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- PDB-7uwi: Structure of beta-catenin in complex with FP01567, a Helicon Poly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uwi
タイトルStructure of beta-catenin in complex with FP01567, a Helicon Polypeptide
要素
  • Catenin beta-1Β-カテニン
  • Helicon Polypeptide FP01567
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Inhibitor / complex / stapled (鎹)
機能・相同性
機能・相同性情報


CDH11 homotypic and heterotypic interactions / Regulation of CDH19 Expression and Function / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation ...CDH11 homotypic and heterotypic interactions / Regulation of CDH19 Expression and Function / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin-ICAT complex / metanephros morphogenesis / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / neural plate development / glial cell fate determination / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / regulation of timing of anagen / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / central nervous system vasculogenesis / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centriole-centriole cohesion / Regulation of CDH11 function / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / embryonic axis specification / endodermal cell fate commitment / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of fibroblast proliferation / Scrib-APC-beta-catenin complex / beta-catenin-TCF complex / lens morphogenesis in camera-type eye / dorsal root ganglion development / synaptic vesicle clustering / acinar cell differentiation / dorsal/ventral axis specification / proximal/distal pattern formation / neuron fate determination / layer formation in cerebral cortex / positive regulation of myoblast proliferation / positive regulation of endothelial cell differentiation / sympathetic ganglion development / establishment of blood-retinal barrier / fungiform papilla formation / lung epithelial cell differentiation / embryonic foregut morphogenesis / hindbrain development / regulation of calcium ion import / positive regulation of determination of dorsal identity / positive regulation of skeletal muscle tissue development / ectoderm development / positive regulation of odontoblast differentiation / cranial skeletal system development / endothelial tube morphogenesis / regulation of protein localization to cell surface / hair cell differentiation / cellular response to indole-3-methanol / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / presynaptic active zone cytoplasmic component / detection of muscle stretch / smooth muscle cell differentiation / histone methyltransferase binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / alpha-catenin binding / flotillin complex / establishment of blood-brain barrier / Germ layer formation at gastrulation / male genitalia development / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / fascia adherens / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / apicolateral plasma membrane / embryonic brain development / Formation of definitive endoderm / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / oocyte development / beta-catenin destruction complex / lung-associated mesenchyme development / Formation of axial mesoderm / negative regulation of protein sumoylation / adherens junction assembly / embryonic heart tube development / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Adherens junctions interactions / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production
類似検索 - 分子機能
Β-カテニン / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide / Β-カテニン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Brennan, M. / Agarwal, S. / Thomson, T. / Wahl, S. / Ramirez, J. / Verdine, G. / McGee, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: De novo mapping of alpha-helix recognition sites on protein surfaces using unbiased libraries.
著者: Li, K. / Tokareva, O.S. / Thomson, T.M. / Wahl, S.C.T. / Travaline, T.L. / Ramirez, J.D. / Choudary, S.K. / Agarwal, S. / Walkup 4th, W.G. / Olsen, T.J. / Brennan, M.J. / Verdine, G.L. / McGee, J.H.
履歴
登録2022年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catenin beta-1
F: Helicon Polypeptide FP01567
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,39310
ポリマ－58,5532
非ポリマー8408
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area22580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.680, 91.810, 113.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AF

#1: タンパク質 Catenin beta-1 / Β-カテニン / Beta-catenin


分子量: 56812.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNB1, CTNNB, OK/SW-cl.35, PRO2286 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35222
#2: タンパク質・ペプチド Helicon Polypeptide FP01567


分子量: 1740.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Wahl stapled peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 68分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-WHL / N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide / N,N′-(1,4-フェニレン)ビスアセトアミド


分子量: 192.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.18 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.1 M Potassium phosphate monobasic, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 2.0 M Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→71.34 Å / Num. obs: 23082 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 51.84 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.32→2.403 Å / Num. unique obs: 2271 / CC1/2: 0.665

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4444精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QZ7

1qz7


解像度: 2.32→71.34 Å / SU ML: 0.3894 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.7414
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2775 1126 4.88 %RANDOM
Rwork0.2357 21953 --
obs0.2378 23079 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→71.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3952 0 56 60 4068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00264063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54525505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0365666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.36441501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.430.39311380.35342690X-RAY DIFFRACTION99.61
2.43-2.550.40021210.34542709X-RAY DIFFRACTION99.68
2.55-2.710.39641390.32662697X-RAY DIFFRACTION99.58
2.71-2.920.35051440.30612712X-RAY DIFFRACTION99.69
2.92-3.220.32111520.26792711X-RAY DIFFRACTION99.72
3.22-3.680.27821420.24892734X-RAY DIFFRACTION99.58
3.68-4.640.24081300.1892789X-RAY DIFFRACTION99.73
4.64-71.340.22551600.19732911X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.28012668169-3.7195305606-3.733347916553.939530619221.626492250582.357269638250.1747392324410.1382877522030.150054690030.0503628460397-0.02736657082070.234932190121-0.174054224346-0.107978302184-0.1355244672810.504758070723-0.0517149848202-0.09566506275040.4016615501820.06934992434520.236896228494-29.755116433129.1147853682-12.3584749176
21.42851905393-2.99588352619-0.1742475416679.15379747290.382122564880.67071035461-0.0116172960439-0.0877797371134-0.2005027465550.3218607792630.007139441812420.01477963483460.169994733867-0.01671749075070.01113538653370.342542274098-0.0489298777778-0.01554136860990.4289953481380.01266314598810.34297739496910.1205001465-8.35907374193-16.1419249901
32.00290724468-4.755478360095.063053173849.58752552288-2.115283836585.34992623409-0.736916905859-0.09658655496412.188963640851.99580582612-0.395094207385-2.18403258888-0.9594446822380.7956696986791.134326329330.802047733444-0.0833381261532-0.1022735332350.6508267284730.007613330241230.730281775202-18.296468024135.1786373047-10.7440272145
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 147 through 374 )AA147 - 3741 - 228
22chain 'A' and (resid 375 through 663 )AA375 - 663229 - 505
33chain 'F' and (resid 3 through 15 )FB3 - 151 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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