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万見
- PDB-7uir: Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uir
タイトルCocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and Tiam1 in complex with ATP
要素
  • Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
  • T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1
キーワードTRANSFERASE / CaMKII / Kinase / Human / CAMK2A
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Schwann cell chemotaxis / brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / regulation of dopaminergic neuron differentiation / CDC42 GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / EPHB-mediated forward signaling / peptidyl-threonine autophosphorylation ...positive regulation of Schwann cell chemotaxis / brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / regulation of dopaminergic neuron differentiation / CDC42 GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / EPHB-mediated forward signaling / peptidyl-threonine autophosphorylation / NRAGE signals death through JNK / extrinsic component of postsynaptic density membrane / regulation of endocannabinoid signaling pathway / kinocilium / RAC1 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / G alpha (12/13) signalling events / regulation of neuron migration / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of neurotransmitter secretion / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / dendritic spine development / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cell-cell contact zone / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of calcium ion transport / protein localization to membrane / negative regulation of hydrolase activity / cardiac muscle hypertrophy / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / activation of GTPase activity / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / regulation of postsynapse organization / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / neuron projection extension / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / main axon / positive regulation of axonogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / regulation of GTPase activity / pericentriolar material / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / Rac protein signal transduction / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of neuronal synaptic plasticity / Ion transport by P-type ATPases / Long-term potentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / HSF1-dependent transactivation / ephrin receptor signaling pathway / cellular response to interferon-beta / glutamate receptor binding / axonal growth cone / Ion homeostasis / somatodendritic compartment / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / ephrin receptor binding / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell-matrix adhesion / response to ischemia / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RAF activation / phospholipid binding / receptor tyrosine kinase binding / ruffle membrane / positive regulation of neuron projection development / cellular response to type II interferon / G1/S transition of mitotic cell cycle / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / calcium ion transport / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell-cell junction / cell migration / kinase activity / Ca2+ pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / RAF/MAP kinase cascade / microtubule binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / dendritic spine / postsynaptic density / calmodulin binding / positive regulation of cell migration / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity
類似検索 - 分子機能
TIAM1, CC-Ex domain / Tiam1/Tiam2/Protein still life / T-lymphoma invasion and metastasis CC-Ex domain / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. ...TIAM1, CC-Ex domain / Tiam1/Tiam2/Protein still life / T-lymphoma invasion and metastasis CC-Ex domain / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / NTF2-like domain superfamily / PH domain / PH domain profile. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Rho guanine nucleotide exchange factor TIAM1 / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ozden, C. / Stratton, M.M. / Garman, S.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: CaMKII binds both substrates and activators at the active site.
著者: Ozden, C. / Sloutsky, R. / Mitsugi, T. / Santos, N. / Agnello, E. / Gaubitz, C. / Foster, J. / Lapinskas, E. / Esposito, E.A. / Saneyoshi, T. / Kelch, B.A. / Garman, S.C. / Hayashi, Y. / Stratton, M.M.
履歴
登録2022年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2022年4月6日ID: 6XF0
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
C: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1
D: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7189
ポリマ－65,4174
非ポリマー1,3015
水00
1
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
C: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4785
ポリマ－32,7092
非ポリマー7703
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
D: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2404
ポリマ－32,7092
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.494, 138.835, 154.968
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRHISHISAA7 - 2731 - 267
21THRTHRHISHISBB7 - 2731 - 267
12ASPASPALAALACC1544 - 15584 - 18
22ASPASPALAALADD1544 - 15584 - 18

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.84159, 0.019972, -0.539747), (-0.540101, -0.02347, 0.841273), (0.004134, 0.999525, 0.030539)-17.54697, 17.75614, -17.80015
3given(1), (1), (1)
4given(-0.839335, -0.009434, -0.543532), (-0.543546, -0.001226, 0.839378), (-0.008585, 0.999955, -0.004098)-17.91581, 17.33535, -19.3223

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要素

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha / CaMK-II subunit alpha


分子量: 30548.086 Da / 分子数: 2 / 変異: D135N, Q223K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMK2A, CAMKA, KIAA0968 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UQM7, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1 / TIAM-1


分子量: 2160.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q60610
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES, 16% PEG 6000, 0.1% v/v Triton X-114

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 K thorughout the collection / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月23日 / 詳細: Rigaku VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 16953 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Rpim(I) all: 0.131 / Rrim(I) all: 0.317 / Χ2: 3.446 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.13-3.184.60.878010.6180.4330.9771.40296.5
3.18-3.244.50.7668040.6260.3790.8591.42696.6
3.24-3.34.80.6718240.6570.3230.7482.29293.3
3.3-3.374.90.5517970.7490.2640.6141.79593.3
3.37-3.445.10.4317720.7920.2070.481.78796.7
3.44-3.535.10.3758420.8450.1780.4181.84598
3.53-3.615.20.3948500.8450.1850.4372.28997.3
3.61-3.715.50.4287990.8950.1980.4742.43596.8
3.71-3.825.40.4938370.9420.2150.5392.90897.8
3.82-3.945.40.2918620.9280.1350.3222.37498.6
3.94-4.085.60.2888210.9340.130.3173.42598.4
4.08-4.255.80.2438500.9510.1090.2682.51999.5
4.25-4.445.90.2168660.9650.0960.2372.68699.3
4.44-4.676.30.1948500.970.0830.2123.31499.9
4.67-4.976.30.2198680.9650.0940.242.6899.8
4.97-5.356.40.2678820.9510.1130.294.498100
5.35-5.896.40.3028570.9220.1280.3293.853100
5.89-6.746.30.2718910.950.1180.2964.327100
6.74-8.486.10.1859150.9760.0820.2036.784100
8.48-505.20.1189650.980.0580.13210.78898

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6vzk

6vzk


解像度: 3.1→33.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 22.977 / SU ML: 0.376 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.456 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2744 864 5 %RANDOM
Rwork0.2321 ---
obs0.2342 16512 97.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.41 Å2 / Biso mean: 41.56 Å2 / Biso min: 14.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å20 Å20 Å2
2--3.39 Å2-0 Å2
3----2.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→33.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4442 0 79 0 4521
Biso mean--62.04 --
残基数----564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0134632
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.646297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.141.5729792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4575558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.26522.189233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.41615747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7091526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02966
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A82490.06
12B82490.06
21C3330.05
22D3330.05
LS精密化 シェル解像度: 3.103→3.183 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 53 -
Rwork0.378 1130 -
all-1183 -
obs--94.79 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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