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万見
- PDB-7tzg: Structure of human LAG3 in complex with antibody single-chain var... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tzg
タイトルStructure of human LAG3 in complex with antibody single-chain variable fragment
要素
  • Lymphocyte activation gene 3 protein
  • scFvF7
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / Immune checkpoint / T cell / Complex / Antibody / Ig-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein binding / negative regulation of interleukin-2 production / natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of immune response / antigen binding / MHC class II antigen presentation / T cell activation ...plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein binding / negative regulation of interleukin-2 production / natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of immune response / antigen binding / MHC class II antigen presentation / T cell activation / transmembrane signaling receptor activity / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / innate immune response / cell surface / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor family / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lymphocyte activation gene 3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Ming, Q. / Tran, T.H. / Luca, V.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133482 米国
V Foundation for Cancer Research 米国
Rita Allen Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2022
タイトル: LAG3 ectodomain structure reveals functional interfaces for ligand and antibody recognition.
著者: Ming, Q. / Celias, D.P. / Wu, C. / Cole, A.R. / Singh, S. / Mason, C. / Dong, S. / Tran, T.H. / Amarasinghe, G.K. / Ruffell, B. / Luca, V.C.
履歴
登録2022年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFvF7
B: scFvF7
C: Lymphocyte activation gene 3 protein
D: Lymphocyte activation gene 3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,84211
ポリマ－140,2944
非ポリマー1,5487
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.436, 142.928, 158.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 scFvF7


分子量: 25802.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: タンパク質 Lymphocyte activation gene 3 protein / LAG-3


分子量: 44344.199 Da / 分子数: 2 / Fragment: ectodomain / Mutation: M171I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAG3, FDC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P18627
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.07 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1% Tacsimate at pH 5.0, 0.05 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6 and 7% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.71→45.62 Å / Num. obs: 19405 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.092 % / Biso Wilson estimate: 115.23 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rrim(I) all: 0.218 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 7.43 / Num. measured all: 98804 / Scaling rejects: 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.71-3.814.9611.1561.656916140113940.5011.29899.5
3.81-3.915.2620.9772.097298138713870.6191.089100
3.91-4.035.3270.822.567053132413240.7080.912100
4.03-4.155.3430.613.327016131413130.8120.67999.9
4.15-4.295.2510.4784.016648126612660.8670.533100
4.29-4.445.190.374.996301121512140.9240.41399.9
4.44-4.64.8960.3025.725841119411930.9270.3499.9
4.6-4.795.2540.2536.955900112511230.9570.28299.8
4.79-5.015.1020.2327.075546108710870.9610.26100
5.01-5.255.0760.2037.965452107610740.970.22799.8
5.25-5.535.3310.2087.7853209999980.970.23299.9
5.53-5.875.2410.2018.2749849519510.9660.225100
5.87-6.275.0750.2097.945939059050.9680.234100
6.27-6.784.8010.1589.3140098388350.9830.17899.6
6.78-7.425.010.1311.0638887777760.9860.14699.9
7.42-8.34.8310.09514.1633967037030.990.107100
8.3-9.585.0430.06818.7832026366350.9950.07599.8
9.58-11.744.5990.04922.7224975465430.9970.05599.5
11.74-16.64.3820.04722.5519154374370.9980.053100
16.6-45.624.1660.04224.2110292622470.9990.04894.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DSI

6dsi


解像度: 3.71→45.62 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 971 5 %
Rwork0.2263 18431 -
obs0.2287 19402 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 363.89 Å2 / Biso mean: 148.0848 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.71→45.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8618 0 98 0 8716
Biso mean--194.06 --
残基数----1194
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.71-3.910.35471360.315625822718
3.91-4.150.31351360.2625802716
4.15-4.470.27231370.225226002737
4.47-4.920.29681380.201526182756
4.92-5.630.24511370.202126232760
5.63-7.090.29211410.24726602801
7.09-45.620.2441460.209527682914
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82240.1601-0.54831.52150.28820.30240.85680.6314-1.51770.8401-0.2723-0.81480.2733-0.17720.0760.86090.0962-0.29521.0269-0.31951.5699-21.930110.62040.5721
21.59770.68950.240.9965-0.71190.44750.18490.3624-0.60590.1149-0.00080.35160.2431-0.11520.00010.587-0.0221-0.12090.8144-0.20180.8018-42.286223.0615-10.2315
30.5936-0.78610.59431.8486-1.19010.82470.45670.0677-0.97920.23440.24241.1501-0.9677-0.0690.49760.6694-0.0485-0.30370.8704-0.35610.6201-42.717216.3693-10.9458
4-0.00240.1972-0.08760.14110.18650.19140.16370.5758-1.2470.18320.14630.21720.1935-0.3410.03230.6945-0.092-0.14380.5846-0.13980.6825-47.368822.5702-2.754
50.07020.1540.46012.0279-1.26882.3657-0.3980.4706-0.09990.0715-0.1554-0.5374-0.07590.3757-1.67840.4443-0.05340.09690.9032-0.36940.2649-37.851226.3885-5.4096
61.19780.22830.77930.88161.13670.90940.3373-0.0228-0.2734-0.2412-0.1323-0.0909-0.1910.1424-00.6551-0.0499-0.0230.5906-0.16360.7565-31.587939.60120.269
70.1155-0.09280.51620.87150.00051.01550.1785-0.21540.137-0.2434-0.26710.18760.45760.0585-0.00010.835-0.0409-0.1430.7421-0.19860.91869.90110.2102-33.9015
81.5516-0.05-0.05120.49320.85641.57610.0735-0.0887-2.13490.244-0.3320.06040.01810.3006-0.12150.4769-0.1996-0.16490.4126-0.37290.30487.97754.9281-26.0278
90.33920.50270.82810.89051.01551.01140.03780.26320.47820.1501-0.1448-0.06890.04550.07360.00080.56120.06960.03720.4997-0.09850.478312.9618.824-19.1966
101.2981-0.515-0.61871.1079-0.35650.42680.3448-0.61660.82790.4861-0.1980.2014-0.14130.3957-01.0581-0.2869-0.03311.2925-0.09940.814262.179533.385138.7246
110.896-0.3244-0.61950.3428-0.12520.43270.61451.30510.44540.0964-0.3777-0.68370.03020.03750.02020.90360.03740.11630.73120.27440.918240.88620.490226.5178
120.67491.12870.67830.3874-0.42891.21380.17050.1466-0.1317-0.06350.0412-0.14370.40150.57490.00031.00630.1035-0.06480.8242-0.01080.911229.768-9.91191.5752
130.4487-0.39670.39790.71640.09710.21510.55480.0747-0.61830.94460.0731-2.3935-0.6138-0.06330.03741.685-0.3668-0.42931.52-0.27441.649825.966848.407861.8517
140.7256-0.19640.65892.0124-0.22120.6543-0.8252-0.1331-0.01660.8304-0.01930.94020.0063-0.0864-0.58551.6312-0.31650.40610.7938-0.11721.508915.902856.950756.7004
152.1016-0.688-1.41751.3574-0.20511.305-0.1091-0.1099-0.4087-0.013-0.00420.6941-0.1096-0.2016-0.00020.9728-0.0145-0.09550.93710.21710.940921.547533.254944.8655
160.0379-0.47570.10472.266-0.76980.0178-0.00090.3770.7366-0.075-0.25440.77920.35740.57350.0020.80850.2493-0.2911.1276-0.01941.12894.64989.568220.269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 356 through 427 )D356 - 427
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 3 through 63 )A3 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 64 through 85 )A64 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 100 )A86 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 101 through 142 )A101 - 142
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 143 through 247 )A143 - 247
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 3 through 85 )B3 - 85
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 86 through 148 )B86 - 148
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 149 through 248 )B149 - 248
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 30 through 184 )C30 - 184
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 185 through 257 )C185 - 257
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 258 through 430 )C258 - 430
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 25 through 60 )D25 - 60
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 61 through 123 )D61 - 123
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 124 through 244 )D124 - 244
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 245 through 355 )D245 - 355

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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