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万見
- PDB-6y04: Crystal structure of beta-carbonic anhydrase isoform I (TvaCA1) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y04
タイトルCrystal structure of beta-carbonic anhydrase isoform I (TvaCA1) from the Trichomonas vaginalis protozoan.
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE / Druggable Enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Di Fiore, A. / De Simone, G.
引用ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2020
タイトル: Biochemical and structural characterisation of a protozoan beta-carbonic anhydrase fromTrichomonas vaginalis.
著者: Urbanski, L.J. / Di Fiore, A. / Azizi, L. / Hytonen, V.P. / Kuuslahti, M. / Buonanno, M. / Monti, S.M. / Angeli, A. / Zolfaghari Emameh, R. / Supuran, C.T. / De Simone, G. / Parkkila, S.
履歴
登録2020年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0334
ポリマ－39,9022
非ポリマー1312
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area14700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.300, 77.300, 90.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 182 / Label seq-ID: 1 - 182

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase / Carbonate dehydratase


分子量: 19951.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_005270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2ENQ8, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月8日 / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→41.9 Å / Num. obs: 12403 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 1.065 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.48-2.524.50.5725920.7770.2910.6461.07497.9
2.52-2.576.10.5816150.830.2520.6361.08299.8
2.57-2.628.10.5996080.880.2230.641.083100
2.62-2.679.50.5646110.9140.1910.5961.072100
2.67-2.7310.30.4695950.9520.1520.4931.086100
2.73-2.79110.4446120.9540.1390.4661.092100
2.79-2.8612.10.3956050.960.1180.4131.077100
2.86-2.9412.80.3486090.9750.1010.3631.096100
2.94-3.0313.50.3095950.9850.0870.3211.094100
3.03-3.1214.20.2446340.9890.0670.2531.071100
3.12-3.2415.60.226120.9910.0570.2281.03100
3.24-3.3717.30.196170.9940.0470.1951.063100
3.37-3.5217.30.1446100.9960.0350.1481.088100
3.52-3.717.30.1366120.9970.0330.141.041100
3.7-3.9417.20.1176350.9980.0290.1211.092100
3.94-4.2417.20.1026180.9980.0250.1061.043100
4.24-4.67170.0826280.9980.020.0851.026100
4.67-5.3416.80.0866470.9980.0210.0881.05100
5.34-6.7316.50.1016410.9980.0250.1041.049100
6.73-41.914.90.0827070.9980.0220.0851.06499.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G5C

1g5c


解像度: 2.48→41.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 10.216 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.345 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2572 944 8.1 %RANDOM
Rwork0.1981 ---
obs0.2026 10698 94.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.12 Å2 / Biso mean: 25.314 Å2 / Biso min: 5.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.37 Å2-0 Å20 Å2
2--2.96 Å20 Å2
3----1.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.48→41.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2790 0 2 64 2856
Biso mean--30.98 17.97 -
残基数----364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0122843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.011.633850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2295362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.75624.426122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88415520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1471510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022070
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5554 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.544 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 64 -
Rwork0.266 687 -
all-751 -
obs--84.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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