[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7u63: Crystal Structure Anti-Oxycodone Antibody HY2-A12 Fab Complexed w... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u63 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure Anti-Oxycodone Antibody HY2-A12 Fab Complexed with Oxycodone | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / mAb / opioid | ||||||
Function / homology | Chem-OOX![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rodarte, J.V. / Pancera, M.P. / Weidle, C. / Rupert, P.B. / Strong, R.K. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of drug-specific monoclonal antibodies bound to opioids and nicotine reveal a common mode of binding. Authors: Rodarte, J.V. / Baehr, C. / Hicks, D. / Liban, T.L. / Weidle, C. / Rupert, P.B. / Jahan, R. / Wall, A. / McGuire, A.T. / Strong, R.K. / Runyon, S. / Pravetoni, M. / Pancera, M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 251.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 198.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 44.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 63.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7u61C ![]() 7u62C ![]() 7u64C ![]() 3tt1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Antibody | Mass: 23042.525 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23987.631 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.09 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Tris pH 8.5, 0.1M 20% PEG 3350 Isopropanol 20% |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 19, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.24→50 Å / Num. obs: 59023 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 0.889 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 103835 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3TT1 Resolution: 2.3→42.85 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / Phase error: 31.04 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 106.93 Å2 / Biso mean: 35.5981 Å2 / Biso min: 5.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→42.85 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
|