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- PDB-7v4f: Unique non-heme hydroxylase in biosynthesis of nucleoside antibio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v4f
タイトルUnique non-heme hydroxylase in biosynthesis of nucleoside antibiotic pathway uncover mechanism of reaction
要素Beta-hydroxylase
キーワードANTIBIOTIC / caprazamycin / MraY / beta-hydroxylase
機能・相同性Aspartyl/asparaginy/proline hydroxylase / Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase / Isopenicillin N synthase-like superfamily / metal ion binding / Chem-5KC / CARBON DIOXIDE / : / SUCCINIC ACID / Beta-hydroxylase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. MK730-62F2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Li, T.L. / Saeid, M.Z.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2022
タイトル: beta-Hydroxylation of alpha-amino-beta-hydroxylbutanoyl-glycyluridine catalyzed by a nonheme hydroxylase ensures the maturation of caprazamycin
著者: Zadeh, S.M. / Chen, M.H. / Wang, Z.C. / Astani, E.K. / Lo, I.W. / Lin, K.H. / Hsu, N.S. / Adhikari, K. / Lyu, S.Y. / Tsai, H.Y. / Terasawa, Y. / Yabe, M. / Yamamoto, K. / Ichikawa, S. / Li, T.L.
履歴
登録2021年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Beta-hydroxylase
A: Beta-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,87710
ポリマ－42,1822
非ポリマー6968
水3,081171
1
B: Beta-hydroxylase
ヘテロ分子

B: Beta-hydroxylase
ヘテロ分子

A: Beta-hydroxylase
ヘテロ分子

A: Beta-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,75520
ポリマ－84,3634
非ポリマー1,39116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z+1/21
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area6210 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area29560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.049, 82.049, 103.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-205-

FE

21B-343-

HOH

31A-349-

HOH

41A-355-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Beta-hydroxylase


分子量: 21090.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. MK730-62F2 (バクテリア)
遺伝子: cpz10
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpGUT1 (その他)
参照: UniProt: C4NCJ7

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非ポリマー , 5種, 179分子

#2: 化合物 ChemComp-5KC / (2S,3S)-2-azanyl-4-(2-hydroxy-2-oxoethylamino)-3-oxidanyl-butanoic acid


分子量: 192.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#5: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium sulfate 12% V/V PEG 8K 10 mg

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→26.48 Å / Num. obs: 25823 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.905 / Net I/σ(I): 33.5
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / Num. unique obs: 2497 / CC1/2: 0.907

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P7X

4p7x


解像度: 1.98→26.46 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 3041 7.89 %
Rwork0.1911 --
obs0.1959 25285 81.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→26.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2772 0 4 171 2947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.133869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.342391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065419
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007511
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.010.3263880.26231024X-RAY DIFFRACTION51
2.01-2.040.2832880.25181019X-RAY DIFFRACTION52
2.04-2.080.3445890.25041044X-RAY DIFFRACTION53
2.08-2.120.2888890.23931048X-RAY DIFFRACTION53
2.12-2.160.3223950.22981066X-RAY DIFFRACTION54
2.16-2.20.2584910.23191080X-RAY DIFFRACTION55
2.2-2.250.2859970.22881128X-RAY DIFFRACTION57
2.25-2.30.26971040.22151272X-RAY DIFFRACTION64
2.3-2.360.3341240.20871505X-RAY DIFFRACTION75
2.36-2.420.28961540.21981720X-RAY DIFFRACTION88
2.42-2.490.30751630.21981918X-RAY DIFFRACTION97
2.49-2.580.28181650.21811955X-RAY DIFFRACTION99
2.58-2.670.30941740.22511976X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.770.30861660.19881975X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.90.30731710.21631975X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.050.29071720.20891987X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.240.29961700.21011964X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.490.21341660.17951954X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.840.25081720.16521967X-RAY DIFFRACTION100
3.84-4.40.18371710.14721983X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.530.16931700.15091988X-RAY DIFFRACTION100
5.53-26.460.21841620.181948X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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