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- PDB-2wyy: CRYOEM MODEL OF THE VESICULAR STOMATITIS VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wyy
タイトルCRYOEM MODEL OF THE VESICULAR STOMATITIS VIRUS
要素
  • NUCLEOPROTEIN
  • POLY-URIDINE
キーワードVIRUS / RNA / NSRV / HELIX / VIRION / VIRAL NUCLEOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA replication / helical viral capsid / viral transcription / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種VESICULAR STOMATITIS INDIANA VIRUS (水疱性口内炎インディアナウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.6 Å
データ登録者Ge, P. / Tsao, J. / Green, T.J. / Luo, M. / Zhou, Z.H.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Cryo-EM model of the bullet-shaped vesicular stomatitis virus.
著者: Peng Ge / Jun Tsao / Stan Schein / Todd J Green / Ming Luo / Z Hong Zhou /
要旨: Vesicular stomatitis virus (VSV) is a bullet-shaped rhabdovirus and a model system of negative-strand RNA viruses. Through direct visualization by means of cryo-electron microscopy, we show that each ...Vesicular stomatitis virus (VSV) is a bullet-shaped rhabdovirus and a model system of negative-strand RNA viruses. Through direct visualization by means of cryo-electron microscopy, we show that each virion contains two nested, left-handed helices: an outer helix of matrix protein M and an inner helix of nucleoprotein N and RNA. M has a hub domain with four contact sites that link to neighboring M and N subunits, providing rigidity by clamping adjacent turns of the nucleocapsid. Side-by-side interactions between neighboring N subunits are critical for the nucleocapsid to form a bullet shape, and structure-based mutagenesis results support this description. Together, our data suggest a mechanism of VSV assembly in which the nucleocapsid spirals from the tip to become the helical trunk, both subsequently framed and rigidified by the M layer.
履歴
登録2009年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月24日Group: Derived calculations / Other / Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / Refinement description ...Data collection / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: em_3d_fitting / em_software ...em_3d_fitting / em_software / entity / entity_src_nat
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id ..._em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _entity.src_method
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Derived calculations / Other / カテゴリ: cell / struct_conn / Item: _cell.Z_PDB / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年10月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _refine.ls_d_res_high

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOPROTEIN
C: NUCLEOPROTEIN
D: NUCLEOPROTEIN
F: NUCLEOPROTEIN
H: NUCLEOPROTEIN
I: NUCLEOPROTEIN
J: NUCLEOPROTEIN
K: NUCLEOPROTEIN
L: NUCLEOPROTEIN
M: NUCLEOPROTEIN
R: POLY-URIDINE
S: POLY-URIDINE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)502,10412
ポリマ－502,10412
非ポリマー00
水00
1
A: NUCLEOPROTEIN
C: NUCLEOPROTEIN
D: NUCLEOPROTEIN
F: NUCLEOPROTEIN
H: NUCLEOPROTEIN
I: NUCLEOPROTEIN
J: NUCLEOPROTEIN
K: NUCLEOPROTEIN
L: NUCLEOPROTEIN
M: NUCLEOPROTEIN
R: POLY-URIDINE
S: POLY-URIDINE
x 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,531,567180
ポリマ－7,531,567180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation14
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 15 / Rise per n subunits: 6.981 Å / Rotation per n subunits: -48 °)
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (0.669131, -0.743145), (0.743145, 0.669131), (1) / ベクター: -6.98065)

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要素

#1: タンパク質
NUCLEOPROTEIN / NUCLEOCAPSID PROTEIN / NP / PROTEIN N


分子量: 47463.949 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) VESICULAR STOMATITIS INDIANA VIRUS (水疱性口内炎インディアナウイルス)
株: SAN JUAN / 参照: UniProt: P03521
#2: RNA鎖 POLY-URIDINE


分子量: 13732.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) VESICULAR STOMATITIS INDIANA VIRUS (水疱性口内炎インディアナウイルス)
株: SAN JUAN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: VSV (INDIANA) / タイプ: VIRUS
緩衝液名称: 100MM NACL, 10NM TRIS, 1MM EDTA / pH: 7.4 / 詳細: 100MM NACL, 10NM TRIS, 1MM EDTA
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: CRYOGEN - ETHANE, HUMIDITY - 50, TEMPERATURE - 80, INSTRUMENT - MANUAL PLUNGER, METHOD- MANUAL BLOT 1 SECOND BEFORE PLUNGING, DETAILS - VITRIFICATION CARRIED OUT IN OPEN ROOM.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2007年1月5日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 98000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 80 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS
画像スキャンデジタル画像の数: 212
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2EMAN３次元再構成
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 10.6 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1663.
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY REFINEMENT
原子モデル構築PDB-ID: 2WYY

Accession code: 2WYY / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 10.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32820 1800 0 0 34620

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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