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万見
- PDB-7uws: Atomic model of the partial VSV nucleocapsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uws
タイトルAtomic model of the partial VSV nucleocapsid
要素
  • Matrix protein
  • Nucleoprotein
  • RNA
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / Vesicular stomatitis virus / Nucleocapsid / Matrix protein M / Nucleocapsid protein N / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA replication / host cell nuclear membrane / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / viral transcription / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / viral envelope / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Vesiculovirus matrix / VSV matrix superfamily / Vesiculovirus matrix protein / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Nucleoprotein / Rhabdovirus nucleoprotein-like fold / Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain / Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal ...Vesiculovirus matrix / VSV matrix superfamily / Vesiculovirus matrix protein / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Nucleoprotein / Rhabdovirus nucleoprotein-like fold / Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain / Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Matrix protein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Vesicular stomatitis virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Zhou, K. / Si, Z. / Ge, P. / Tsao, J. / Luo, M. / Zhou, Z.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)AI094386 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Atomic model of vesicular stomatitis virus and mechanism of assembly.
著者: Kang Zhou / Zhu Si / Peng Ge / Jun Tsao / Ming Luo / Z Hong Zhou /
要旨: Like other negative-strand RNA viruses (NSVs) such as influenza and rabies, vesicular stomatitis virus (VSV) has a three-layered organization: a layer of matrix protein (M) resides between the ...Like other negative-strand RNA viruses (NSVs) such as influenza and rabies, vesicular stomatitis virus (VSV) has a three-layered organization: a layer of matrix protein (M) resides between the glycoprotein (G)-studded membrane envelope and the nucleocapsid, which is composed of the nucleocapsid protein (N) and the encapsidated genomic RNA. Lack of in situ atomic structures of these viral components has limited mechanistic understanding of assembling the bullet-shaped virion. Here, by cryoEM and sub-particle reconstruction, we have determined the in situ structures of M and N inside VSV at 3.47 Å resolution. In the virion, N and M sites have a stoichiometry of 1:2. The in situ structures of both N and M differ from their crystal structures in their N-terminal segments and oligomerization loops. N-RNA, N-N, and N-M-M interactions govern the formation of the capsid. A double layer of M contributes to packaging of the helical nucleocapsid: the inner M (IM) joins neighboring turns of the N helix, while the outer M (OM) contacts G and the membrane envelope. The pseudo-crystalline organization of G is further mapped by cryoET. The mechanism of VSV assembly is delineated by the network interactions of these viral components.
履歴
登録2022年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
F: Nucleoprotein
G: Nucleoprotein
H: RNA
J: Matrix protein
K: Matrix protein
L: Matrix protein
M: Matrix protein
N: Matrix protein
O: Matrix protein
P: Matrix protein
Q: Matrix protein
R: Matrix protein
S: Matrix protein
T: Matrix protein
U: Matrix protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)763,59020
ポリマ－763,59020
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / NP / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 47463.949 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vesicular stomatitis virus (ウイルス) / 株: San Juan / 参照: UniProt: P03521
#2: RNA鎖 RNA


分子量: 116603.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vesicular stomatitis virus (ウイルス) / 株: San Juan
#3: タンパク質
Matrix protein


分子量: 26228.188 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vesicular stomatitis virus (ウイルス) / 参照: UniProt: I7DGS2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vesicular stomatitis virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Vesicular stomatitis virus (ウイルス) / 株: San Juan
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: Helical nucleocapsid / 直径: 700 nm
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS buffer
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 75 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2008
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 利用したフレーム数/画像: 2-44

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Cootモデル精密化
10PHENIXモデル精密化
13RELION分類
14RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -10.14 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.42 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 7732
3次元再構成解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23207
詳細: Additional sub-particle reconstruction was carried out after class3D of helices.
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / PDB chain-ID: A / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-ID
12WYY

2wyy

2WYY1
22W2R

2w2r

2W2R2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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