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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u63 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Anti-Oxycodone Antibody HY2-A12 Fab Complexed with Oxycodone | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / mAb / opioid | ||||||
機能・相同性 | Chem-OOX![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rodarte, J.V. / Pancera, M.P. / Weidle, C. / Rupert, P.B. / Strong, R.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of drug-specific monoclonal antibodies bound to opioids and nicotine reveal a common mode of binding. 著者: Rodarte, J.V. / Baehr, C. / Hicks, D. / Liban, T.L. / Weidle, C. / Rupert, P.B. / Jahan, R. / Wall, A. / McGuire, A.T. / Strong, R.K. / Runyon, S. / Pravetoni, M. / Pancera, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 251.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 198.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23042.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23987.631 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris pH 8.5, 0.1M 20% PEG 3350 Isopropanol 20% |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月19日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 59023 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 0.889 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 103835 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3TT1 解像度: 2.3→42.85 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.04 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.93 Å2 / Biso mean: 35.5981 Å2 / Biso min: 5.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→42.85 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
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