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- PDB-7u0t: Crystal Structure of a human Calcineurin A - Calcineurin B fusion... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u0t
タイトルCrystal Structure of a human Calcineurin A - Calcineurin B fusion bound to FKBP12 and FK-520
要素
  • Peptidylprolyl isomerase
  • Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit gamma isoform,Calcineurin subunit B type 1 fusion
キーワードHYDROLASE/ISOMERASE / SSGCID / CnA / CnB / FKBP12 / peptidyl prolyl cis-trans isomerase / phosphatase / FK-520 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / HYDROLASE-ISOMERASE complex / Anti-fungal
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of voltage-gated calcium channel activity / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / negative regulation of calcium ion import across plasma membrane / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase complex / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / calcineurin-mediated signaling / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity ...positive regulation of voltage-gated calcium channel activity / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / negative regulation of calcium ion import across plasma membrane / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase complex / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / calcineurin-mediated signaling / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / lung epithelial cell differentiation / calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of synaptic vesicle cycle / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / myelination in peripheral nervous system / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / parallel fiber to Purkinje cell synapse / cyclosporin A binding / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / branching involved in blood vessel morphogenesis / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / protein-serine/threonine phosphatase / Calcineurin activates NFAT / DARPP-32 events / Activation of BAD and translocation to mitochondria / epithelial to mesenchymal transition / phosphatase binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / FCERI mediated Ca+2 mobilization / protein dephosphorylation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / brain development / sarcolemma / protein import into nucleus / presynapse / Ca2+ pathway / heart development / postsynapse / calmodulin binding / protein domain specific binding / glutamatergic synapse / calcium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Calcineurin B protein / PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. ...Calcineurin B protein / PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KXX / Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit gamma isoform / Calcineurin subunit B type 1 / Peptidylprolyl isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Fox III, D. / Mayclin, S.J. / DeBouver, N.D. / Hoy, M.J. / Heitman, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Structure-Guided Synthesis of FK506 and FK520 Analogs with Increased Selectivity Exhibit In Vivo Therapeutic Efficacy against Cryptococcus.
著者: Hoy, M.J. / Park, E. / Lee, H. / Lim, W.Y. / Cole, D.C. / DeBouver, N.D. / Bobay, B.G. / Pierce, P.G. / Fox 3rd, D. / Ciofani, M. / Juvvadi, P.R. / Steinbach, W. / Hong, J. / Heitman, J.
履歴
登録2022年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit gamma isoform,Calcineurin subunit B type 1 fusion
B: Peptidylprolyl isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7628
ポリマ－43,7482
非ポリマー1,0146
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.100, 33.300, 64.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit gamma isoform,Calcineurin subunit B type 1 fusion / CAM-PRP catalytic subunit / Calcineurin / testis-specific catalytic subunit / Calmodulin-dependent ...CAM-PRP catalytic subunit / Calcineurin / testis-specific catalytic subunit / Calmodulin-dependent calcineurin A subunit gamma isoform / Protein phosphatase 2B regulatory subunit 1 / Protein phosphatase 3 regulatory subunit B alpha isoform 1


分子量: 27115.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP3CC, CALNA3, CNA3, PPP3R1, CNA2, CNB / プラスミド: HosaA.00174.a.TU11, HosaA.01011.a.TV11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P48454, UniProt: P63098, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質 Peptidylprolyl isomerase


分子量: 16632.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A / プラスミド: HosaA.18272.a.TM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0VDC6, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 4種, 68分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-KXX / (3S,4R,5S,8R,9E,12S,14S,15R,16S,18R,19R,22R,26aS)-8-ethyl-5,19-dihydroxy-3-{(1E)-1-[(1R,3R,4R)-4-hydroxy-3-methoxycyclohexyl]prop-1-en-2-yl}-14,16-dimethoxy-4,10,12,18-tetramethyl-5,6,8,11,12,13,14,15,16,17,18,19,24,25,26,26a-hexadecahydro-3H-15,19-epoxypyrido[2,1-c][1,4]oxazacyclotricosine-1,7,20,21(4H,23H)-tetrone / アスコマイシン


分子量: 792.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H69NO12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 免疫抑制剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Microlytics MCSG-1 C5: 0.2M Magnesium Acetate, 20% PEG 3,350, HosaA.18272.a.TM11.PD38439 at 20mg/ml + FK-520 (Purified from SEC): cryo: 20% ethylene glycol: tray 318701c5, puck oxo8-2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月10日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→31.67 Å / Num. obs: 11961 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.524 % / Biso Wilson estimate: 36.91 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.931 / Net I/σ(I): 13.22 / Num. measured all: 42156 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.45-2.512.6830.372.647570.8360.45885
2.51-2.582.9280.3792.688360.8270.46392.4
2.58-2.663.4190.3153.788180.8960.37499.4
2.66-2.743.6870.2774.78150.9280.32599.8
2.74-2.833.7490.2225.657860.9610.2699.6
2.83-2.933.7370.1986.527770.9630.232100
2.93-3.043.6980.1528.567520.9760.17999.7
3.04-3.163.7450.1239.756930.9860.14499.9
3.16-3.33.6880.09312.887090.9910.10999.3
3.3-3.463.7180.07715.386550.9920.0999.2
3.46-3.653.6680.066186180.9930.07799.7
3.65-3.873.6450.05919.235830.9940.06999
3.87-4.143.6570.04622.825660.9960.05598.8
4.14-4.473.6340.03926.545190.9970.04699
4.47-4.93.5920.03827.114980.9970.045100
4.9-5.483.5650.0425.464370.9970.04799.1
5.48-6.333.570.04422.883950.9970.05299.7
6.33-7.753.4860.03526.793310.9980.04298.8
7.75-10.963.3150.03132.082700.9980.03798.9
10.96-31.673.0410.02632.851460.9980.03190.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.45 Å31.67 Å
Translation2.45 Å31.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.20精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TCO

1tco


解像度: 2.45→31.67 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2604 1196 10 %
Rwork0.2111 10762 -
obs0.2161 11958 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.3 Å2 / Biso mean: 50.5788 Å2 / Biso min: 20.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→31.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2268 0 64 62 2394
Biso mean--31.54 38.66 -
残基数----297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5123231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.215866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003424
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.550.33841170.28481055117287
2.55-2.660.34681300.26821165129598
2.66-2.80.28161360.255712241360100
2.8-2.980.32891320.258311911323100
2.98-3.210.32091330.249711991332100
3.21-3.530.25631330.21131201133499
3.53-4.040.24371370.19621234137199
4.04-5.080.2191360.16212141350100
5.09-31.670.22311420.1941279142199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.289-0.7874-0.59657.72344.12843.1364-0.0650.0093-0.0278-0.4831-0.3913-0.4880.6973-0.18910.3780.66790.01930.03810.24750.06810.343931.893712.90053.2071
25.46856.16710.32487.0547-0.23323.3164-0.30420.33870.07880.91980.07330.29250.32780.43130.18160.42510.0505-0.03570.23940.00730.301332.110315.450124.9859
38.0962.76320.89645.95510.83753.9036-0.27530.35090.8319-0.7789-0.06440.1607-0.3127-0.68420.29060.24850.054-0.01140.313-0.00770.279113.246611.623617.5433
47.13862.96653.28221.26441.13535.7809-0.1748-0.02651.87810.0312-0.05190.4832-0.2415-2.16170.8910.6378-0.1292-0.3141.73590.17140.5882-7.75368.797515.7525
52.85341.65281.29183.82180.35840.6258-0.52151.3376-0.3934-0.81650.61960.20931.3399-0.8775-0.12120.6935-0.3817-0.01831.057-0.18510.59734.3072-2.043711.5591
66.0754.60322.80099.20832.57233.74160.5449-0.2978-1.13480.6421-0.0221-0.27431.9307-1.691-0.50640.7856-0.3207-0.01380.7277-0.01190.46444.3753-1.805522.5934
77.49163.73142.9166.5413-2.53224.5133-0.1386-0.171.33170.50030.48940.7378-0.1087-1.6861-0.22190.38630.00670.1221.2213-0.06870.5767-2.20628.903323.3191
82.0349-1.37982.18245.9888-0.43028.04480.05020.06380.907-0.0075-0.03530.2618-0.9986-0.68240.08020.3060.03380.00820.5227-0.0310.47768.86911.372929.1585
92.7831.9529-2.79312.1798-2.26267.5333-0.19810.154-0.2504-0.12890.10340.3730.5056-0.63590.15430.279-0.0243-0.00950.199-0.010.437919.65082.310226.4196
105.90990.2491-2.56932.43130.40057.78060.0543-0.59680.12850.216-0.04530.0460.00130.1820.01720.2531-0.01520.00010.1876-0.0260.300723.85069.542232.3469
114.72584.73031.17195.7282.88993.2497-0.3697-0.02531.6277-0.22330.29271.5799-0.6077-1.11880.24480.56070.0305-0.07940.7291-0.06321.02915.319118.724920.6977
127.7351-0.5454.13794.8108-0.94776.43320.11940.97950.1548-1.3210.1003-0.8716-0.51941.1699-0.39081.0365-0.15080.15320.4473-0.1440.32632.385322.5416-2.5574
130.76551.35630.68132.49870.97180.9249-0.09940.3731-0.1965-1.5129-0.07470.19480.6548-0.50260.11221.5584-0.191-0.12890.6144-0.02840.338828.5148.0752-6.6602
145.3181-1.4703-1.57630.94942.34847.41670.1037-0.1658-0.3209-1.1918-0.214-0.0436-0.29520.42820.03440.57160.0485-0.02990.2809-0.02470.196531.924514.3037.5885
155.7489-2.3108-0.47868.6475-0.07155.7317-0.1540.0398-0.0002-0.4024-0.2283-0.3854-0.38840.67570.47130.3106-0.07240.01930.3220.0610.227235.192517.269913.3154
167.58293.9328-0.87567.6636-1.18527.96270.86330.9423-0.6908-0.67480.03222.20890.6361-0.8679-0.77650.5272-0.0469-0.14120.39740.01660.67721.03229.90765.7503
179.24910.6862-2.70624.17884.08675.23630.22920.96720.277-1.645-0.56371.2538-0.4039-0.34880.39940.8113-0.0154-0.12380.3328-0.00270.331223.276317.05170.1388
183.5339-1.0478-3.06087.23234.06264.33420.1464-0.1444-0.1433-1.61150.13950.19160.27180.244-0.11540.82550.08230.04310.28540.01450.320928.643620.17081.1202
196.37231.87-3.57196.51722.30153.89840.32740.30860.37611.11890.06120.4198-0.0373-0.637-0.34540.47910.02790.0620.25620.01210.29121.874825.999715.4193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 97 through 107 )B97 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid -50 through -41 )A-50 - -41
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid -40 through -21 )A-40 - -21
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid -20 through 29 )A-20 - 29
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 30 through 53 )A30 - 53
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 54 through 70 )A54 - 70
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 71 through 86 )A71 - 86
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 87 through 98 )A87 - 98
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 99 through 122 )A99 - 122
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 123 through 159 )A123 - 159
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 160 through 169 )A160 - 169
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1 through 8 )B1 - 8
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 9 through 20 )B9 - 20
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 21 through 30 )B21 - 30
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 31 through 45 )B31 - 45
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 46 through 56 )B46 - 56
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 57 through 65 )B57 - 65
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 66 through 81 )B66 - 81
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 82 through 96 )B82 - 96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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