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Yorodumi- PDB-7u4r: Structure of MAP kinase phosphatase 5 in complex with 3,3-dimethy... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7u4r | |||||||||||||||
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| Title | Structure of MAP kinase phosphatase 5 in complex with 3,3-dimethyl-1-((9-propyl-5,6-dihydrothieno[2,3-h]quinazolin-2-yl)thio)butan-2-one, an allosteric inhibitor | |||||||||||||||
Components | Dual specificity protein phosphatase 10 | |||||||||||||||
Keywords | HYDROLASE/INHIBITOR / phosphatase / protein-tyrosine phosphatase / dual specificity phosphatase / phosphatase-inhibitor complex / HYDROLASE-INHIBITOR complex | |||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationnegative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of epithelial cell migration / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of oligodendrocyte differentiation ...negative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of epithelial cell migration / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / JUN kinase binding / dephosphorylation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of JNK cascade / positive regulation of regulatory T cell differentiation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphatase activity / oligodendrocyte differentiation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / stress-activated MAPK cascade / protein-tyrosine-phosphatase / negative regulation of cell migration / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of epithelial cell proliferation / Negative regulation of MAPK pathway / response to lipopolysaccharide / signal transduction / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.14 Å | |||||||||||||||
Authors | Gannam, Z.T.K. / Jamali, H. / Gentzel, E. / Lolis, E. / Anderson, K.S. / Ellman, J.A. / Bennett, A.M. | |||||||||||||||
| Funding support | United States, 4items
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Citation | Journal: Eur.J.Med.Chem. / Year: 2022Title: Defining the structure-activity relationship for a novel class of allosteric MKP5 inhibitors. Authors: Gannam, Z.T.K. / Jamali, H. / Kweon, O.S. / Herrington, J. / Shillingford, S.R. / Papini, C. / Gentzel, E. / Lolis, E. / Bennett, A.M. / Ellman, J.A. / Anderson, K.S. | |||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 7u4r.cif.gz | 446 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7u4r.ent.gz | 311.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7u4r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7u4r_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7u4r_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
| Data in XML | 7u4r_validation.xml.gz | 34.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 7u4r_validation.cif.gz | 42.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/7u4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/7u4r | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7u4oC ![]() 7umuC ![]() 7umvC ![]() 7un0C ![]() 7un4C ![]() 6mc1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 322 - 464 / Label seq-ID: 7 - 149
|
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Components
| #1: Protein | Mass: 17449.961 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 320-467 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DUSP10, MKP5 / Production host: ![]() References: UniProt: Q9Y6W6, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase #2: Chemical | ChemComp-L8R / Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.38 Å3/Da / Density % sol: 63.62 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 100 mM bis-Tris, pH 5.5, 200 mM ammonium acetate, 5% w/v PEG3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9798 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 9, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9798 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.14→48.49 Å / Num. obs: 24364 / % possible obs: 84.66 % / Redundancy: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 89.69 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.05884 / Rrim(I) all: 0.08216 / Net I/σ(I): 9.07 |
| Reflection shell | Resolution: 3.14→3.252 Å / Redundancy: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5262 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 3500 / CC1/2: 0.586 / Rrim(I) all: 0.7351 / % possible all: 86.03 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 6MC1 Resolution: 3.14→48.49 Å / SU ML: 0.4592 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 26.4883 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 95.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.14→48.49 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 4items
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