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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uzp
タイトルparathyroid hormone 1 receptor extracellular domain complexed with a peptide ligand containing three beta-amino acids
要素
  • PTHrP[1-36] 24,28,31 XCP
  • Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / parathyroid hormone 1 receptor / signaling / beta-amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


parathyroid hormone receptor activity / Class B/2 (Secretin family receptors) / G protein-coupled peptide receptor activity / osteoblast development / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / bone mineralization / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / chondrocyte differentiation / bone resorption ...parathyroid hormone receptor activity / Class B/2 (Secretin family receptors) / G protein-coupled peptide receptor activity / osteoblast development / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / bone mineralization / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / chondrocyte differentiation / bone resorption / cell maturation / skeletal system development / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / intracellular calcium ion homeostasis / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / basolateral plasma membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / in utero embryonic development / cell surface receptor signaling pathway / cell population proliferation / receptor complex / apical plasma membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / protein homodimerization activity / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site ...GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Yu, Z. / Bruchs, A.T. / Bingman, C.A. / Gellman, S.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM056414 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Altered signaling at the PTH receptor via modified agonist contacts with the extracellular domain provides a path to prolonged agonism in vivo.
著者: Liu, S. / Yu, Z. / Daley, E.J. / Bingman, C.A. / Bruchs, A.T. / Gardella, T.J. / Gellman, S.H.
履歴
登録2022年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.12024年2月28日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
B: PTHrP[1-36] 24,28,31 XCP
C: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
D: PTHrP[1-36] 24,28,31 XCP
E: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
F: PTHrP[1-36] 24,28,31 XCP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5149
ポリマ－44,3246
非ポリマー1903
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9070 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.650, 58.949, 77.924
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.570, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor / PTH/PTHrP type I receptor / PTH/PTHr receptor / Parathyroid hormone 1 receptor / PTH1 receptor


分子量: 11995.670 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTH1R, PTHR, PTHR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03431
#2: タンパク質・ペプチド PTHrP[1-36] 24,28,31 XCP


分子量: 2779.161 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 28 % v/v PEG Smear Low, 0.1 M tris-HCl pH 8, 0.15 M Sodium citrate, 1% ethylene glycol, 0.4 mM ZnSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→34.54 Å / Num. obs: 18565 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.501 % / Biso Wilson estimate: 41.05 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.873 / Net I/σ(I): 12.62 / Num. measured all: 139252 / Scaling rejects: 24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.29-2.357.0580.8362.549733138013790.7710.90399.9
2.35-2.417.6050.6533.299864130212970.8450.70199.6
2.41-2.487.6520.573.739993130613060.8910.612100
2.48-2.567.5690.4654.529711129012830.9090.49999.5
2.56-2.647.6280.3775.469093119411920.9490.40499.8
2.64-2.747.6310.2837.18989118011780.9680.30499.8
2.74-2.847.6050.2288.288677114211410.9840.24499.9
2.84-2.967.6550.1849.918459111111050.9890.19899.5
2.96-3.097.610.1312.878044105810570.9940.13999.9
3.09-3.247.6070.11714.5675699959950.9930.126100
3.24-3.417.5780.08717.1572529619570.9970.09499.6
3.41-3.627.6340.07320.3769709149130.9970.07899.9
3.62-3.877.5070.06922.6163218448420.9970.07499.8
3.87-4.187.5140.06423.8960948148110.9970.06999.6
4.18-4.587.4720.06125.2754627387310.9980.06699.1
4.58-5.127.4250.06425.1549976756730.9970.06999.7
5.12-5.917.3750.06925.2644036005970.9960.07499.5
5.91-7.247.1860.07525.635504964940.9970.08199.6
7.24-10.246.940.07726.5527624043980.9960.08398.5
10.24-34.546.060.0824.9613092262160.9930.08795.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
autoPROC1.0.5 (20210420)データ削減
XDSFeb 5, 2021 (BUILT 20210322)データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
pointless1.12.10データスケーリング
autoPROC1.0.5 (20210420)データスケーリング
PHASER位相決定
XSCALEJan 10, 2022 BUILT=20220220データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FJ3

6fj3


解像度: 2.29→34.54 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 960 5.19 %
Rwork0.209 17520 -
obs0.2107 18480 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 224.55 Å2 / Biso mean: 60.6824 Å2 / Biso min: 22.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→34.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3010 0 21 146 3177
Biso mean--67.24 45.65 -
残基数----368
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.29-2.410.36861300.278524842614100
2.41-2.570.26591400.269625162656100
2.57-2.760.29251450.249524512596100
2.76-3.040.29291320.226724832615100
3.04-3.480.25481220.216725402662100
3.48-4.380.2161410.17124922633100
4.39-34.540.20811500.19552554270499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0091-2.0113-4.64255.65761.82677.6532-0.28421.4534-0.7169-0.46820.23290.62070.7383-0.81070.10170.5666-0.1722-0.09170.6386-0.10710.4999-18.868918.28077.2463
27.37190.7982-2.14683.8926-1.16295.85660.0480.9110.04510.1105-0.06920.4992-0.1484-0.81830.07240.3117-0.0837-0.0740.46980.02040.4698-26.273920.793120.8551
39.155-0.4727-4.867.58392.24768.035-0.4429-0.1236-0.5959-0.01680.3242-0.13590.33280.18130.0810.2076-0.0407-0.05630.27990.04440.4298-15.22319.532524.1576
42.45852.1054-3.06536.8098-0.72986.7411-0.74090.7002-1.3032-0.92960.4123-0.59980.19440.74580.44420.4911-0.07850.07510.514-0.21020.5763-2.202222.37310.9729
54.3481-2.1333.68652.4237-1.31814.4591-0.7947-0.9932-0.34950.01120.3191-0.896-0.87830.98610.39590.2829-0.00190.00990.6196-0.07040.5518-10.056626.575325.0203
69.6931-4.57064.62394.2637-5.56867.45940.48910.57-0.4837-2.1033-0.5941-0.84831.11150.73710.2810.72170.08870.13450.5256-0.00590.538317.51419.69557.3468
77.5033-3.13734.90026.0677-3.13713.61780.5523-0.404-0.5798-0.8654-0.36-0.37440.6067-0.0206-0.20580.46530.10060.03850.50390.01620.523519.515312.0320.4831
85.09310.4991-0.96797.2671-4.33857.90660.11470.00130.21980.4385-0.1963-0.546-0.32130.22430.06040.22220.0289-0.06160.2571-0.01570.353514.944322.496324.2136
92.172-1.17781.29369.48160.68872.262-0.30190.61140.1437-1.3940.2694-0.50090.0655-0.5187-0.08040.40190.0232-0.01790.37420.03650.39146.171532.745911.2284
108.5824-4.0031-5.49999.33515.67745.5657-0.31520.06430.74341.71090.43350.26950.3542-1.6174-0.17470.61260.11850.09110.3840.07130.58196.125923.459425.0719
117.18063.84444.71634.55774.51584.7345-0.77840.76661.1145-1.86420.16991.0852-1.00450.53570.53290.8603-0.0468-0.07510.60860.09810.5414-1.375651.34217.4499
126.211.42610.49198.51380.5714.5275-0.67660.11040.7959-0.91780.62080.1111-0.74910.4830.01470.4753-0.0497-0.01610.28330.02010.4483.823256.054620.8808
137.64261.58974.49756.05793.10399.22610.0544-0.28180.3334-0.0586-0.13420.43-0.1147-0.23730.06140.3351-0.01450.02190.1979-0.02060.4293-1.827448.424924.2731
147.5125.10315.38514.92395.03515.14770.3116-1.156-0.61010.2039-0.30351.7770.1265-1.16370.09480.3811-0.107-0.0130.5408-0.02750.603-10.187839.388722.9288
157.94532.4594-1.36022.91662.75725.55360.18190.5539-0.3017-0.7703-0.06650.72470.5341-0.81090.01140.487-0.0177-0.16950.4039-0.02010.4244-6.976834.638211.1726
162.54383.454-2.3286.101-2.71652.37820.5729-0.4039-0.89890.4364-0.15070.54971.4340.7392-0.48480.5714-0.052-0.08670.4208-0.00650.55040.764539.130225.0393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 57 )A30 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 80 )A58 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 81 through 130 )A81 - 130
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 15 through 29 )B15 - 29
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 30 through 36 )B30 - 36
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 30 through 57 )C30 - 57
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 58 through 80 )C58 - 80
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 81 through 130 )C81 - 130
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 15 through 29 )D15 - 29
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 30 through 36 )D30 - 36
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 30 through 57 )E30 - 57
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 58 through 80 )E58 - 80
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 81 through 123 )E81 - 123
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 124 through 130 )E124 - 130
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 16 through 29 )F16 - 29
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 30 through 36 )F30 - 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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