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Yorodumi- PDB-7umu: Structure of MAP kinase phosphatase 5 in complex with 3,3-dimethy... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7umu | |||||||||||||||
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Title | Structure of MAP kinase phosphatase 5 in complex with 3,3-dimethyl-1-((5,6-dihydrobenzo[h]quinazolin-2-yl)thio)butan-2-one, an allosteric inhibitor | |||||||||||||||
Components | Dual specificity protein phosphatase 10 | |||||||||||||||
Keywords | HYDROLASE/INHIBITOR / phosphatase / protein-tyrosine phosphatase / dual specificity phosphatase / phosphatase-inhibitor complex / HYDROLASE-INHIBITOR complex | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of epithelial cell migration / peptidyl-threonine dephosphorylation ...negative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of epithelial cell migration / peptidyl-threonine dephosphorylation / negative regulation of JUN kinase activity / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / JUN kinase binding / negative regulation of JNK cascade / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / mitogen-activated protein kinase p38 binding / dephosphorylation / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / oligodendrocyte differentiation / phosphatase activity / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / stress-activated MAPK cascade / protein-tyrosine-phosphatase / negative regulation of cell migration / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Negative regulation of MAPK pathway / negative regulation of epithelial cell proliferation / response to lipopolysaccharide / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.51 Å | |||||||||||||||
Authors | Gannam, Z.T.K. / Jamali, H. / Lolis, E. / Anderson, K.S. / Ellman, J.A. / Bennett, A.M. | |||||||||||||||
Funding support | United States, 4items
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Citation | Journal: Eur.J.Med.Chem. / Year: 2022 Title: Defining the structure-activity relationship for a novel class of allosteric MKP5 inhibitors. Authors: Gannam, Z.T.K. / Jamali, H. / Kweon, O.S. / Herrington, J. / Shillingford, S.R. / Papini, C. / Gentzel, E. / Lolis, E. / Bennett, A.M. / Ellman, J.A. / Anderson, K.S. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7umu.cif.gz | 449.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7umu.ent.gz | 310.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7umu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7umu_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7umu_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
Data in XML | 7umu_validation.xml.gz | 34.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7umu_validation.cif.gz | 42.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7u4oC 7u4rC 7umvC 7un0C 7un4C 6mc1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 17449.961 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 320-467 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DUSP10, MKP5 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q9Y6W6, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase #2: Chemical | ChemComp-NUN / #3: Chemical | ChemComp-DTT / Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.36 Å3/Da / Density % sol: 63.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 100 mM HEPES (pH 7.5) 200 mM ammonium acetate 25% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.51→48.48 Å / Num. obs: 92335 / % possible obs: 99.77 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 43.25 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1324 / Rpim(I) all: 0.07974 / Net I/σ(I): 10.05 |
Reflection shell | Resolution: 2.51→2.6 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.111 / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique obs: 17403 / CC1/2: 0.512 / CC star: 0.823 / Rpim(I) all: 0.6661 / % possible all: 99.85 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6MC1 Resolution: 2.51→48.48 Å / SU ML: 0.3545 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.5755 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.51→48.48 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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