PDB-7u0u: Crystal Structure of a Aspergillus fumigatus Calcineurin A - Calc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u0u

タイトル

Crystal Structure of a Aspergillus fumigatus Calcineurin A - Calcineurin B fusion bound to FKBP12 and FK-506

要素

Peptidylprolyl isomerase
Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit,AsfuA.00174.a.TQ11 + AsfuA.01011.a.TR11

キーワード

ANTIFUNGAL PROTEIN / SSGCID / Calcineurin / CnA / CnB / FKBP12 / peptidyl prolyl cis-trans isomerase / phosphatase / FK-506 / Tacrolimus / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / fungal-type cell wall organization / protein-serine/threonine phosphatase / calcineurin-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calmodulin binding / calcium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Fox III, D. / Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Hoy, M.J. / Heitman, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Structure-Guided Synthesis of FK506 and FK520 Analogs with Increased Selectivity Exhibit In Vivo Therapeutic Efficacy against Cryptococcus.
著者: Hoy, M.J. / Park, E. / Lee, H. / Lim, W.Y. / Cole, D.C. / DeBouver, N.D. / Bobay, B.G. / Pierce, P.G. / Fox 3rd, D. / Ciofani, M. / Juvvadi, P.R. / Steinbach, W. / Hong, J. / Heitman, J.

履歴

登録	2022年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u0u.cif.gz	179.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u0u.ent.gz	114.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u0u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7u0u_validation.pdf.gz	897.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7u0u_full_validation.pdf.gz	900.6 KB	表示
XML形式データ	7u0u_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	7u0u_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7u0sC 7u0tC 6tz7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: + TargetTrack: AsfuA.00174.a.TQ11 TargetTrack: AsfuA.01011.a.TR11 TargetTrack: AsfuA.18272.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit,AsfuA.00174.a.TQ11 + AsfuA.01011.a.TR11

B: Peptidylprolyl isomerase

ヘテロ分子

45.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.010, 83.700, 137.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit,AsfuA.00174.a.TQ11 + AsfuA.01011.a.TR11 / Calmodulin-dependent calcineurin A subunit 分子量: 29821.238 Da / 分子数: 1 / 断片: AsfuA.00174.a.TQ11 + AsfuA.01011.a.TR11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 遺伝子: cnaA, AFUA_5G09360, CNMCM8057_008799, CNMCM8686_005215 プラスミド: AsfuA.00174.a.TQ11 + AsfuA.01011.a.TR11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q4WUR1, UniProt: A0A8H4MJX9, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質	Peptidylprolyl isomerase 分子量: 14275.007 Da / 分子数: 1 / 断片: AsfuA.18272.a / Mutation: P90G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 遺伝子: CDV57_03547 / プラスミド: AsfuA.18272.a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A229WIB4, peptidylprolyl isomerase

#1: タンパク質

Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit,AsfuA.00174.a.TQ11 + AsfuA.01011.a.TR11 / Calmodulin-dependent calcineurin A subunit

分子量: 29821.238 Da / 分子数: 1 / 断片: AsfuA.00174.a.TQ11 + AsfuA.01011.a.TR11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Aspergillus fumigatus (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100
遺伝子: cnaA, AFUA_5G09360, CNMCM8057_008799, CNMCM8686_005215
プラスミド: AsfuA.00174.a.TQ11 + AsfuA.01011.a.TR11 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q4WUR1, UniProt: A0A8H4MJX9, protein-serine/threonine phosphatase

#2: タンパク質

Peptidylprolyl isomerase

分子量: 14275.007 Da / 分子数: 1 / 断片: AsfuA.18272.a / Mutation: P90G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Aspergillus fumigatus (カビ) / 遺伝子: CDV57_03547 / プラスミド: AsfuA.18272.a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A229WIB4, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 5種, 180分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-FK5 / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / K506 分子量: 804.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₄H₆₉NO₁₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: RigakuReagents JCSG+ C6: 0.1M Phosphate-citrate (rather sodium phosphate dibasic / citric acid) pH4.2, 40% PEG300, AsfuA.18272.a.JA12.PD38437 at 20mg/ml + FK-506 (Purified from SEC): cryo: ...詳細: RigakuReagents JCSG+ C6: 0.1M Phosphate-citrate (rather sodium phosphate dibasic / citric acid) pH4.2, 40% PEG300, AsfuA.18272.a.JA12.PD38437 at 20mg/ml + FK-506 (Purified from SEC): cryo: direct: tray 318723c6, puck enw1-2.

結晶

マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.77 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: RigakuReagents JCSG+ C6: 0.1M Phosphate-citrate (rather sodium phosphate dibasic / citric acid) pH4.2, 40% PEG300, AsfuA.18272.a.JA12.PD38437 at 20mg/ml + FK-506 (Purified from SEC): cryo: ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月10日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 34390 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.921 % / B_iso Wilson estimate: 38.538 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.052 / Χ²: 0.941 / Net I/σ(I): 19.94

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95	4.385	0.57	2.34	2485	0.765	0.649	98.5
1.95-2	5.46	0.434	3.58	2465	0.887	0.482	100
2-2.06	6.144	0.321	5.28	2388	0.951	0.351	100
2.06-2.12	6.193	0.249	6.82	2322	0.963	0.272	100
2.12-2.19	6.163	0.201	8.35	2238	0.975	0.22	100
2.19-2.27	6.171	0.169	10.03	2208	0.982	0.185	100
2.27-2.36	6.176	0.135	12.18	2083	0.989	0.148	100
2.36-2.45	6.165	0.112	14.49	2042	0.992	0.123	100
2.45-2.56	6.172	0.095	17.29	1951	0.995	0.104	100
2.56-2.69	6.141	0.078	20.57	1877	0.996	0.085	99.9
2.69-2.83	6.135	0.064	24.03	1760	0.997	0.07	99.9
2.83-3	6.058	0.054	28.47	1707	0.998	0.059	99.9
3-3.21	6.063	0.044	33.94	1581	0.998	0.048	99.7
3.21-3.47	6.004	0.038	40.02	1467	0.999	0.042	99.7
3.47-3.8	5.933	0.034	42.35	1375	0.999	0.037	99.3
3.8-4.25	5.949	0.03	46.16	1246	0.999	0.033	99.3
4.25-4.91	5.921	0.027	49.3	1104	0.999	0.03	99.5
4.91-6.01	5.936	0.026	47.52	937	0.999	0.029	98.5
6.01-8.5	5.87	0.024	48.62	736	0.999	0.027	98
8.5-50	5.354	0.022	49.74	418	0.999	0.024	93.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.75 Å	43.36 Å
Translation	2.75 Å	43.36 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6tz7

6tz7

解像度: 1.9→39.13 Å / SU ML: 0.1898 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.0398
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1989	1997	5.81 %
R_work	0.169	32387	-
obs	0.1707	34384	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2341	0	79	173	2593

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	2552
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8479	3480
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0512	395
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	451
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8979	962

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.2765	140	0.255	2264	X-RAY DIFFRACTION	98.4
1.95-2	0.2345	141	0.2184	2289	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.06	0.225	140	0.1883	2288	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.06-2.13	0.2202	142	0.1822	2297	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.2	0.2425	141	0.1819	2296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.29	0.216	141	0.1858	2290	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.29-2.39	0.2105	144	0.1687	2310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.52	0.2069	142	0.1705	2307	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.52-2.68	0.2193	142	0.1769	2315	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.68-2.88	0.2106	143	0.1829	2313	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.88-3.17	0.2367	143	0.1797	2315	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.17-3.63	0.196	144	0.1687	2332	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.63-4.58	0.1583	145	0.1388	2349	X-RAY DIFFRACTION	99.4
4.58-39.13	0.178	149	0.1605	2422	X-RAY DIFFRACTION	97.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.07258135308	0.104305908602	-0.738287969342	5.07810685508	-4.08121012838	8.92336610683	0.129398259993	-0.0499946431108	0.120088489869	-0.0467680580463	-0.0134019046753	-0.00220426509542	0.0900479162993	-0.114965191795	-0.0839623467586	0.221120720451	0.0252720964297	-0.0185742567212	0.212775800843	-0.0862754040462	0.232034793781	-26.1853889986	-10.1335044023	-20.7897801849
2	4.51877041351	1.88539293553	0.737588574417	7.8857529169	-1.18834370752	2.14685004675	0.229795265202	-1.75155791104	0.121596063267	1.35264318721	-0.242758081104	-0.0976122270864	0.54428827231	-0.52037435498	0.127897606114	0.813627111335	-0.0722602400237	0.0688147043435	1.14125871711	0.0937967142776	0.479635791728	-26.4237022319	-15.1180722993	7.61580717159
3	0.942915887016	2.00755702087	-0.432947414422	7.80277441141	-3.59476679993	2.24156307388	0.238883197028	-1.8009669642	-1.58950677985	0.62205631531	0.0368398793683	-0.0849810130067	1.64246564021	0.605327596321	-0.347574974647	0.975139943633	0.335950205592	0.156189728363	1.03569467887	0.491148060606	0.889170962187	-18.0003849729	-27.7839201712	0.34811565524
4	3.66987145109	-0.000522452026298	-0.52539809009	1.72481139893	0.377283302572	3.92957381955	0.0208684442723	-0.709589471611	0.0376193337519	0.277296105889	0.0273856843733	-0.132971933808	0.17650910271	0.270439339115	-0.0521011772629	0.237757172646	0.0442539072664	-0.0371498199903	0.361416095886	-0.0953067185723	0.243480898708	-17.4142458163	-10.2104984265	-14.3224988403
5	4.91935870716	-2.8753698898	-1.31917129329	2.14350967733	0.701583516667	5.47248474119	-0.308841068088	-0.484764080707	0.0285513900167	0.252727467501	0.0581600045666	0.688439619728	0.0423433708914	-0.457097822756	0.26646695793	0.345110702992	0.0101596559975	0.00314922865415	0.461983746601	-0.152169551586	0.340761399541	-30.6982883081	-4.43907590923	-10.6192553995
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8	4.79588778844	1.15287381583	-1.43084366102	3.87385449345	2.37589760881	2.54742027145	0.115577046017	0.261589937862	0.474853553814	-0.246482531684	0.0720450013467	-0.479445037261	-0.231473390862	0.0648275421204	-0.177713265264	0.270211116551	-0.0195256226885	-0.0219193244155	0.264806597192	-0.0320956237941	0.19500716174	-36.2371846524	-12.0759783983	-34.4167219003
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11	5.50797307999	5.86791511788	6.13456915649	6.31289831353	6.58720523473	6.89268548411	0.347923062727	-0.801473561835	-0.446280515851	0.902253386601	-0.296061413581	0.262478535537	0.605399722147	-0.726369831372	0.0118343927895	0.335620403422	-0.00856840271208	-0.0369229570416	0.285172119969	0.0260313884941	0.291637327606	-42.8072513935	-21.5176173762	-26.6278642611
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14	7.03121666899	-0.672391967627	2.99013185512	3.278756388	-3.04173817446	3.65885590545	-0.22746798444	0.232296755656	-0.858464474763	-0.562145344974	0.519221275402	-0.582438655075	-0.231992878877	0.910309371315	-0.260347936121	0.549391534032	0.00879706912922	-0.0728894745386	0.538285776141	-0.18870805098	0.656797129005	-31.6410807174	-32.2822773656	-35.6560538539

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -50 through -20 )	A	A	-50 - -20	1 - 31
2	2	chain 'A' and (resid -19 through 52 )	A	A	-19 - 52	32 - 54
3	3	chain 'A' and (resid 53 through 66 )	A	A	53 - 66	55 - 68
4	4	chain 'A' and (resid 67 through 178 )	A	A	67 - 178	69 - 180
5	5	chain 'A' and (resid 179 through 193 )	A	A	179 - 193	181 - 195
6	6	chain 'B' and (resid 1 through 9 )	B	H	1 - 9	1 - 9
7	7	chain 'B' and (resid 10 through 21 )	B	H	10 - 21	10 - 21
8	8	chain 'B' and (resid 22 through 39 )	B	H	22 - 39	22 - 39
9	9	chain 'B' and (resid 40 through 46 )	B	H	40 - 46	40 - 46
10	10	chain 'B' and (resid 47 through 57 )	B	H	47 - 57	47 - 57
11	11	chain 'B' and (resid 58 through 66 )	B	H	58 - 66	58 - 66
12	12	chain 'B' and (resid 67 through 86 )	B	H	67 - 86	67 - 86
13	13	chain 'B' and (resid 87 through 107 )	B	H	87 - 107	87 - 107
14	14	chain 'B' and (resid 108 through 112 )	B	H	108 - 112	108 - 112

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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