[日本語] English
万見
- PDB-7ued: Crystal structure of full length mesothelin bound with MORAb-009 Fab -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ued
タイトルCrystal structure of full length mesothelin bound with MORAb-009 Fab
要素
  • (MORAb-009 Fab ...) x 2
  • Isoform 4 of Mesothelin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Mesothelin
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / Golgi apparatus / extracellular region ...Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / Golgi apparatus / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mesothelin / Stereocilin-related / Mesothelin / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhan, J. / Esser, L. / Lin, D. / Tang, W.K. / Xia, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Cancer Res Commun / 年: 2023
タイトル: Structures of Cancer Antigen Mesothelin and Its Complexes with Therapeutic Antibodies.
著者: Zhan, J. / Lin, D. / Watson, N. / Esser, L. / Tang, W.K. / Zhang, A. / Liu, X. / Hassan, R. / Gleinich, A. / Shajahan, A. / Azadi, P. / Pastan, I. / Xia, D.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
M: Isoform 4 of Mesothelin
L: MORAb-009 Fab light chain
H: MORAb-009 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3577
ポリマ－81,6493
非ポリマー7094
水59433
1
M: Isoform 4 of Mesothelin
ヘテロ分子

L: MORAb-009 Fab light chain
H: MORAb-009 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3577
ポリマ－81,6493
非ポリマー7094
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.447, 133.447, 276.087
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 MORAb-009 Fab light chain


分子量: 23140.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 MORAb-009 Fab heavy chain


分子量: 23246.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 M

#1: タンパク質 Isoform 4 of Mesothelin / CAK1 antigen / Pre-pro-megakaryocyte-potentiating factor


分子量: 35261.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSLN, MPF
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13421
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 36分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris, pH 7, 150 mM sodium citrate, 16.4% PEG3350, 100 mM lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 21609 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 66.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 6.444
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.499 / Num. unique obs: 1755

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F3F

4f3f


解像度: 3→24.68 Å / SU ML: 0.3659 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.53 / 位相誤差: 22.7411
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1109 5.18 %
Rwork0.2007 20310 -
obs0.2026 21419 84.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→24.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5532 0 44 33 5609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00225700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55357738
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0397869
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038986
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.09052091
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.140.29041020.2992032X-RAY DIFFRACTION68.66
3.14-3.30.30051180.29072223X-RAY DIFFRACTION75.22
3.3-3.510.31681270.26122433X-RAY DIFFRACTION81.58
3.51-3.780.27941480.2392591X-RAY DIFFRACTION87.68
3.78-4.160.2221410.19492630X-RAY DIFFRACTION88.22
4.16-4.750.20411500.16072722X-RAY DIFFRACTION90.57
4.75-5.980.20751530.17242776X-RAY DIFFRACTION91.36
5.98-24.680.22131700.17572903X-RAY DIFFRACTION91.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.094607539350.7365778307572.298215137411.278491450961.629679904124.35203810170.206934200120.0336715787888-0.1065313562690.100895935288-0.0774964009298-0.02660791732320.464473255907-0.0114198556128-0.1397519243030.5386355251690.0601172947350.1009855702970.546737420841-0.008233439561470.50326180515-2.3264503542129.8165315985-45.1841517068
20.08692198121620.1610376547330.4324753380633.036461550461.132813939131.031336934270.147788131229-0.06508990595470.0339039476030.4018263252-0.35578040970.438374363510.245713080527-0.4578944239280.2461920917450.424215958755-0.0904256114150.1345806463650.67295370687-0.1464467947990.615572654931-31.731334359748.6720924993-22.4988086543
31.174712142911.172330547091.130883110062.551600074791.313837632481.1351821947-0.050463084993-0.001080061903880.0247707778468-0.214735076362-0.05177412065260.104091356117-0.0681498259099-0.2136513725180.09677805988320.4394578211510.0203066561410.05681927079730.572876437057-0.07373302200320.456649559515-22.013244455656.9050256413-35.2893075544
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'M' and resid 299 through 587)MA - C299 - 5871
22(chain 'L' and resid 2 through 504)LD - E2 - 5041
33(chain 'H' and resid 1 through 220)HF1 - 2201 - 220

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る