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Yorodumi- PDB-7u0t: Crystal Structure of a human Calcineurin A - Calcineurin B fusion... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u0t | ||||||
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Title | Crystal Structure of a human Calcineurin A - Calcineurin B fusion bound to FKBP12 and FK-520 | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/ISOMERASE / SSGCID / CnA / CnB / FKBP12 / peptidyl prolyl cis-trans isomerase / phosphatase / FK-520 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / HYDROLASE-ISOMERASE complex / Anti-fungal | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of voltage-gated calcium channel activity / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / negative regulation of calcium ion import across plasma membrane / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase complex / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / calcineurin-mediated signaling / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity ...positive regulation of voltage-gated calcium channel activity / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / negative regulation of calcium ion import across plasma membrane / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase complex / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / calcineurin-mediated signaling / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / lung epithelial cell differentiation / calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of synaptic vesicle cycle / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / myelination in peripheral nervous system / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / parallel fiber to Purkinje cell synapse / cyclosporin A binding / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / branching involved in blood vessel morphogenesis / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / protein-serine/threonine phosphatase / Calcineurin activates NFAT / DARPP-32 events / Activation of BAD and translocation to mitochondria / epithelial to mesenchymal transition / phosphatase binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / FCERI mediated Ca+2 mobilization / protein dephosphorylation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / brain development / sarcolemma / protein import into nucleus / presynapse / Ca2+ pathway / heart development / postsynapse / calmodulin binding / protein domain specific binding / glutamatergic synapse / calcium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Fox III, D. / Mayclin, S.J. / DeBouver, N.D. / Hoy, M.J. / Heitman, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2022 Title: Structure-Guided Synthesis of FK506 and FK520 Analogs with Increased Selectivity Exhibit In Vivo Therapeutic Efficacy against Cryptococcus. Authors: Hoy, M.J. / Park, E. / Lee, H. / Lim, W.Y. / Cole, D.C. / DeBouver, N.D. / Bobay, B.G. / Pierce, P.G. / Fox 3rd, D. / Ciofani, M. / Juvvadi, P.R. / Steinbach, W. / Hong, J. / Heitman, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7u0t.cif.gz | 144.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7u0t.ent.gz | 107.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7u0t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7u0t_validation.pdf.gz | 871.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7u0t_full_validation.pdf.gz | 878 KB | Display | |
Data in XML | 7u0t_validation.xml.gz | 14.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7u0t_validation.cif.gz | 19 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0t | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7u0sC 7u0uC 1tcoS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 27115.389 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PPP3CC, CALNA3, CNA3, PPP3R1, CNA2, CNB / Plasmid: HosaA.00174.a.TU11, HosaA.01011.a.TV11 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P48454, UniProt: P63098, protein-serine/threonine phosphatase |
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#2: Protein | Mass: 16632.570 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: FKBP1A / Plasmid: HosaA.18272.a.TM11 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q0VDC6, peptidylprolyl isomerase |
-Non-polymers , 4 types, 68 molecules
#3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Chemical | ChemComp-KXX / ( | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: Microlytics MCSG-1 C5: 0.2M Magnesium Acetate, 20% PEG 3,350, HosaA.18272.a.TM11.PD38439 at 20mg/ml + FK-520 (Purified from SEC): cryo: 20% ethylene glycol: tray 318701c5, puck oxo8-2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2020 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.45→31.67 Å / Num. obs: 11961 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.524 % / Biso Wilson estimate: 36.91 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.931 / Net I/σ(I): 13.22 / Num. measured all: 42156 / Scaling rejects: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1TCO Resolution: 2.45→31.67 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 137.3 Å2 / Biso mean: 50.5788 Å2 / Biso min: 20.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.45→31.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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