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- PDB-7uzo: Parathyroid hormone 1 receptor extracellular domain complexed wit... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7uzo | |||||||||
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Title | Parathyroid hormone 1 receptor extracellular domain complexed with a peptide ligand containing one beta-amino acid | |||||||||
![]() |
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![]() | SIGNALING PROTEIN / parathyroid hormone 1 receptor / signaling / beta-amino acid | |||||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of chondrocyte development / regulation of chondrocyte differentiation / cAMP metabolic process / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / osteoblast development / peptide hormone receptor binding / bone mineralization / epidermis development / skeletal system development ...negative regulation of chondrocyte development / regulation of chondrocyte differentiation / cAMP metabolic process / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / osteoblast development / peptide hormone receptor binding / bone mineralization / epidermis development / skeletal system development / female pregnancy / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / cell-cell signaling / G alpha (s) signalling events / regulation of gene expression / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yu, Z. / Bruchs, A.T. / Bingman, C.A. / Gellman, S.H. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Altered signaling at the PTH receptor via modified agonist contacts with the extracellular domain provides a path to prolonged agonism in vivo. Authors: Liu, S. / Yu, Z. / Daley, E.J. / Bingman, C.A. / Bruchs, A.T. / Gardella, T.J. / Gellman, S.H. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 73.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 431.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 431.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 12 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7uzpC ![]() 6fj3S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 11823.531 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: amino-terminal extracellular domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein/peptide | Mass: 2781.200 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-ZN / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 28 % v/v PEG Smear Low, 0.1 M tris-HCl pH 8, 0.15 M Sodium citrate, 1% ethylene glycol, 0.4 mM ZnSO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 19, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.3→28.01 Å / Num. obs: 29018 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 10.059 % / Biso Wilson estimate: 18.01 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 22.57 / Num. measured all: 291893 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6fj3 Resolution: 1.3→28.01 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 24.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.74 Å2 / Biso mean: 27.9406 Å2 / Biso min: 12.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.3→28.01 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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