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- PDB-7uvi: Pfs230 domain 1 bound by RUPA-55 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uvi
タイトルPfs230 domain 1 bound by RUPA-55 Fab
要素
  • Gametocyte surface protein P230
  • RUPA-55 Fab heavy chain
  • RUPA-55 Fab light chain
キーワードCELL INVASION/IMMUNE SYSTEM / Antibody-fragment / malaria transmission / CELL INVASION / CELL INVASION-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P230
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Ivanochko, D. / Newton, J. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 米国, 4件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)428410 カナダ
Ontario Early Researcher Awards カナダ
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
Canada Research Chairs カナダ
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: Potent transmission-blocking monoclonal antibodies from naturally exposed individuals target a conserved epitope on Plasmodium falciparum Pfs230.
著者: Ivanochko, D. / Fabra-Garcia, A. / Teelen, K. / van de Vegte-Bolmer, M. / van Gemert, G.J. / Newton, J. / Semesi, A. / de Bruijni, M. / Bolscher, J. / Ramjith, J. / Szabat, M. / Vogt, S. / ...著者: Ivanochko, D. / Fabra-Garcia, A. / Teelen, K. / van de Vegte-Bolmer, M. / van Gemert, G.J. / Newton, J. / Semesi, A. / de Bruijni, M. / Bolscher, J. / Ramjith, J. / Szabat, M. / Vogt, S. / Kraft, L. / Duncan, S. / Lee, S.M. / Kamya, M.R. / Feeney, M.E. / Jagannathan, P. / Greenhouse, B. / Sauerwein, R.W. / Richter King, C. / MacGill, R.S. / Bousema, T. / Jore, M.M. / Julien, J.P.
履歴
登録2022年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RUPA-55 Fab heavy chain
B: RUPA-55 Fab light chain
C: Gametocyte surface protein P230
D: RUPA-55 Fab heavy chain
E: RUPA-55 Fab light chain
F: Gametocyte surface protein P230


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,3816
ポリマ－140,3816
非ポリマー00
水00
1
A: RUPA-55 Fab heavy chain
B: RUPA-55 Fab light chain
C: Gametocyte surface protein P230


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1913
ポリマ－70,1913
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: RUPA-55 Fab heavy chain
E: RUPA-55 Fab light chain
F: Gametocyte surface protein P230


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1913
ポリマ－70,1913
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.020, 100.780, 425.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALPHEPHE(chain 'A' and (resid 2 through 29 or resid 31...AA2 - 292 - 29
121SERSERTYRTYR(chain 'A' and (resid 2 through 29 or resid 31...AA31 - 5931 - 60
131SERSERMETMET(chain 'A' and (resid 2 through 29 or resid 31...AA62 - 8263 - 83
141ALAALATHRTHR(chain 'A' and (resid 2 through 29 or resid 31...AA84 - 11688 - 127
151GLYGLYSERSER(chain 'A' and (resid 2 through 29 or resid 31...AA118 - 127129 - 138
161SERSERPROPRO(chain 'A' and (resid 2 through 29 or resid 31...AA130 - 147141 - 158
171PROPROVALVAL(chain 'A' and (resid 2 through 29 or resid 31...AA149 - 150160 - 161
181VALVALVALVAL(chain 'A' and (resid 2 through 29 or resid 31...AA152 - 169163 - 180
191SERSERLEULEU(chain 'A' and (resid 2 through 29 or resid 31...AA172 - 189183 - 200
1101GLNGLNHISHIS(chain 'A' and (resid 2 through 29 or resid 31...AA192 - 200203 - 211
1111PROPROTHRTHR(chain 'A' and (resid 2 through 29 or resid 31...AA202 - 205213 - 216
1121VALVALASPASP(chain 'A' and (resid 2 through 29 or resid 31...AA207 - 208218 - 219
1131LYSLYSVALVAL(chain 'A' and (resid 2 through 29 or resid 31...AA210 - 211221 - 222
1141PROPROPROPRO(chain 'A' and (resid 2 through 29 or resid 31...AA213224
211VALVALPHEPHE(chain 'D' and (resid 2 through 29 or resid 31...DD2 - 292 - 29
221SERSERTYRTYR(chain 'D' and (resid 2 through 29 or resid 31...DD31 - 5931 - 60
231SERSERMETMET(chain 'D' and (resid 2 through 29 or resid 31...DD62 - 8263 - 83
241ALAALATHRTHR(chain 'D' and (resid 2 through 29 or resid 31...DD84 - 11688 - 127
251GLYGLYSERSER(chain 'D' and (resid 2 through 29 or resid 31...DD118 - 127129 - 138
261SERSERPROPRO(chain 'D' and (resid 2 through 29 or resid 31...DD130 - 147141 - 158
271PROPROVALVAL(chain 'D' and (resid 2 through 29 or resid 31...DD149 - 150160 - 161
281VALVALVALVAL(chain 'D' and (resid 2 through 29 or resid 31...DD152 - 169163 - 180
291SERSERLEULEU(chain 'D' and (resid 2 through 29 or resid 31...DD172 - 189183 - 200
2101GLNGLNHISHIS(chain 'D' and (resid 2 through 29 or resid 31...DD192 - 200203 - 211
2111PROPROTHRTHR(chain 'D' and (resid 2 through 29 or resid 31...DD202 - 205213 - 216
2121VALVALASPASP(chain 'D' and (resid 2 through 29 or resid 31...DD207 - 208218 - 219
2131LYSLYSVALVAL(chain 'D' and (resid 2 through 29 or resid 31...DD210 - 211221 - 222
2141PROPROPROPRO(chain 'D' and (resid 2 through 29 or resid 31...DD213224
112GLUGLUPROPRO(chain 'B' and (resid 1 through 9 or resid 11...BB1 - 81 - 8
122LEULEUSERSER(chain 'B' and (resid 1 through 9 or resid 11...BB11 - 2611 - 26
132SERSERVALVAL(chain 'B' and (resid 1 through 9 or resid 11...BB28 - 2928 - 29
142SERSERPROPRO(chain 'B' and (resid 1 through 9 or resid 11...BB31 - 4431 - 44
152LEULEUSERSER(chain 'B' and (resid 1 through 9 or resid 11...BB46 - 8046 - 80
162ASPASPLYSLYS(chain 'B' and (resid 1 through 9 or resid 11...BB82 - 12682 - 127
172GLYGLYGLUGLU(chain 'B' and (resid 1 through 9 or resid 11...BB128 - 143129 - 144
182VALVALTRPTRP(chain 'B' and (resid 1 through 9 or resid 11...BB146 - 148147 - 149
192VALVALLEULEU(chain 'B' and (resid 1 through 9 or resid 11...BB150 - 154151 - 155
1102GLYGLYSERSER(chain 'B' and (resid 1 through 9 or resid 11...BB157 - 168158 - 169
1112ASPASPSERSER(chain 'B' and (resid 1 through 9 or resid 11...BB170 - 171171 - 172
1122TYRTYRGLUGLU(chain 'B' and (resid 1 through 9 or resid 11...BB173 - 187174 - 188
1132HISHISPHEPHE(chain 'B' and (resid 1 through 9 or resid 11...BB189 - 209190 - 210
212GLUGLUPROPRO(chain 'E' and (resid 1 through 9 or resid 11...EE1 - 81 - 8
222LEULEUSERSER(chain 'E' and (resid 1 through 9 or resid 11...EE11 - 2611 - 26
232SERSERVALVAL(chain 'E' and (resid 1 through 9 or resid 11...EE28 - 2928 - 29
242SERSERPROPRO(chain 'E' and (resid 1 through 9 or resid 11...EE31 - 4431 - 44
252LEULEUSERSER(chain 'E' and (resid 1 through 9 or resid 11...EE46 - 8046 - 80
262ASPASPLYSLYS(chain 'E' and (resid 1 through 9 or resid 11...EE82 - 12682 - 127
272GLYGLYGLUGLU(chain 'E' and (resid 1 through 9 or resid 11...EE128 - 143129 - 144
282VALVALTRPTRP(chain 'E' and (resid 1 through 9 or resid 11...EE146 - 148147 - 149
292VALVALLEULEU(chain 'E' and (resid 1 through 9 or resid 11...EE150 - 154151 - 155
2102GLYGLYSERSER(chain 'E' and (resid 1 through 9 or resid 11...EE157 - 168158 - 169
2112ASPASPSERSER(chain 'E' and (resid 1 through 9 or resid 11...EE170 - 171171 - 172
2122TYRTYRGLUGLU(chain 'E' and (resid 1 through 9 or resid 11...EE173 - 187174 - 188
2132HISHISPHEPHE(chain 'E' and (resid 1 through 9 or resid 11...EE189 - 209190 - 210
113ASPASPASNASN(chain 'C' and (resid 580 through 586 or resid 590...CC580 - 58629 - 35
123GLUGLUVALVAL(chain 'C' and (resid 580 through 586 or resid 590...CC590 - 61339 - 62
133VALVALGLUGLU(chain 'C' and (resid 580 through 586 or resid 590...CC615 - 63364 - 82
143LEULEUPROPRO(chain 'C' and (resid 580 through 586 or resid 590...CC635 - 64384 - 92
153LYSLYSTHRTHR(chain 'C' and (resid 580 through 586 or resid 590...CC645 - 65294 - 101
163LEULEUGLUGLU(chain 'C' and (resid 580 through 586 or resid 590...CC658 - 660107 - 109
173LEULEUASNASN(chain 'C' and (resid 580 through 586 or resid 590...CC662 - 677111 - 126
183GLUGLUHISHIS(chain 'C' and (resid 580 through 586 or resid 590...CC680 - 697129 - 146
193ALAALAASNASN(chain 'C' and (resid 580 through 586 or resid 590...CC699 - 715148 - 164
1103LYSLYSASNASN(chain 'C' and (resid 580 through 586 or resid 590...CC717 - 719166 - 168
1113GLYGLYTYRTYR(chain 'C' and (resid 580 through 586 or resid 590...CC721 - 730170 - 179
1123PHEPHEPHEPHE(chain 'C' and (resid 580 through 586 or resid 590...CC740189
213ASPASPASNASN(chain 'F' and (resid 580 through 586 or resid 590...FF580 - 58629 - 35
223GLUGLUVALVAL(chain 'F' and (resid 580 through 586 or resid 590...FF590 - 61339 - 62
233VALVALGLUGLU(chain 'F' and (resid 580 through 586 or resid 590...FF615 - 63364 - 82
243LEULEUPROPRO(chain 'F' and (resid 580 through 586 or resid 590...FF635 - 64384 - 92
253LYSLYSTHRTHR(chain 'F' and (resid 580 through 586 or resid 590...FF645 - 65294 - 101
263LEULEUGLUGLU(chain 'F' and (resid 580 through 586 or resid 590...FF658 - 660107 - 109
273LEULEUASNASN(chain 'F' and (resid 580 through 586 or resid 590...FF662 - 677111 - 126
283GLUGLUHISHIS(chain 'F' and (resid 580 through 586 or resid 590...FF680 - 697129 - 146
293ALAALAASNASN(chain 'F' and (resid 580 through 586 or resid 590...FF699 - 715148 - 164
2103LYSLYSASNASN(chain 'F' and (resid 580 through 586 or resid 590...FF717 - 719166 - 168
2113GLYGLYTYRTYR(chain 'F' and (resid 580 through 586 or resid 590...FF721 - 730170 - 179
2123PHEPHEPHEPHE(chain 'F' and (resid 580 through 586 or resid 590...FF740189

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 RUPA-55 Fab heavy chain


分子量: 24075.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 RUPA-55 Fab light chain


分子量: 23420.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Gametocyte surface protein P230


分子量: 22694.705 Da / 分子数: 2 / Fragment: domain 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PFS230, PF230, S230, PF3D7_0209000 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68874

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M CAPS pH 10.5, 0.8 M di-potassium hydrogen phosphate, 0.2 M lithium sulfate, 1.2 M sodium di-hydrogen phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→29.67 Å / Num. obs: 43033 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 26.9 % / Biso Wilson estimate: 82.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.274 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.28 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.92→3.03 Å / Rmerge(I) obs: 2.995 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4474 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.571 / Rrim(I) all: 3.049

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XPREPデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OHG

6ohg


解像度: 2.92→29.67 Å / SU ML: 0.4357 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.4547
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 2033 4.73 %
Rwork0.2181 40952 -
obs0.219 42985 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 106.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9476 0 0 0 9476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00429697
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.929213174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05581483
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.13743534
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.92-2.990.43951210.39532688X-RAY DIFFRACTION99.68
2.99-3.060.40571010.34492753X-RAY DIFFRACTION99.79
3.06-3.150.35812000.32212639X-RAY DIFFRACTION99.72
3.15-3.240.3231010.29812724X-RAY DIFFRACTION99.86
3.24-3.340.35581010.27652720X-RAY DIFFRACTION99.82
3.34-3.460.30691990.25742626X-RAY DIFFRACTION99.33
3.46-3.60.25211010.23642739X-RAY DIFFRACTION99.61
3.6-3.760.24811010.23742741X-RAY DIFFRACTION99.79
3.76-3.960.26762020.21882671X-RAY DIFFRACTION99.97
3.96-4.210.23321010.1962765X-RAY DIFFRACTION99.9
4.21-4.530.22241010.1692767X-RAY DIFFRACTION99.9
4.53-4.990.19482020.16752657X-RAY DIFFRACTION99.86
4.99-5.70.23121010.18042789X-RAY DIFFRACTION99.04
5.7-7.170.25632020.2162745X-RAY DIFFRACTION99.9
7.17-29.670.1349990.20952928X-RAY DIFFRACTION98.95

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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