PDB-7u5q: Crystal structure of transcriptional regulator, GntR family, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u5q

タイトル

Crystal structure of transcriptional regulator, GntR family, from Brucella melitensis

要素

Transcriptional regulator, GntR family protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / SSGCID / Transcriptional regulator / GntR / BMEA_B0792 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis ATCC 23457 (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of transcriptional regulator, GntR family, from Brucella melitensis
著者: Abendroth, J. / Davies, D.R. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u5q.cif.gz	219.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u5q.ent.gz	146.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u5q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/7u5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/7u5q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7u5q-2 2fum-1 3bl4-d 6cp9-4 3cs9-3 1njf-2 3oct-d 4c4g-d 1hz6-d 6qvv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, GntR family protein

B: Transcriptional regulator, GntR family protein

ヘテロ分子

59.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Transcriptional regulator, GntR family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
29.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Transcriptional regulator, GntR family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.320, 83.350, 116.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 43 through 46 or (resid 47...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 43 through 49 or resid 51...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	THR	TYR	A	3 - 9
d_1	2	ens_1	GLU	ALA	A	11 - 217
d_2	1	ens_1	THR	TYR	C	1 - 7
d_2	2	ens_1	GLU	ALA	C	9 - 215

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.911951624188, -0.310526515472, 0.26817441774), (-0.31056471154, -0.949560127003, -0.0434180279527), (0.268130183097, -0.0436903695773, -0.962391477788)ベクター: 9. ...

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, GntR family protein 分子量: 29803.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis ATCC 23457 (マルタ熱菌) 株: ATCC 23457 / 遺伝子: BMEA_B0792 / プラスミド: BrmeB.18158.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C0RLW1
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Molecular Dimensions / Calibre Morpheus screen condition B10 (10% w/v PEG8000, 20% v/v ethylene glycol, 30 mM sodium fluoride, 30 mM sodium bromide, 30 mM sodium iodide, 100 mM bicine/Trizma ...詳細: Molecular Dimensions / Calibre Morpheus screen condition B10 (10% w/v PEG8000, 20% v/v ethylene glycol, 30 mM sodium fluoride, 30 mM sodium bromide, 30 mM sodium iodide, 100 mM bicine/Trizma base, pH 8.5) + 30 mg/mL BrmeB.18158.b.B1.PS02075, tray 321296 b10 drop2, direct cryoprotection, puck: agh1-4

結晶

マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.9 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Molecular Dimensions / Calibre Morpheus screen condition B10 (10% w/v PEG8000, 20% v/v ethylene glycol, 30 mM sodium fluoride, 30 mM sodium bromide, 30 mM sodium iodide, 100 mM bicine/Trizma ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月8日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→50 Å / Num. obs: 15851 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.115 % / B_iso Wilson estimate: 88.875 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_rim(I) all: 0.087 / Χ²: 0.9 / Net I/σ(I): 13.25

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3-3.08	6.182	0.863	2.37	1170	0.919	0.941	100
3.08-3.16	6.234	0.683	2.94	1126	0.913	0.745	100
3.16-3.25	6.205	0.529	3.64	1095	0.941	0.577	99.9
3.25-3.35	6.153	0.355	4.99	1075	0.975	0.388	100
3.35-3.46	6.178	0.259	6.43	1043	0.985	0.282	100
3.46-3.59	6.163	0.201	8.01	997	0.986	0.219	99.9
3.59-3.72	6.135	0.139	10.58	980	0.993	0.152	100
3.72-3.87	6.146	0.113	12.31	929	0.995	0.123	100
3.87-4.05	6.133	0.092	14.63	889	0.996	0.101	99.8
4.05-4.24	6.1	0.081	16.92	868	0.997	0.089	99.7
4.24-4.47	6.115	0.07	18.66	827	0.997	0.076	99.6
4.47-4.74	6.126	0.067	20.48	770	0.997	0.074	99.4
4.74-5.07	6.06	0.063	21.6	736	0.997	0.069	99.3
5.07-5.48	6.092	0.065	21.83	687	0.996	0.071	98.4
5.48-6	6.045	0.065	22.04	626	0.997	0.071	98.1
6-6.71	6.064	0.063	24.02	566	0.995	0.069	98.3
6.71-7.75	6.012	0.057	27.07	514	0.996	0.062	97.3
7.75-9.49	5.93	0.056	28.33	430	0.997	0.061	96.4
9.49-13.42	5.812	0.056	29.49	341	0.996	0.061	95
13.42-50	5.198	0.051	26.44	182	0.998	0.056	84.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: RoseTTAfold model

解像度: 3→46.85 Å / SU ML: 0.3502 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.6909
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2338	1560	9.86 %	0
R_work	0.1884	14255	-	-
obs	0.1929	15815	98.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 104.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→46.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3286	0	3	3	3292

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0044	3361
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6639	4583
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0435	534
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	607
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6343	1231

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.765904130168 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.1	0.3255	146	0.2948	1271	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.1-3.21	0.3571	148	0.2871	1282	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.21-3.34	0.2859	130	0.2701	1309	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.34-3.49	0.3092	133	0.2592	1285	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.49-3.67	0.2604	149	0.2302	1257	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.67-3.9	0.236	134	0.1964	1314	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.9-4.2	0.2483	150	0.1836	1287	X-RAY DIFFRACTION	99.58
4.2-4.62	0.2065	146	0.1655	1298	X-RAY DIFFRACTION	99.38
4.63-5.29	0.2299	148	0.1723	1300	X-RAY DIFFRACTION	98.97
5.29-6.67	0.2476	110	0.2102	1334	X-RAY DIFFRACTION	98.3
6.67-46.85	0.1913	166	0.1415	1318	X-RAY DIFFRACTION	94.58

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.60942342737	-3.96709879886	-3.92894461383	5.55082745518	-0.39981959685	4.31555585065	-0.601808606205	-0.979098737017	0.980971083087	0.779446598125	0.185041862654	-0.63405430624	-0.236361539989	0.512869673188	0.384524082305	0.836987919773	-0.0319581592643	-0.283023356447	0.70889459004	-0.15974471337	0.986583259207	43.9981707423	-2.0363241566	-7.91219387895
2	3.88115646097	1.513529381	-2.78279828745	4.71848609098	-3.72202716095	6.48150432498	-0.116871808458	0.0132388950065	-0.337040489506	-0.0175078044303	-0.0606586181653	0.0380984340224	0.756609890144	-0.255778443024	0.0983481996403	0.886461132997	-0.0684721615582	-0.0113911373049	0.670918922917	-0.102997365964	0.624911541697	19.3742439856	-8.52008675333	-15.4640962269
3	9.37588291449	3.54415681223	-6.10331622693	3.43222995309	-3.19647171508	5.82209626011	1.12204019911	-1.10981405865	0.721652143823	0.287889268808	-0.281935756864	0.831656130049	-0.425897692714	-0.037164843247	-0.791454505607	0.922467941315	-0.031945894187	0.159249064933	0.814848604796	-0.0640052937075	0.770925680445	24.7996791308	-1.30818667517	-3.13355991572
4	7.47920380586	2.57932917308	-2.10712316135	6.05057547978	0.769933958399	3.30302351777	-0.0540900187046	-0.613941002933	0.786958884844	0.769560783947	-0.0514663876338	0.721501003622	-0.176602875367	-0.394342568398	0.183704733458	0.908804121667	0.184780071488	0.0487387510561	0.82384667496	-0.045209628738	0.70548807527	15.4193671839	-0.144472896495	-8.89640185935
5	2.60890744904	0.221150620377	-3.56628471064	7.48537960261	0.0278422183534	4.99335915372	-0.108976450635	0.00580385393999	-0.00919324527055	0.71552219695	-0.408833455341	-0.460298833936	-0.17591069056	1.71141701475	1.1123510801	0.897808416047	-0.086307853742	-0.256879129392	1.49451837966	0.0627189725279	1.26855598828	46.6927796928	6.64310288125	-31.0550563222
6	3.32560075238	1.30807654263	-0.919289738688	6.4072950753	5.3797081842	7.97670051656	-0.731876050413	0.697692906953	0.394857900429	0.572309922934	0.793374315258	0.164492184031	0.550866726915	1.60276708638	-0.249867156372	1.20256264627	0.0758837574012	0.00114880366127	1.73005366419	0.113685113171	1.15813354222	46.2388757886	2.17074353343	-42.0179267047
7	5.20612878475	1.17607290769	-0.663117637169	7.6931569197	0.00161680340341	6.51818771838	0.329654072706	-0.361036085225	-0.206196052829	0.669370768182	-1.54699028559	-1.29546964331	0.262655326083	2.1533927238	0.821620253365	1.37908392509	0.160578823234	-0.349156935491	1.89816482679	0.238495830195	1.32492559264	54.0136285401	1.05314921932	-30.2283698916
8	2.35834399045	-0.726324396941	2.92475197963	6.06719682504	-2.4891032239	4.01575321317	-1.29346367064	-0.611147294221	-1.65813402052	-0.103891590907	0.983096198249	-0.299294458142	2.16493905604	1.76306198156	0.136251015778	1.23402339312	0.563924294515	0.128419539816	1.22587535533	-0.00472794844253	1.04688378671	42.5864827336	-6.93124144997	-37.5403794862
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11	0.363964534475	0.248112062448	0.0396941680151	2.63054558539	-4.79124895706	9.87591138906	0.214822332495	0.0670394677286	0.270555893261	-0.0208149337802	0.207480902241	0.631237461345	0.166445444582	0.291204094063	-0.21627444359	1.00691872383	-0.064532100468	-0.18963961704	0.97086795116	0.0206222873452	0.860962003725	32.0294953701	6.23374617852	-42.1498948598
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13	6.61437005723	-4.04913584018	-0.794350157753	5.45894481721	0.516943198602	4.2304216197	0.312974566311	1.22111244865	-1.13968191218	-0.829902675314	-0.71834046048	0.672907468414	0.153457262246	-0.580279372951	0.098625059928	1.00037016451	-0.131104488979	-0.0276567202726	0.956463005795	-0.0128177983914	0.883527077367	23.7791504714	2.33555579021	-41.5903565923

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 41 through 113 )	A	A	41 - 113	1 - 73
2	2	chain 'A' and (resid 114 through 191 )	A	A	114 - 191	74 - 151
3	3	chain 'A' and (resid 192 through 206 )	A	A	192 - 206	152 - 166
4	4	chain 'A' and (resid 207 through 257 )	A	A	207 - 257	167 - 217
5	5	chain 'B' and (resid 43 through 57 )	B	C	43 - 57	1 - 15
6	6	chain 'B' and (resid 58 through 68 )	B	C	58 - 68	16 - 26
7	7	chain 'B' and (resid 69 through 92 )	B	C	69 - 92	27 - 50
8	8	chain 'B' and (resid 93 through 113 )	B	C	93 - 113	51 - 71
9	9	chain 'B' and (resid 114 through 134 )	B	C	114 - 134	72 - 92
10	10	chain 'B' and (resid 135 through 189 )	B	C	135 - 189	93 - 147
11	11	chain 'B' and (resid 190 through 206 )	B	C	190 - 206	148 - 164
12	12	chain 'B' and (resid 207 through 226 )	B	C	207 - 226	165 - 184
13	13	chain 'B' and (resid 227 through 257 )	B	C	227 - 257	185 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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