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万見
- PDB-6fj3: High resolution crystal structure of parathyroid hormone 1 recept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fj3
タイトルHigh resolution crystal structure of parathyroid hormone 1 receptor in complex with a peptide agonist.
要素
  • Parathyroid hormone
  • Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor,Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor,GlgA glycogen synthase,Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / cell signalling / 7TM
機能・相同性
機能・相同性情報


parathyroid hormone receptor binding / type 1 parathyroid hormone receptor binding / positive regulation of osteoclast proliferation / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / parathyroid hormone receptor activity / magnesium ion homeostasis / positive regulation of signal transduction / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / phosphate ion homeostasis ...parathyroid hormone receptor binding / type 1 parathyroid hormone receptor binding / positive regulation of osteoclast proliferation / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / parathyroid hormone receptor activity / magnesium ion homeostasis / positive regulation of signal transduction / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / phosphate ion homeostasis / Class B/2 (Secretin family receptors) / G protein-coupled peptide receptor activity / osteoblast development / peptide hormone receptor binding / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / bone mineralization / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / chondrocyte differentiation / positive regulation of glycogen biosynthetic process / bone resorption / positive regulation of bone mineralization / cell maturation / homeostasis of number of cells within a tissue / skeletal system development / positive regulation of D-glucose import / hormone activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / intracellular calcium ion homeostasis / cell-cell signaling / basolateral plasma membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / cell population proliferation / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Parathyroid hormone / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone family / Parathyroid hormone family signature. / Parathyroid hormone / Glycosyl transferases group 1 / GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain ...Parathyroid hormone / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone family / Parathyroid hormone family signature. / Parathyroid hormone / Glycosyl transferases group 1 / GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / alpha-D-mannopyranose / OLEIC ACID / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor / Parathyroid hormone / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi (古細菌)
Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ehrenmann, J. / Schoppe, J. / Klenk, C. / Rappas, M. / Kummer, L. / Dore, A.S. / Pluckthun, A.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: High-resolution crystal structure of parathyroid hormone 1 receptor in complex with a peptide agonist.
著者: Ehrenmann, J. / Schoppe, J. / Klenk, C. / Rappas, M. / Kummer, L. / Dore, A.S. / Pluckthun, A.
履歴
登録2018年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor,Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor,GlgA glycogen synthase,Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
B: Parathyroid hormone
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,57720
ポリマ－72,6662
非ポリマー5,91118
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer of the chimeric receptor bound to a single hormone molecule
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11370 Å2
ΔGint27 kcal/mol
Surface area33160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.115, 52.864, 111.874
Angle α, β, γ (deg.)80.63, 83.76, 79.16
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor,Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor,GlgA glycogen synthase,Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor / PTH/PTHrP type I receptor / PTH/PTHr receptor / Parathyroid hormone 1 receptor / PTH1 receptor / ...PTH/PTHrP type I receptor / PTH/PTHr receptor / Parathyroid hormone 1 receptor / PTH1 receptor / PTH/PTHrP type I receptor / PTH/PTHr receptor / Parathyroid hormone 1 receptor / PTH1 receptor / Glycogen synthase / PTH/PTHrP type I receptor / PTH/PTHr receptor / Parathyroid hormone 1 receptor / PTH1 receptor


分子量: 68389.203 Da / 分子数: 1
変異: Y191C, K240M, L300A, M312K, V334I, K359N, L407A, A426L, Q440R, I458A,Y191C, K240M, L300A, M312K, V334I, K359N, L407A, A426L, Q440R, I458A,Y191C, K240M, L300A, M312K, V334I, K359N, L407A, ...変異: Y191C, K240M, L300A, M312K, V334I, K359N, L407A, A426L, Q440R, I458A,Y191C, K240M, L300A, M312K, V334I, K359N, L407A, A426L, Q440R, I458A,Y191C, K240M, L300A, M312K, V334I, K359N, L407A, A426L, Q440R, I458A,Y191C, K240M, L300A, M312K, V334I, K359N, L407A, A426L, Q440R, I458A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
遺伝子: PTH1R, PTHR, PTHR1, PAB2292 / 株: GE5 / Orsay
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q03431, UniProt: Q9V2J8
#2: タンパク質・ペプチド Parathyroid hormone / PTH / Parathyrin


分子量: 4277.009 Da / 分子数: 1 / 変異: N41Q, G43A, H45W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: PTH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q27IM2

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糖 , 4種, 6分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 168分子

#7: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C18H34O2
#8: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H4O2
#9: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.3 M sodium acetate, 31% PEG400, 20 uM E-PTH(1-34)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月4日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.39 Å / Num. obs: 33759 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 50.93 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1.662 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3825 / CC1/2: 0.501 / Rpim(I) all: 1.214 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EE7, 3C4M

5ee7

3c4m


解像度: 2.5→49.386 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2483 1657 4.92 %
Rwork0.2092 --
obs0.211 33645 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4840 0 348 156 5344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5067147
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8163146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038801
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003856
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.57370.39371450.3572660X-RAY DIFFRACTION99
2.5737-2.65670.35451300.3082660X-RAY DIFFRACTION100
2.6567-2.75170.31871480.28172660X-RAY DIFFRACTION100
2.7517-2.86180.3511360.26682638X-RAY DIFFRACTION100
2.8618-2.99210.31151460.24852669X-RAY DIFFRACTION100
2.9921-3.14980.27331360.23252694X-RAY DIFFRACTION99
3.1498-3.34710.27281340.22342649X-RAY DIFFRACTION100
3.3471-3.60540.24781500.2052663X-RAY DIFFRACTION100
3.6054-3.96810.20091420.17482675X-RAY DIFFRACTION100
3.9681-4.5420.16451200.17282672X-RAY DIFFRACTION100
4.542-5.72110.21351350.18262665X-RAY DIFFRACTION100
5.7211-49.39550.25871350.19552683X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.66760.4077-0.25755.95850.40314.33860.05590.3170.3081-0.00370.14290.092-0.44970.4464-0.19650.3642-0.0345-0.02830.32820.08410.423556.5263-116.8187248.7511
20.312-0.3164-1.34350.01070.88014.2341-0.25490.5358-0.125-0.3632-0.38320.20841.8862-0.852-0.32941.51310.13760.01371.07790.1680.642852.2381-126.6211212.3274
31.2328-0.07360.50050.8306-0.61543.8228-0.0276-0.374-0.03860.3459-0.0916-0.01940.33510.57270.10020.57590.05280.03420.516-0.00560.365946.5901-111.2984170.6847
40.524-0.42681.06690.4626-0.90012.13840.27551.2053-0.0911-0.79170.0193-0.22710.8530.2489-0.35751.03580.0746-0.01561.21620.01240.452656.2808-122.4542225.5416
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 162 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 163 through 211 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 212 through 480 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 34 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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