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- PDB-7un1: 8-nm repeat of the human sperm tip singlet microtubule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7un1
タイトル8-nm repeat of the human sperm tip singlet microtubule
要素
  • Sperm acrosome-associated protein 9
  • Tubulin alpha-1A chain
  • Tubulin beta-4B chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cilia / microtubule / sperm / cell motility
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-chaperonin tubulin folding pathway / axoneme assembly / axonemal microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III ...Post-chaperonin tubulin folding pathway / axoneme assembly / axonemal microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / neuron projection arborization / Intraflagellar transport / cytoskeleton-dependent intracellular transport / cerebellar cortex morphogenesis / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Gap junction assembly / dentate gyrus development / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / natural killer cell mediated cytotoxicity / pyramidal neuron differentiation / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Kinesins / centrosome cycle / motor behavior / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / response to L-glutamate / ciliary base / smoothened signaling pathway / intercellular bridge / regulation of synapse organization / startle response / MHC class I protein binding / locomotory exploration behavior / Recycling pathway of L1 / microtubule polymerization / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / sperm flagellum / RHO GTPases activate IQGAPs / response to tumor necrosis factor / Hedgehog 'off' state / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / response to mechanical stimulus / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / condensed chromosome / homeostasis of number of cells within a tissue / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / cellular response to calcium ion / MHC class II antigen presentation / AURKA Activation by TPX2 / adult locomotory behavior / acrosomal vesicle / ciliary basal body / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / synapse organization / intracellular protein transport / neuron migration / visual learning / neuromuscular junction / PKR-mediated signaling / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / mitotic spindle / cerebral cortex development / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Aggrephagy / microtubule cytoskeleton organization / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / calcium-dependent protein binding / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / azurophil granule lumen / double-stranded RNA binding / extracellular vesicle / unfolded protein binding / mitotic cell cycle / gene expression / microtubule binding / neuron apoptotic process / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / Neutrophil degranulation
類似検索 - 分子機能
Sperm acrosome-associated protein 9 / Sperm acrosome-associated protein 9 / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site ...Sperm acrosome-associated protein 9 / Sperm acrosome-associated protein 9 / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin beta-4B chain / Tubulin alpha-1A chain / Sperm acrosome-associated protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å
データ登録者Gui, M. / Croft, J.T. / Zabeo, D. / Acharya, V. / Kollman, J.M. / Burgoyne, T. / Hoog, J.L. / Brown, A.
資金援助 米国, スウェーデン, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141109 米国
Swedish Research Council2015-05427 スウェーデン
Swedish Research Council2019-04004 スウェーデン
Smith Family Foundation 米国
Pew Charitable Trusts 米国
Charles A. King Trust Postdoctoral Research Fellowship 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: SPACA9 is a lumenal protein of human ciliary singlet and doublet microtubules.
著者: Miao Gui / Jacob T Croft / Davide Zabeo / Vajradhar Acharya / Justin M Kollman / Thomas Burgoyne / Johanna L Höög / Alan Brown /
要旨: The cilium-centrosome complex contains triplet, doublet, and singlet microtubules. The lumenal surfaces of each microtubule within this diverse array are decorated by microtubule inner proteins ...The cilium-centrosome complex contains triplet, doublet, and singlet microtubules. The lumenal surfaces of each microtubule within this diverse array are decorated by microtubule inner proteins (MIPs). Here, we used single-particle cryo-electron microscopy methods to build atomic models of two types of human ciliary microtubule: the doublet microtubules of multiciliated respiratory cells and the distal singlet microtubules of monoflagellated human spermatozoa. We discover that SPACA9 is a polyspecific MIP capable of binding both microtubule types. SPACA9 forms intralumenal striations in the B tubule of respiratory doublet microtubules and noncontinuous spirals in sperm singlet microtubules. By acquiring new and reanalyzing previous cryo-electron tomography data, we show that SPACA9-like intralumenal striations are common features of different microtubule types in animal cilia. Our structures provide detailed references to help rationalize ciliopathy-causing mutations and position cryo-EM as a tool for the analysis of samples obtained directly from ciliopathy patients.
履歴
登録2022年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sperm acrosome-associated protein 9
AB: Tubulin beta-4B chain
AC: Tubulin alpha-1A chain
AD: Tubulin beta-4B chain
AE: Tubulin alpha-1A chain
AF: Tubulin beta-4B chain
B: Sperm acrosome-associated protein 9
BA: Tubulin beta-4B chain
BC: Tubulin alpha-1A chain
BD: Tubulin beta-4B chain
BE: Tubulin alpha-1A chain
BF: Tubulin beta-4B chain
BG: Tubulin alpha-1A chain
C: Sperm acrosome-associated protein 9
CB: Tubulin beta-4B chain
CC: Tubulin alpha-1A chain
CD: Tubulin beta-4B chain
CE: Tubulin alpha-1A chain
CF: Tubulin beta-4B chain
CG: Tubulin alpha-1A chain
D: Sperm acrosome-associated protein 9
DB: Tubulin beta-4B chain
DC: Tubulin alpha-1A chain
DD: Tubulin beta-4B chain
DE: Tubulin alpha-1A chain
DF: Tubulin beta-4B chain
DG: Tubulin alpha-1A chain
E: Sperm acrosome-associated protein 9
EB: Tubulin beta-4B chain
EC: Tubulin alpha-1A chain
ED: Tubulin beta-4B chain
EE: Tubulin alpha-1A chain
EF: Tubulin beta-4B chain
EG: Tubulin alpha-1A chain
F: Sperm acrosome-associated protein 9
FC: Tubulin alpha-1A chain
FD: Tubulin beta-4B chain
FE: Tubulin alpha-1A chain
FF: Tubulin beta-4B chain
FG: Tubulin alpha-1A chain
FH: Tubulin beta-4B chain
G: Sperm acrosome-associated protein 9
GC: Tubulin alpha-1A chain
GD: Tubulin beta-4B chain
GE: Tubulin alpha-1A chain
GF: Tubulin beta-4B chain
GG: Tubulin alpha-1A chain
GH: Tubulin beta-4B chain
H: Sperm acrosome-associated protein 9
HC: Tubulin alpha-1A chain
HD: Tubulin beta-4B chain
HE: Tubulin alpha-1A chain
HF: Tubulin beta-4B chain
HG: Tubulin alpha-1A chain
HH: Tubulin beta-4B chain
I: Sperm acrosome-associated protein 9
IC: Tubulin alpha-1A chain
ID: Tubulin beta-4B chain
IE: Tubulin alpha-1A chain
IF: Tubulin beta-4B chain
IG: Tubulin alpha-1A chain
IH: Tubulin beta-4B chain
J: Sperm acrosome-associated protein 9
JC: Tubulin alpha-1A chain
JD: Tubulin beta-4B chain
JE: Tubulin alpha-1A chain
JF: Tubulin beta-4B chain
JG: Tubulin alpha-1A chain
K: Sperm acrosome-associated protein 9
KC: Tubulin alpha-1A chain
KD: Tubulin beta-4B chain
KE: Tubulin alpha-1A chain
KF: Tubulin beta-4B chain
KG: Tubulin alpha-1A chain
KH: Tubulin beta-4B chain
L: Sperm acrosome-associated protein 9
LA: Tubulin alpha-1A chain
LB: Tubulin beta-4B chain
LC: Tubulin alpha-1A chain
LD: Tubulin beta-4B chain
LE: Tubulin alpha-1A chain
LF: Tubulin beta-4B chain
M: Sperm acrosome-associated protein 9
MA: Tubulin alpha-1A chain
MB: Tubulin beta-4B chain
MC: Tubulin alpha-1A chain
MD: Tubulin beta-4B chain
ME: Tubulin alpha-1A chain
MF: Tubulin beta-4B chain
N: Sperm acrosome-associated protein 9
O: Sperm acrosome-associated protein 9
P: Sperm acrosome-associated protein 9
Q: Sperm acrosome-associated protein 9
R: Sperm acrosome-associated protein 9
S: Sperm acrosome-associated protein 9
T: Sperm acrosome-associated protein 9
U: Sperm acrosome-associated protein 9
V: Sperm acrosome-associated protein 9
W: Sperm acrosome-associated protein 9
X: Sperm acrosome-associated protein 9
d: Sperm acrosome-associated protein 9
e: Sperm acrosome-associated protein 9
f: Sperm acrosome-associated protein 9
g: Sperm acrosome-associated protein 9
h: Sperm acrosome-associated protein 9
i: Sperm acrosome-associated protein 9
j: Sperm acrosome-associated protein 9
k: Sperm acrosome-associated protein 9
l: Sperm acrosome-associated protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,672,060223
ポリマ－4,634,414109
非ポリマー37,646114
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 109分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXdefghi...

#1: タンパク質 ...
Sperm acrosome-associated protein 9


分子量: 25208.977 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96E40
#2: タンパク質 ...
Tubulin beta-4B chain / Tubulin beta-2 chain / Tubulin beta-2C chain


分子量: 49877.824 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68371
#3: タンパク質 ...
Tubulin alpha-1A chain / Alpha-tubulin 3 / Tubulin B-alpha-1 / Tubulin alpha-3 chain


分子量: 50188.441 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q71U36

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非ポリマー , 3種, 114分子

#4: 化合物...
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物...
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Singlet microtubule and associated SPACA9 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Filaments
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon画像取得
12RELION4３次元再構成
13PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21990 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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