162.639, 166.674
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Lipase B


分子量: 45076.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lasiodiplodia theobromae (菌類) / 遺伝子: LIPB, DBV05_g2145 / プラスミド: pPIC9K / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: A0A5N5DNA6
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 % / Mosaicity: 0.12 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 60% MPD, 100 mM NaOAc, pH 4.6, 10 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.7 Å / Num. obs: 31233 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 37.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 425607 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.6141.2024851734670.8540.3321.2472.2100
9.01-29.713.20.04896157310.9990.0140.0544.897.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IDY

6idy


解像度: 2.5→29.7 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 1554 4.98 %
Rwork0.1922 29663 -
obs0.1948 31217 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.1 Å2 / Biso mean: 43.7346 Å2 / Biso min: 20.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5422 0 30 118 5570
Biso mean--48.06 41.42 -
残基数----733
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5-2.580.29471500.242326492799
2.58-2.670.37561500.241326432793
2.67-2.780.32881410.234626472788
2.78-2.910.29621400.213826612801
2.91-3.060.28851490.215926562805
3.06-3.250.24361510.204726872838
3.25-3.50.2171410.186326582799
3.5-3.850.22751190.174627312850
3.85-4.410.1951450.158827032848
4.41-5.550.21111370.179127572894
5.55-29.70.231310.191928713002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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