PDB-7u64: Crystal Structure of Anti-Fentanyl Antibody HY6-F9.6 Fab Complexe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u64

タイトル

Crystal Structure of Anti-Fentanyl Antibody HY6-F9.6 Fab Complexed with Fentanyl

要素

(HY6-F9.6 Fab ...) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / mAb / opioid

機能・相同性

Chem-7V7 / ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Rodarte, J.V. / Pancera, M.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structures of drug-specific monoclonal antibodies bound to opioids and nicotine reveal a common mode of binding.
著者: Rodarte, J.V. / Baehr, C. / Hicks, D. / Liban, T.L. / Weidle, C. / Rupert, P.B. / Jahan, R. / Wall, A. / McGuire, A.T. / Strong, R.K. / Runyon, S. / Pravetoni, M. / Pancera, M.

履歴

登録	2022年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u64.cif.gz	1019.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u64.ent.gz	674.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u64.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7u64_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7u64_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	7u64_validation.xml.gz	165.1 KB	表示
CIF形式データ	7u64_validation.cif.gz	235.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/7u64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/7u64	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7u61C 7u62C 7u63C 4lexS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HY6-F9.6 Fab heavy chain

B: HY6-F9.6 Fab light chain

C: HY6-F9.6 Fab heavy chain

D: HY6-F9.6 Fab light chain

E: HY6-F9.6 Fab heavy chain

F: HY6-F9.6 Fab light chain

G: HY6-F9.6 Fab heavy chain

H: HY6-F9.6 Fab light chain

I: HY6-F9.6 Fab heavy chain

J: HY6-F9.6 Fab light chain

K: HY6-F9.6 Fab heavy chain

L: HY6-F9.6 Fab light chain

M: HY6-F9.6 Fab heavy chain

N: HY6-F9.6 Fab light chain

O: HY6-F9.6 Fab heavy chain

P: HY6-F9.6 Fab light chain

Q: HY6-F9.6 Fab heavy chain

R: HY6-F9.6 Fab light chain

ヘテロ分子

442 kDa, 18 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HY6-F9.6 Fab heavy chain

B: HY6-F9.6 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: HY6-F9.6 Fab heavy chain

D: HY6-F9.6 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: HY6-F9.6 Fab heavy chain

F: HY6-F9.6 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: HY6-F9.6 Fab heavy chain

H: HY6-F9.6 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
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5

I: HY6-F9.6 Fab heavy chain

J: HY6-F9.6 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

K: HY6-F9.6 Fab heavy chain

L: HY6-F9.6 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

M: HY6-F9.6 Fab heavy chain

N: HY6-F9.6 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

O: HY6-F9.6 Fab heavy chain

P: HY6-F9.6 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

9

Q: HY6-F9.6 Fab heavy chain

R: HY6-F9.6 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	218.139, 218.139, 89.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁
Space group name Hall	P3₁

-
抗体 , 2種, 18分子 ACEGIKMOQBDFHJLNPR

#1: 抗体	HY6-F9.6 Fab heavy chain 分子量: 24345.039 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	HY6-F9.6 Fab light chain 分子量: 24000.818 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 2911分子

#3: 化合物	ChemComp-7V7 / N-phenyl-N-[1-(2-phenylethyl)piperidin-4-yl]propanamide / フェンタニル分子量: 336.471 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₂H₂₈N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	... ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.8M Sodium Acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97388 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97388 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→43.33 Å / Num. obs: 475987 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 16.94 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_pim(I) all: 0.068 / R_rim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.78	5	1.3	23482	0.789	0.442	0.998	98.8
9.59-43.33	5.3	28.4	2882	0.999	0.02	0.047	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LEX

4lex

解像度: 1.75→43.33 Å / SU ML: 0.1994 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.933
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2249	23982	5.04 %
R_work	0.1972	451470	-
obs	0.1986	475452	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30132	0	475	2829	33436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	31263
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8962	42486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	4770
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	5414
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7649	11097

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.3115	811	0.2838	15101	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.77-1.79	0.3124	853	0.2726	14841	X-RAY DIFFRACTION	98.77
1.79-1.81	0.2928	790	0.2595	14901	X-RAY DIFFRACTION	98.72
1.81-1.84	0.2774	724	0.2526	15072	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.84-1.86	0.3053	804	0.2458	14960	X-RAY DIFFRACTION	98.58
1.86-1.89	0.2675	836	0.2441	15032	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.89-1.91	0.264	834	0.2391	14984	X-RAY DIFFRACTION	99.21
1.91-1.94	0.2917	746	0.2384	14995	X-RAY DIFFRACTION	98.99
1.94-1.97	0.251	781	0.2197	15170	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.97-2	0.2385	748	0.2044	14930	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2-2.04	0.2467	868	0.2	14985	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.04-2.07	0.2489	736	0.214	15111	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.07-2.11	0.2509	785	0.1988	15069	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.11-2.16	0.2198	801	0.1898	15018	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.16-2.2	0.2119	851	0.1895	15084	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.2-2.26	0.2328	810	0.1958	15028	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.26-2.31	0.2346	788	0.1875	15052	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.31-2.38	0.2241	814	0.1897	15044	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.38-2.44	0.2325	860	0.1904	15070	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.44-2.52	0.2399	765	0.1982	15003	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.52-2.61	0.247	730	0.2018	15290	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.61-2.72	0.2418	888	0.205	14982	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.72-2.84	0.2422	719	0.2034	15217	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.84-2.99	0.2223	760	0.1999	15093	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.99-3.18	0.2229	847	0.1931	15123	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.18-3.42	0.2035	792	0.1794	15112	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.43-3.77	0.1852	824	0.1642	15063	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.77-4.31	0.1682	821	0.1592	15060	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.31-5.43	0.1698	814	0.1607	15076	X-RAY DIFFRACTION	99.49
5.43-43.33	0.2348	782	0.2198	15004	X-RAY DIFFRACTION	99.11

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