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- PDB-7uum: Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA, compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uum
タイトルCrystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA, complex with paromomycin and coenzyme A
要素Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
キーワードTRANSFERASE / XAT / XENOBIOTIC ACETYLTRANSFERASE / LEFT-HANDED BETA HELIX / LBH / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDE / STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES
機能・相同性: / Trimeric LpxA-like superfamily / transferase activity / metal ion binding / COENZYME A / PAROMOMYCIN / Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Osipiuk, J. / Di Leo, R. / Bordeleau, E. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Mechanistic plasticity in ApmA enables aminoglycoside promiscuity for resistance.
著者: Bordeleau, E. / Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Koteva, K. / Savchenko, A. / Wright, G.D.
履歴
登録2022年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8004
ポリマ－31,3241
非ポリマー1,4753
水95553
1
A: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子

A: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子

A: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,39912
ポリマ－93,9733
非ポリマー4,4269
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area17780 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area32210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.748, 133.748, 133.748
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Space group name HallP4acd2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+3/4,-z+3/4,y+1/4
#3: x+1/4,z+3/4,-y+3/4
#4: z+1/4,y+3/4,-x+3/4
#5: -z+3/4,y+1/4,x+3/4
#6: -y+3/4,x+1/4,z+3/4
#7: y+3/4,-x+3/4,z+1/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y+1/2,-z,x+1/2
#11: z+1/2,-x+1/2,-y
#12: -y,z+1/2,-x+1/2
#13: -z+1/2,-x,y+1/2
#14: -z,x+1/2,-y+1/2
#15: y+1/2,-z+1/2,-x
#16: x+1/2,-y+1/2,-z
#17: -x,y+1/2,-z+1/2
#18: -x+1/2,-y,z+1/2
#19: y+1/4,x+3/4,-z+3/4
#20: -y+1/4,-x+1/4,-z+1/4
#21: z+3/4,-y+3/4,x+1/4
#22: -z+1/4,-y+1/4,-x+1/4
#23: -x+3/4,z+1/4,y+3/4
#24: -x+1/4,-z+1/4,-y+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-441-

HOH

21A-442-

HOH

31A-453-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Aminocyclitol acetyltransferase ApmA


分子量: 31324.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: apmA / プラスミド: PET19BTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: A0A1D0AST6
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E / パロモマイシン


分子量: 615.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗菌剤, 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M litihium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 23% PEG3350, 14 mM paromomycin

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→50 Å / Num. obs: 11364 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 30.1 % / Biso Wilson estimate: 41.73 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 20.21
反射 シェル解像度: 2.74→2.79 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 1.791 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 548 / CC1/2: 0.527 / Rpim(I) all: 0.548 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JM2

7jm2


解像度: 2.74→35.75 Å / SU ML: 0.3119 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.7528
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2494 940 4.99 %RANDOM
Rwork0.223 17892 --
obs0.2243 10423 92.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→35.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2194 0 96 53 2343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00282348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72533194
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0513350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0026402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3166848
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.74-2.880.3031710.33731335X-RAY DIFFRACTION48.17
2.88-3.060.40271420.30342746X-RAY DIFFRACTION98.53
3.06-3.290.25731440.27412742X-RAY DIFFRACTION99.97
3.3-3.630.27971460.24052776X-RAY DIFFRACTION99.46
3.63-4.150.25781420.21592745X-RAY DIFFRACTION99.38
4.15-5.220.18991490.17922762X-RAY DIFFRACTION99.97
5.23-35.750.21011460.18552786X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.16885865487-1.056884853141.993010213171.3390677995-0.817592687182.47897007330.381438514989-0.804761042441-0.162243042310.1314027165-0.04721912209680.1269560871920.00455081764332-0.19683950321-0.2137395272470.346054251887-0.07256138415090.08571893151810.298502340364-0.03716979265880.281812767675-23.5123855952-10.69522950067.9180669456
22.937230861510.823816588189-0.4268987041764.16989007867-0.5171312587933.12345947559-0.01452562488870.2046155388640.33479570599-0.1121205134750.1618352715030.201478187693-0.254695850085-0.260525840248-0.1327976104990.2061578063570.07569054274020.07215910788920.2721064159460.02016300870220.18950178589-26.3928691974-6.67146021367-5.65860080703
33.119999914880.8873464519352.594121272161.546733868530.1169139466862.60554720184-0.1161278243140.01140205833680.05718504031630.1823449997060.17094088-0.0232935144484-0.0873668315490.0995181934009-0.07217882609620.3835622991180.02011361580620.04340902730550.283969074229-0.05519421298330.236940165643-12.8814237711-2.8073102420611.3283909519
42.51599998989-1.869121031120.4683281047463.973993261581.401660481812.76179278908-0.2503047131-0.906827216407-0.39986792330.997520522140.1352015459640.0935941458590.3024484821910.3988585183110.1480981826540.6481757589780.103925244082-0.0861502936540.6902573021830.165143538150.3391081276659.48797086346-20.198522057417.6540582847
53.481901596050.319620789922-0.8593707152331.996821134770.6811610399761.760012115180.0377969959269-0.6500561081560.002833529687790.4418714927590.190681446552-0.2583446177510.02046872162660.498577955524-0.1947657222860.4764872669180.00769880843336-0.1127259307620.473693116755-0.09988893056980.275472049451-1.88726934671-0.98066176003519.1583791512
62.3137768383-0.469597525148-2.662024562393.182630707292.275808816765.533836599260.0887350982263-0.6031248874250.7387526897290.5329193267870.0175422668985-0.209738221441-0.4488339977740.759702765516-0.09474482314980.749143962588-0.149104363626-0.136279790880.519852067157-0.1744178477780.486848717509-0.52473784197511.462199605819.9623737007
70.408609042032-0.2237188165080.05227857460222.881451544310.6139766210582.16516502589-0.0408026002281-0.7593563263680.6347471950390.7074548702010.09527080671670.320448929482-0.735742761612-0.544874077020.01341112445360.8275832263430.1860081902670.150841857230.758295309748-0.245193742090.595582064103-21.397743844916.153374813123.7094223348
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 12 )-1 - 121 - 14
22chain 'A' and (resid 13 through 78 )13 - 7815 - 80
33chain 'A' and (resid 79 through 132 )79 - 13281 - 134
44chain 'A' and (resid 133 through 163 )133 - 163135 - 165
55chain 'A' and (resid 164 through 207 )164 - 207166 - 209
66chain 'A' and (resid 208 through 234 )208 - 234210 - 236
77chain 'A' and (resid 235 through 272 )235 - 272237 - 274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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