+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uxo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of PDL1 in complex with FP30790, a Helicon Polypeptide | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Complex / stapled | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor ligand activity / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Li, K. / Agarwal, S. / Tokareva, O. / Thomson, T. / Travaline, T. / Tattersfield, H. / Wahl, S. / Verdine, G. / McGee, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: De novo mapping of alpha-helix recognition sites on protein surfaces using unbiased libraries. 著者: Li, K. / Tokareva, O.S. / Thomson, T.M. / Wahl, S.C.T. / Travaline, T.L. / Ramirez, J.D. / Choudary, S.K. / Agarwal, S. / Walkup 4th, W.G. / Olsen, T.J. / Brennan, M.J. / Verdine, G.L. / McGee, J.H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uxo.cif.gz | 47.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7uxo.ent.gz | 27.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uxo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uxo_validation.pdf.gz | 442.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7uxo_full_validation.pdf.gz | 442.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7uxo_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uxo_validation.cif.gz | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7uxo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7uxo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uwiC 7uwoC 7ux5C 7uxiC 7uxjC 7uxkC 7uxmC 7uxnC 7uxpC 7uxqC 7uy2C 7uyjC 7uykC 4zqkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14809.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7 |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1925.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Stapled peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 化合物 | ChemComp-NH2 / |
#4: 化合物 | ChemComp-WHL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 2.0 M Sodium formate. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→43.22 Å / Num. obs: 7385 / % possible obs: 95.69 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 28.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / Num. unique obs: 572 / CC1/2: 0.978 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ZQK 解像度: 2.25→43.22 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 29.0268 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→43.22 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|