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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7umv | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of MAP kinase phosphatase 5 in complex with 3,3-dimethyl-1-((5,6-dihydropyrido[2,3-h]quinazolin-2-yl)thio)butan-2-one, an allosteric inhibitor | |||||||||||||||
要素 | Dual specificity protein phosphatase 10 | |||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / phosphatase (ホスファターゼ) / protein-tyrosine phosphatase / dual specificity phosphatase / phosphatase-inhibitor complex / HYDROLASE-INHIBITOR complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of epithelial cell migration / peptidyl-threonine dephosphorylation ...negative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of epithelial cell migration / peptidyl-threonine dephosphorylation / Signaling by MAPK mutants / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of JUN kinase activity / RAF-independent MAPK1/3 activation / negative regulation of JNK cascade / JUN kinase binding / positive regulation of regulatory T cell differentiation / myosin phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / protein-serine/threonine phosphatase / oligodendrocyte differentiation / phosphatase activity / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / stress-activated MAPK cascade / 脱リン酸化 / negative regulation of cell migration / プロテインチロシンホスファターゼ / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Negative regulation of MAPK pathway / negative regulation of epithelial cell proliferation / response to lipopolysaccharide / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Gannam, Z.T.K. / Jamali, H. / Lolis, E. / Anderson, K.S. / Ellman, J.A. / Bennett, A.M. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Defining the structure-activity relationship for a novel class of allosteric MKP5 inhibitors. 著者: Gannam, Z.T.K. / Jamali, H. / Kweon, O.S. / Herrington, J. / Shillingford, S.R. / Papini, C. / Gentzel, E. / Lolis, E. / Bennett, A.M. / Ellman, J.A. / Anderson, K.S. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7umv.cif.gz | 84.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7umv.ent.gz | 58.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7umv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17449.961 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 320-467 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUSP10, MKP5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y6W6, protein-serine/threonine phosphatase, プロテインチロシンホスファターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-NUU / |
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.87 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Tris, pH 7.5, 200 mM ammonium acetate, 40% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.797→53.4 Å / Num. obs: 27956 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 29.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09617 / Rrim(I) all: 0.09881 / Net I/σ(I): 19.97 |
反射 シェル | 解像度: 1.797→1.861 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 1.102 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 23832 / CC1/2: 0.89 / Rrim(I) all: 1.168 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6MC1 解像度: 1.8→53.4 Å / SU ML: 0.2242 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.6362 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→53.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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