PDB-7u62: Crystal structure of Anti-Heroin Antibody HY4-1F9 Fab Complexed w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u62

タイトル

Crystal structure of Anti-Heroin Antibody HY4-1F9 Fab Complexed with Morphine

要素

HY4-1F9 Fab Heavy Chain
HY4-1F9 Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / mAb / opioid

機能・相同性

ACETATE ION / Chem-MOI

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Rodarte, J.V. / Pancera, M.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structures of drug-specific monoclonal antibodies bound to opioids and nicotine reveal a common mode of binding.
著者: Rodarte, J.V. / Baehr, C. / Hicks, D. / Liban, T.L. / Weidle, C. / Rupert, P.B. / Jahan, R. / Wall, A. / McGuire, A.T. / Strong, R.K. / Runyon, S. / Pravetoni, M. / Pancera, M.

履歴

登録	2022年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u62.cif.gz	340 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u62.ent.gz	278.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7u62_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7u62_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7u62_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	7u62_validation.cif.gz	50.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/7u62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/7u62	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7u61C 7u63C 7u64C 1mlbS 4webS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: HY4-1F9 Fab Heavy Chain

L: HY4-1F9 Fab Light Chain

I: HY4-1F9 Fab Heavy Chain

M: HY4-1F9 Fab Light Chain

ヘテロ分子

95.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: HY4-1F9 Fab Heavy Chain

L: HY4-1F9 Fab Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

I: HY4-1F9 Fab Heavy Chain

M: HY4-1F9 Fab Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.792, 97.179, 76.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.230, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	HY4-1F9 Fab Heavy Chain 分子量: 24433.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	HY4-1F9 Fab Light Chain 分子量: 22809.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-MOI / (7R,7AS,12BS)-3-METHYL-2,3,4,4A,7,7A-HEXAHYDRO-1H-4,12-METHANO[1]BENZOFURO[3,2-E]ISOQUINOLINE-7,9-DIOL / MORPHINE / (5A,6A)-7,8-DIDEHYDRO-4,5-EPOXY-17-METHYLMORPHINIAN-3,6-DIOL / MORPHIUM / MORPHIA / DOLCONTIN / DUROMORPH / MORPHINA / NEPENTHE / モルヒネ分子量: 285.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 8000 0.1M Sodium Cacodylate 0.2M Magnesium Acetate 2.25% Xylitol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 76214 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 16.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 0.942 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 262956

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.81-1.84	3.1	0.276	3689	0.902	0.182	0.332	0.881	97
1.84-1.87	3.3	0.232	3827	0.902	0.151	0.278	0.965	99.1
1.87-1.91	3.3	0.207	3793	0.934	0.134	0.247	1.059	99.5
1.91-1.95	3.3	0.173	3878	0.806	0.112	0.206	1.068	99.6
1.95-1.99	3.4	0.141	3761	0.968	0.09	0.168	0.978	99.5
1.99-2.04	3.4	0.125	3757	0.975	0.079	0.148	0.973	98.5
2.04-2.09	3.3	0.128	3781	0.843	0.084	0.153	1.248	97.3
2.09-2.15	3.5	0.097	3780	0.981	0.061	0.115	0.945	99
2.15-2.21	3.6	0.091	3819	0.984	0.056	0.108	0.942	99.3
2.21-2.28	3.6	0.094	3822	0.984	0.057	0.11	1.067	99.4
2.28-2.36	3.5	0.078	3834	0.985	0.049	0.092	0.881	99.4
2.36-2.46	3.5	0.074	3796	0.983	0.046	0.087	0.91	99.4
2.46-2.57	3.3	0.068	3790	0.984	0.043	0.081	0.882	97.8
2.57-2.7	3.6	0.064	3814	0.99	0.039	0.075	0.831	99.6
2.7-2.87	3.6	0.057	3825	0.99	0.035	0.068	0.735	99.5
2.87-3.09	3.6	0.053	3853	0.993	0.033	0.063	0.805	99.7
3.09-3.41	3.4	0.052	3781	0.992	0.033	0.062	0.783	97.9
3.41-3.9	3.7	0.049	3869	0.993	0.03	0.058	0.838	99.8
3.9-4.91	3.5	0.051	3829	0.991	0.032	0.06	0.791	98.8
4.91-50	3.6	0.061	3916	0.986	0.038	0.072	1.291	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MLB, 4WEB

1mlb

4web

解像度: 1.82→47.01 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	3617	4.76 %
R_work	0.1698	72303	-
obs	0.1716	75920	98.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.56 Å² / B_iso mean: 22.5428 Å² / B_iso min: 5.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.82→47.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6610	0	157	1200	7967
B_iso mean	-	-	29.95	29.26	-
残基数	-	-	-	-	865

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.82-1.84	0.2705	132	0.2276	2479	2611	88
1.84-1.87	0.2263	155	0.1973	2716	2871	98
1.87-1.89	0.2327	146	0.1874	2754	2900	98
1.89-1.92	0.2823	124	0.1892	2742	2866	99
1.92-1.95	0.2478	147	0.1856	2825	2972	99
1.95-1.98	0.211	143	0.1812	2787	2930	99
1.98-2.02	0.258	156	0.1794	2787	2943	99
2.02-2.05	0.2495	157	0.1693	2749	2906	98
2.05-2.09	0.2494	103	0.1731	2782	2885	98
2.09-2.13	0.1966	129	0.1717	2739	2868	98
2.13-2.18	0.2239	145	0.1745	2816	2961	99
2.18-2.23	0.2176	116	0.1779	2823	2939	99
2.23-2.29	0.2358	137	0.1718	2803	2940	99
2.29-2.35	0.23	155	0.1755	2792	2947	99
2.35-2.42	0.2106	151	0.1767	2794	2945	100
2.42-2.5	0.2077	118	0.1771	2795	2913	99
2.5-2.59	0.2029	119	0.1745	2776	2895	98
2.59-2.69	0.2048	156	0.1756	2819	2975	100
2.69-2.81	0.2439	143	0.1787	2812	2955	99
2.81-2.96	0.2005	136	0.1786	2797	2933	100
2.96-3.15	0.2016	132	0.1799	2837	2969	100
3.15-3.39	0.216	131	0.1754	2749	2880	97
3.39-3.73	0.2342	158	0.1753	2833	2991	100
3.73-4.27	0.1842	115	0.1482	2846	2961	99
4.27-5.38	0.1311	157	0.1288	2802	2959	99
5.38-47.01	0.1927	156	0.1637	2849	3005	99

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