PDB-7ulu: Human DDAH1 soaked with its inhibitor ClPyrAA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ulu

タイトル

Human DDAH1 soaked with its inhibitor ClPyrAA

要素

N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1

キーワード

HYDROLASE / DDAH1 / Dimethylargininase / DDAH / ClPyrAA

機能・相同性

機能・相同性情報

dimethylargininase / dimethylargininase activity / citrulline metabolic process / negative regulation of cellular response to hypoxia / arginine metabolic process / regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of vascular permeability / nitric oxide metabolic process / amino acid binding / catalytic activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Butrin, A. / Zheng, Y. / Tuley, A. / Liu, D. / Fast, W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Optimization of a switchable electrophile fragment into a potent and selective covalent inhibitor of human DDAH1
著者: Tuley, A. / Zheng, Y. / Tommasi, S. / Butrin, A. / May, K.V. / Ahn, Y. / Reidl, T.C. / Weerakoon, L. / Hulin, J. / Meech, R. / Patel, D.S. / Horton, C.P. / Swartzel, C.J. / Kim, Y. / ...

履歴

登録	2022年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ulu.cif.gz	230.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ulu.ent.gz	185.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ulu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ulu_validation.pdf.gz	947.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ulu_full_validation.pdf.gz	954.8 KB	表示
XML形式データ	7ulu_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	7ulu_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ulu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/7ulu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ulvC 7ulxC 3p8eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1

B: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1

ヘテロ分子

67.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.810, 46.850, 80.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.150, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 / Dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 / DDAHI / Dimethylargininase-1 分子量: 33623.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDAH1, DDAH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94760, dimethylargininase
#2: 化合物	ChemComp-NOU / (2S)-2-amino-4-[(pyridin-2-yl)amino]butanoic acid 分子量: 195.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Purified DDAH1 was concentrated to approximately 10 mg/mL using an Amicon-Ultra centrifugal filter device (10 kDa MWCO). The protein was crystallized at 25 C using the hanging drop method ...詳細: Purified DDAH1 was concentrated to approximately 10 mg/mL using an Amicon-Ultra centrifugal filter device (10 kDa MWCO). The protein was crystallized at 25 C using the hanging drop method (Hampton Research, Aliso Viejo, CA) from 25 % (w/v) PEG6000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.2. Further optimization was done manually using a 1:1 well solution: DDAH1 stock solution ratio to improve crystal size and morphology. Crystals grew to their maximum size in 3 weeks and were harvested after approximately 25 days. To determine the structure of DDAH1 in complex with ligand, the crystals were transferred to a reservoir containing 20 uL of 20 mM of ligand in the crystallization mother liquor (25% PEG 6000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.2) and soaked for 30 min. Before data collection, crystals with good size and morphology were transferred into a cryoprotection solution (Well Solution supplemented with 25 % (v/v) glycerol) for 1 to 5 seconds using a the cryoloop (Hampton Research, Laguna Niguel, CA). Individual hDDAH1:ligand crystals were flash frozen in liquid nitrogen before use.

結晶

マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.91 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Purified DDAH1 was concentrated to approximately 10 mg/mL using an Amicon-Ultra centrifugal filter device (10 kDa MWCO). The protein was crystallized at 25 C using the hanging drop method ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→75.83 Å / Num. obs: 24478 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 47.78 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 123773 / Scaling rejects: 149

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all	R_rim(I) all
2.2-2.27	3.2	1.084	1348	0.383	0.699	59.8
9.07-75.83	4.9	0.044	417	0.987	0.023	99.2	0.05

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3P8E

3p8e

解像度: 2.2→62.56 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2668	1205	4.93 %
R_work	0.2075	23243	-
obs	0.2103	24448	91.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.68 Å² / B_iso mean: 71.5289 Å² / B_iso min: 28.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→62.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4234	0	0	34	4268
B_iso mean	-	-	-	57.71	-
残基数	-	-	-	-	550

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.29	0.4901	92	0.3796	1670	1762	60
2.29-2.39	0.388	111	0.3459	2046	2157	74
2.39-2.52	0.3971	123	0.2945	2541	2664	90
2.52-2.68	0.3294	153	0.2884	2778	2931	100
2.68-2.88	0.3467	167	0.2804	2797	2964	100
2.88-3.17	0.3494	139	0.2493	2799	2938	100
3.17-3.63	0.2906	142	0.2179	2844	2986	100
3.63-4.58	0.2439	132	0.1688	2844	2976	100
4.58-62.56	0.175	146	0.1557	2924	3070	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1505	0.5028	0.0797	1.7828	1.127	1.664	-0.1785	0.1521	-0.3439	0.384	-0.0193	0.2102	0.0534	0.0324	-0.0004	0.465	0.0271	-0.0111	0.4318	0.096	0.422	12.4876	-3.8804	6.1456
2	0.2577	0.2546	0.5234	0.7356	0.1861	0.9888	-0.0539	0.0798	-0.1114	-0.0845	0.0106	-0.055	0.036	-0.1391	0.0001	0.394	0.0203	0.0069	0.3691	0.0703	0.5276	3.8969	-6.3589	-0.5174
3	2.2707	0.1813	-0.1774	0.3722	0.2569	0.9402	-0.2676	-0.5585	0.0646	0.2937	0.1421	0.1288	0.0181	0.0559	-0.001	0.467	0.0309	-0.0034	0.4383	-0.038	0.437	14.6671	0.2856	8.4882
4	1.1403	0.192	0.2554	0.111	-0.0604	0.0222	-0.5765	-0.6162	0.7342	1.1007	0.0959	0.1717	-0.3191	-0.4505	-0.0568	0.6523	0.0407	0.0169	0.5248	-0.0948	0.3349	12.6718	5.9917	13.5967
5	2.2987	1.1174	0.0333	1.1061	0.0612	1.4772	-0.2166	-0.1276	0.7222	-0.0776	0.2466	-0.3369	-0.3777	0.1865	0.0301	0.4854	-0.0314	-0.0984	0.3988	-0.128	0.4496	21.966	9.6044	3.5716
6	0.6649	0.1523	-0.1988	0.7732	0.795	0.8927	-0.1491	-0.2798	0.37	-0.0566	0.4462	-0.398	-0.8571	0.996	-0.0009	0.5333	-0.1716	-0.0285	0.5981	-0.176	0.729	28.1883	12.8037	2.0454
7	0.8242	0.9786	-0.2795	0.9611	-0.5907	0.6781	-0.3429	0.4306	0.558	-0.0342	0.3906	-0.1564	-0.2096	0.1548	0.0001	0.4765	-0.0769	-0.0519	0.4452	-0.0245	0.5007	21.0984	1.5161	-9.6534
8	0.2316	0.5468	-0.6435	0.6527	-0.9451	1.404	0.0261	0.7401	0.3907	-0.6353	0.2842	-0.8901	-0.4021	0.6614	0.0003	0.6642	-0.2114	0.0983	0.6929	-0.1062	0.66	28.7104	4.3333	-14.1626
9	0.8705	0.6463	-0.9524	1.5636	0.1645	1.7176	-0.2283	0.2352	-0.3619	-0.2455	0.0219	-0.2217	0.2778	-0.1373	0	0.4687	-0.0248	0.0092	0.4067	-0.11	0.4096	18.8551	-10.9818	-8.7773
10	1.2695	-0.1042	-1.3924	1.0763	-0.0641	1.5901	-0.0379	0.1156	-0.4091	0.0667	0.1379	0.0231	-0.0067	0.1795	0.0001	0.343	-0.0105	-0.0371	0.3138	-0.0198	0.4106	15.8873	-7.0269	-1.8458
11	0.097	0.1166	-0.4556	3.3905	-1.1846	0.9062	0.007	-0.5161	0.5236	1.4871	0.3781	-0.6141	-0.4028	-0.2159	0.1373	1.1198	0.1707	0.0336	0.6922	0.1082	0.5861	1.2681	7.334	-30.5834
12	0.449	0.6415	-0.7492	1.9921	-1.3378	0.7558	0.0808	0.5969	0.232	0.2965	-0.0525	-0.9578	-0.417	0.0388	0.0001	0.6478	0.0526	-0.0881	0.6698	-0.0158	0.9338	9.3063	10.3341	-37.7325
13	2.5101	0.766	0.2462	1.4841	-0.022	1.4749	-0.3815	-1.046	-0.8021	1.2146	0.5507	0.3335	-0.3977	0.0224	-0.0001	0.8212	0.1716	0.0849	0.7861	0.2468	0.7329	0.1896	1.6346	-28.4563
14	2.9487	0.1154	-0.308	0.2691	0.2938	0.8795	-1.1839	-1.1217	-1.9749	1.7955	0.9698	1.2525	-0.2267	-0.5326	0.0363	1.1507	0.3723	0.3402	0.897	0.5736	0.7817	-4.7452	-4.2334	-25.7969
15	0.3743	-0.1253	-0.035	0.0739	0.2465	0.7342	-0.093	0.9804	-2.0461	-0.0578	0.5975	2.255	0.5037	-1.3392	0.0614	0.5009	-0.0229	0.2333	1.1761	0.1835	1.6084	-10.6799	-5.3546	-39.6193
16	1.5976	0.3813	-0.4567	0.105	-0.2029	0.4229	-0.1233	0.0538	-2.7176	0.3918	0.249	1.481	0.3737	-1.3591	0.5966	0.7254	-0.042	0.5798	1.0094	0.3026	1.789	-14.8726	-9.0018	-34.3645
17	0.6862	0.6547	-0.4978	0.5594	-0.3142	0.4086	0.1632	0.9616	-1.25	-0.5226	0.293	0.6343	0.0898	-0.6307	0.0048	0.5857	-0.0849	-0.0331	1.0098	0.0147	0.9033	-5.9287	0.6246	-44.6028
18	1.0199	-0.7858	-0.3997	3.3285	-2.1379	4.2686	0.0642	0.8001	0.1817	-0.5075	0.3609	1.1027	-0.1046	-0.7909	0.0161	0.4292	0.035	-0.0187	1.0472	0.2029	0.8793	-11.2222	8.3268	-45.7883
19	0.8942	1.3645	0.3967	2.1219	0.6777	0.3902	0.0147	0.6841	0.7038	0.3179	0.1126	0.0831	-0.2037	0.0741	-0.001	0.5968	0.1855	0.1579	0.9618	0.3561	0.7683	-5.5286	18.1101	-45.7186
20	1.4442	0.8061	0.6251	1.4784	0.3523	0.2557	-0.2438	0.0778	-1.0641	0.7277	0.0875	-0.163	-0.0896	-0.0918	0.0184	0.6552	0.0958	0.1092	0.6001	0.0604	0.4772	-1.5166	6.165	-35.0802

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 28 )	A	8 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 55 )	A	29 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 56 through 95 )	A	56 - 95
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 96 through 111 )	A	96 - 111
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 112 through 147 )	A	112 - 147
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 148 through 167 )	A	148 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 168 through 191 )	A	168 - 191
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 192 through 214 )	A	192 - 214
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 215 through 251 )	A	215 - 251
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 252 through 282 )	A	252 - 282
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 8 through 28 )	B	8 - 28
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 29 through 55 )	B	29 - 55
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 56 through 100 )	B	56 - 100
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 101 through 133 )	B	101 - 133
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 134 through 147 )	B	134 - 147
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 148 through 167 )	B	148 - 167
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 168 through 182 )	B	168 - 182
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 183 through 242 )	B	183 - 242
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 243 through 264 )	B	243 - 264
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 265 through 282 )	B	265 - 282

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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