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Yorodumi- PDB-7u0u: Crystal Structure of a Aspergillus fumigatus Calcineurin A - Calc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u0u | ||||||
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Title | Crystal Structure of a Aspergillus fumigatus Calcineurin A - Calcineurin B fusion bound to FKBP12 and FK-506 | ||||||
Components |
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Keywords | ANTIFUNGAL PROTEIN / SSGCID / Calcineurin / CnA / CnB / FKBP12 / peptidyl prolyl cis-trans isomerase / phosphatase / FK-506 / Tacrolimus / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / calcineurin-mediated signaling / fungal-type cell wall organization / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calmodulin binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aspergillus fumigatus (mold) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Fox III, D. / Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Hoy, M.J. / Heitman, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2022 Title: Structure-Guided Synthesis of FK506 and FK520 Analogs with Increased Selectivity Exhibit In Vivo Therapeutic Efficacy against Cryptococcus. Authors: Hoy, M.J. / Park, E. / Lee, H. / Lim, W.Y. / Cole, D.C. / DeBouver, N.D. / Bobay, B.G. / Pierce, P.G. / Fox 3rd, D. / Ciofani, M. / Juvvadi, P.R. / Steinbach, W. / Hong, J. / Heitman, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7u0u.cif.gz | 179.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7u0u.ent.gz | 114.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7u0u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0u | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7u0sC 7u0tC 6tz7S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 29821.238 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: AsfuA.00174.a.TQ11 + AsfuA.01011.a.TR11 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aspergillus fumigatus (mold) / Strain: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 Gene: cnaA, AFUA_5G09360, CNMCM8057_008799, CNMCM8686_005215 Plasmid: AsfuA.00174.a.TQ11 + AsfuA.01011.a.TR11 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q4WUR1, UniProt: A0A8H4MJX9, protein-serine/threonine phosphatase |
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#2: Protein | Mass: 14275.007 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: AsfuA.18272.a / Mutation: P90G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aspergillus fumigatus (mold) / Gene: CDV57_03547 / Plasmid: AsfuA.18272.a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A229WIB4, peptidylprolyl isomerase |
-Non-polymers , 5 types, 180 molecules
#3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-PG4 / | #5: Chemical | ChemComp-PO4 / | #6: Chemical | ChemComp-FK5 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: RigakuReagents JCSG+ C6: 0.1M Phosphate-citrate (rather sodium phosphate dibasic / citric acid) pH4.2, 40% PEG300, AsfuA.18272.a.JA12.PD38437 at 20mg/ml + FK-506 (Purified from SEC): cryo: ...Details: RigakuReagents JCSG+ C6: 0.1M Phosphate-citrate (rather sodium phosphate dibasic / citric acid) pH4.2, 40% PEG300, AsfuA.18272.a.JA12.PD38437 at 20mg/ml + FK-506 (Purified from SEC): cryo: direct: tray 318723c6, puck enw1-2. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2020 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 34390 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 5.921 % / Biso Wilson estimate: 38.538 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 19.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6tz7 Resolution: 1.9→39.13 Å / SU ML: 0.1898 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.0398 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→39.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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