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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u6h | ||||||
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Title | HalD with ornithine and alpha-ketoglutarate | ||||||
![]() | Halogenase D | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||
Function / homology | 2-OXOGLUTARIC ACID / NICKEL (II) ION / L-ornithine / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / ArpA protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Swenson, C.V. / Neugebauer, M.E. / Kissman, E.N. / Chang, M.C.Y. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Biocatalytic control of site-selectivity and chain length-selectivity in radical amino acid halogenases. Authors: Kissman, E.N. / Neugebauer, M.E. / Sumida, K.H. / Swenson, C.V. / Sambold, N.A. / Marchand, J.A. / Millar, D.C. / Chang, M.C.Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 452.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 371.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 47.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7u6iC ![]() 7u6jC ![]() 6nieS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 30780.486 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 8 types, 804 molecules ![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ORN.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ORN.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-NI / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-ORN / #5: Chemical | ChemComp-PGE / #6: Chemical | ChemComp-AKG / #7: Chemical | ChemComp-PG4 / | #8: Chemical | ChemComp-PEG / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 55.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: Equal volumes of protein solution (PkHalD (6 mg/ml), ornithine (3 mM), alpha-ketoglutarate (3 mM, pH7)) and reservoir solution (MES buffer (100 mM, pH 6.2), 25% (w/v) PEG 550 MME were mixed |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 194 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 3, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.11 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→69.84 Å / Num. obs: 87446 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 33.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 620910 / Scaling rejects: 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6NIE Resolution: 2→69.837 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 24.96 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.15 Å2 / Biso mean: 45.0459 Å2 / Biso min: 17.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→69.837 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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