[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7u62: Crystal structure of Anti-Heroin Antibody HY4-1F9 Fab Complexed w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u62 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Anti-Heroin Antibody HY4-1F9 Fab Complexed with Morphine | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / mAb / opioid | ||||||
Function / homology | ACETATE ION / Chem-MOI Function and homology information | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.82 Å | ||||||
Authors | Rodarte, J.V. / Pancera, M.P. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2023 Title: Structures of drug-specific monoclonal antibodies bound to opioids and nicotine reveal a common mode of binding. Authors: Rodarte, J.V. / Baehr, C. / Hicks, D. / Liban, T.L. / Weidle, C. / Rupert, P.B. / Jahan, R. / Wall, A. / McGuire, A.T. / Strong, R.K. / Runyon, S. / Pravetoni, M. / Pancera, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7u62.cif.gz | 340 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7u62.ent.gz | 278.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7u62.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7u62_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7u62_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 7u62_validation.xml.gz | 35 KB | Display | |
Data in CIF | 7u62_validation.cif.gz | 50.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/7u62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/7u62 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7u61C 7u63C 7u64C 1mlbS 4webS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Antibody | Mass: 24433.625 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) #2: Antibody | Mass: 22809.275 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.6 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20% PEG 8000 0.1M Sodium Cacodylate 0.2M Magnesium Acetate 2.25% Xylitol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 7, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.81→50 Å / Num. obs: 76214 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.942 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 262956 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1MLB, 4WEB Resolution: 1.82→47.01 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 20 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.56 Å2 / Biso mean: 22.5428 Å2 / Biso min: 5.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.82→47.01 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
|