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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uul | ||||||
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タイトル | Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA, complex with kanamycin B and coenzyme A | ||||||
![]() | Aminocyclitol acetyltransferase ApmA | ||||||
![]() | TRANSFERASE / XAT / XENOBIOTIC ACETYLTRANSFERASE / LEFT-HANDED BETA HELIX / LBH / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDE / STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES | ||||||
機能・相同性 | : / Trimeric LpxA-like superfamily / transferase activity / metal ion binding / Chem-9CS / COENZYME A / Aminocyclitol acetyltransferase ApmA![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Bordeleau, E. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanistic plasticity in ApmA enables aminoglycoside promiscuity for resistance. 著者: Bordeleau, E. / Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Koteva, K. / Savchenko, A. / Wright, G.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 801 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 591.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 85.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 124.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 31324.320 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: apmA / プラスミド: PET19BTEV / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 1860分子 










#2: 化合物 | ChemComp-9CS / ( #3: 化合物 | ChemComp-COA / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M litium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG3350, 5 mM kanamycin B |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→29.47 Å / Num. obs: 99115 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 30.37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.3 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.888 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4910 / CC1/2: 0.889 / Rpim(I) all: 0.436 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7JM2 解像度: 2.26→29.47 Å / SU ML: 0.2593 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.995 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→29.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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