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- PDB-7u6h: HalD with ornithine and alpha-ketoglutarate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u6h
タイトルHalD with ornithine and alpha-ketoglutarate
要素Halogenase D
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成)
機能・相同性2-OXOGLUTARIC ACID / NICKEL (II) ION / オルニチン / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / ArpA protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas kilonensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Swenson, C.V. / Neugebauer, M.E. / Kissman, E.N. / Chang, M.C.Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Biocatalytic control of site-selectivity and chain length-selectivity in radical amino acid halogenases.
著者: Kissman, E.N. / Neugebauer, M.E. / Sumida, K.H. / Swenson, C.V. / Sambold, N.A. / Marchand, J.A. / Millar, D.C. / Chang, M.C.Y.
履歴
登録2022年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Halogenase D
B: Halogenase D
C: Halogenase D
D: Halogenase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,28132
ポリマ－123,1224
非ポリマー3,16028
水13,980776
1
A: Halogenase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6038
ポリマ－30,7801
非ポリマー8237
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Halogenase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7109
ポリマ－30,7801
非ポリマー9298
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Halogenase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5158
ポリマ－30,7801
非ポリマー7357
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Halogenase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4537
ポリマ－30,7801
非ポリマー6736
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.050, 73.226, 73.176
Angle α, β, γ (deg.)66.240, 75.800, 85.280
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Halogenase D


分子量: 30780.486 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas kilonensis (バクテリア)
遺伝子: VP02_10785 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F4XRB2

-
非ポリマー , 8種, 804分子

#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-ORN / L-ornithine / オルニチン / オルニチン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物
ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 776 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Equal volumes of protein solution (PkHalD (6 mg/ml), ornithine (3 mM), alpha-ketoglutarate (3 mM, pH7)) and reservoir solution (MES buffer (100 mM, pH 6.2), 25% (w/v) PEG 550 MME were mixed

-
データ収集

回折平均測定温度: 194 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→69.84 Å / Num. obs: 87446 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 33.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 620910 / Scaling rejects: 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.046.52.2762872544140.5070.9562.4721.196.1
10.77-69.847.80.03744815780.9990.0140.0431.199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSMar 15, 2019データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NIE

6nie


解像度: 2→69.837 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2126 4312 4.93 %
Rwork0.1769 83071 -
obs0.1787 87383 97.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.15 Å2 / Biso mean: 45.0459 Å2 / Biso min: 17.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→69.837 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8261 0 195 776 9232
Biso mean--59.6 50.98 -
残基数----1012
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.02270.36121390.3231274096
2.0227-2.04650.35931520.3194270496
2.0465-2.07150.32881450.2974271596
2.0715-2.09770.33391280.2723280596
2.0977-2.12530.30511510.2648265296
2.1253-2.15440.28241470.2447277297
2.1544-2.18520.27681620.2344270696
2.1852-2.21780.24551280.2234278397
2.2178-2.25250.25921280.2176270696
2.2525-2.28940.25761360.2163282597
2.2894-2.32890.27251480.2134269397
2.3289-2.37120.29511390.2109279597
2.3712-2.41690.23731380.2015273897
2.4169-2.46620.26921390.1914277097
2.4662-2.51980.24491510.1865278697
2.5198-2.57840.22321270.1831275597
2.5784-2.64290.23771360.1845277398
2.6429-2.71440.24911470.1831279898
2.7144-2.79430.24061380.1826276898
2.7943-2.88450.21951460.1728279298
2.8845-2.98750.2161380.1752279198
2.9875-3.10720.20711280.1808277498
3.1072-3.24860.21391530.179278898
3.2486-3.41980.22191680.1664279299
3.4198-3.63410.19031460.1537282299
3.6341-3.91470.16031490.1439275899
3.9147-4.30860.17221470.137284099
4.3086-4.93190.15311590.1308279899
4.9319-6.21310.19211490.1622281799
6.2131-69.8370.19211500.1775281599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9820.25512.18243.31090.19054.62-0.099-0.2033-0.5768-0.72840.09180.28410.3079-1.00990.09760.4232-0.1336-0.00680.4165-0.0980.550711.2622-4.2664-29.3881
21.5191-0.02320.38631.1732-0.04591.7273-0.0221-0.1505-0.4566-0.0591-0.0068-0.00120.0790.04760.05260.28270.00690.00290.3122-0.02220.341527.55360.6486-23.4177
32.0869-0.72860.75035.0209-2.02763.69690.03960.5897-0.3563-0.7605-0.20190.12830.4359-0.1601-0.10770.3486-0.013-0.05580.6276-0.22270.291115.78625.8738-43.7237
42.5542-0.33660.54570.6597-0.10572.02270.02680.38870.2463-0.1645-0.09360.2488-0.1282-0.22530.0710.28820.06040.00330.3972-0.07790.226918.156119.7591-38.6315
51.0342-0.40760.67881.36810.29351.09360.01760.0141-0.10440.08370.02320.3762-0.2235-0.1746-0.01050.24340.01250.00130.4664-0.06470.310715.576111.4056-27.2072
61.4084-0.1120.57050.6310.35960.95130.09330.3603-0.0354-0.1056-0.1311-0.0408-0.0489-0.1180.04680.27310.02790.00610.3843-0.07580.260128.960814.9963-35.3297
71.90240.18420.45762.14640.45721.06740.066-0.03150.28140.0659-0.1660.0003-0.3629-0.070.11460.26520.02830.01530.2852-0.0370.223234.358423.6703-23.0065
81.3962-0.02330.0551.9567-0.05231.25530.07580.5384-0.1857-0.1744-0.0435-0.02440.0438-0.0221-0.06680.24310.0176-0.00620.4183-0.07630.283230.267112.8167-35.1262
91.21550.49370.37991.6218-1.43891.77350.011-0.41890.21520.3580.16970.1588-0.52210.0291-0.19260.33730.0397-0.01150.4838-0.11420.269516.920617.8033-25.4372
102.50510.46530.35261.74260.32251.7674-0.10570.39090.51550.0230.0315-0.0373-0.7829-0.50620.01620.42870.0748-0.01350.51960.02660.470315.663625.897-36.898
110.17960.0795-1.05730.65180.28956.80430.0219-0.24830.2121-0.1035-0.17170.1446-0.4075-0.64720.00880.43930.0546-0.0390.7561-0.27390.427229.460634.22025.9747
122.0997-0.48180.2184.9155-0.66921.96610.0376-0.23610.45020.4779-0.1362-0.6043-0.2014-0.11030.11940.30290.015-0.01970.5102-0.11270.345535.415325.4598-12.2075
131.5448-0.0924-0.26181.37460.4611.62210.0059-0.8683-0.090.4661-0.09980.06710.1195-0.15850.13110.4644-0.0391-0.01250.8333-0.05190.281732.695816.05898.8604
140.9237-0.6328-0.00611.12660.46951.9034-0.0661-0.7496-0.11780.3470.00860.04610.1380.00260.02580.3342-0.0126-0.00310.55190.04050.244835.66037.86711.0118
154.67371.8564-1.3274.1386-0.91753.55-0.1881-0.35670.4601-0.0956-0.1443-0.5342-0.64630.96370.25140.5335-0.1182-0.11630.6655-0.16680.560374.671730.0371-16.6609
161.01910.14230.1031.2815-0.08391.1389-0.0157-0.61340.18190.16750.020.0325-0.0951-0.01920.01820.31240.0289-0.0290.4007-0.07470.272660.129820.4269-15.8942
172.0888-0.1741-0.34422.7413-0.8091.1660.04550.28930.4228-0.44840.0398-0.1001-0.33310.012-0.12290.32280.0490.0430.2650.03710.381659.057632.6424-38.302
182.1761-0.24641.05292.8513-0.78222.6955-0.0529-0.00410.6756-0.2857-0.257-0.6302-0.18880.27610.22160.325-0.00080.04340.3249-0.03240.499772.253131.4083-34.1465
191.64260.0306-0.67541.11170.38170.36590.04750.0720.2328-0.1571-0.0318-0.1542-0.02010.0899-0.00750.230.0042-0.00330.2479-0.02180.290763.427322.5626-32.5945
201.51190.2378-0.01880.9548-0.10271.20450.19240.07650.45310.1026-0.15740.1334-0.2201-0.1748-0.03850.25130.0220.00480.2781-0.07080.354352.768728.4175-28.0863
211.91610.5335-0.17451.80420.45281.69560.0270.3561-0.1901-0.138-0.00320.07450.1564-0.1011-0.04990.22770.0589-0.03580.2803-0.04920.26649.393610.8377-34.5323
221.21080.2703-0.39560.94420.22091.2410.1087-0.11910.4436-0.01250.01530.0757-0.1861-0.0124-0.07020.24730.0172-0.01720.2789-0.0390.383452.371826.441-29.8683
231.2088-0.0070.87911.4291-0.94711.48120.17690.3944-0.2963-0.3001-0.32620.02910.26650.18950.13430.28180.01180.01040.2891-0.02770.386166.509818.2852-34.7202
243.7253-0.1181-0.11571.90550.54673.00350.03630.57750.7226-0.9533-0.18130.0564-0.1932-0.19480.10110.48590.02870.02870.53610.02210.393163.49626.2374-46.2935
252.057-3.34440.416.3721-0.66990.03720.37810.48580.0899-0.4705-0.6369-0.54410.14050.13120.17680.40330.02130.02990.2831-0.05710.603459.0971-18.7203-36.25
262.34040.2335-0.31211.6209-0.52991.0310.0516-0.4425-0.51660.2191-0.1081-0.24340.2742-0.05050.05120.3885-0.0092-0.01330.29130.08930.526454.6312-11.5967-19.1612
271.42980.36440.0661.55050.40841.3286-0.0033-0.222-0.51550.0342-0.0661-0.50760.36690.17680.12090.31670.05290.01450.31470.07030.624765.0515-14.1652-22.1251
281.17570.1123-0.30311.86470.45640.8988-0.0726-0.4683-0.48810.3277-0.0115-0.32190.2020.18750.07480.33080.0252-0.02430.37750.13280.435857.0957-5.4445-12.337
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 25 )A7 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 53 )A26 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 71 )A54 - 71
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 72 through 110 )A72 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 111 through 139 )A111 - 139
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 140 through 176 )A140 - 176
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 177 through 200 )A177 - 200
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 201 through 227 )A201 - 227
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 228 through 247 )A228 - 247
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 248 through 259 )A248 - 259
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 7 through 25 )D7 - 25
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 26 through 41 )D26 - 41
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 42 through 139 )D42 - 139
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 140 through 259 )D140 - 259
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 8 through 25 )B8 - 25
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 26 through 53 )B26 - 53
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 54 through 92 )B54 - 92
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 93 through 110 )B93 - 110
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 111 through 154 )B111 - 154
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 155 through 176 )B155 - 176
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 177 through 200 )B177 - 200
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 201 through 227 )B201 - 227
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 228 through 247 )B228 - 247
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 248 through 260 )B248 - 260
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 7 through 25 )C7 - 25
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 26 through 92 )C26 - 92
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 93 through 139 )C93 - 139
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 140 through 259 )C140 - 259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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