ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB SAINTデータスケーリング Show REFMAC5.5.0102精密化 Show PDB_EXTRACT3.1 データ抽出 Show APEXデータ収集 SAINTデータ削減 MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 2.6→23.9 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.902 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.794 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.5 / SU B : 14.691 / SU ML : 0.315 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / ESU R Free : 0.444 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLYRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.313 679 6.8 % RANDOM Rwork 0.22 - - - obs 0.226 9996 99.65 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 37.21 Å2 / Biso mean : 14.312 Å2 / Biso min : 2 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.2 Å2 0 Å2 -0 Å2 2- - 0.38 Å2 0 Å2 3- - - -0.18 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.6→23.9 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2448 0 131 20 2599
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.014 0.022 2697 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.524 2.089 3706 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.808 5 331 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg45.056 26.693 127 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg21.32 15 451 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg24.367 15 6 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.101 0.2 380 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.006 0.021 2094 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.513 1.5 1617 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it0.98 2 2574 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.582 3 1080 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it2.574 4.5 1124
Refine LS restraints NCS Dom-ID : 1 / Auth asym-ID : A / Ens-ID : 1 / 数 : 848 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
タイプ Rms dev position (Å)Weight position MEDIUM POSITIONAL0.57 0.5 MEDIUM THERMAL1 2
LS精密化 シェル 解像度 : 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.388 58 - Rwork 0.285 676 - all - 734 - obs - - 100 %