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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tzg | ||||||||||||
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タイトル | Structure of human LAG3 in complex with antibody single-chain variable fragment | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOSUPPRESSANT (免疫抑制剤) / Immune checkpoint / T cell (T細胞) / Complex / Antibody (抗体) / Ig-like fold (免疫グロブリンスーパーファミリー) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / MHC class II protein binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of interleukin-2 production / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of immune response / antigen binding / MHC class II antigen presentation / T細胞 ...plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / MHC class II protein binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of interleukin-2 production / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of immune response / antigen binding / MHC class II antigen presentation / T細胞 / transmembrane signaling receptor activity / 獲得免疫系 / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.71 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ming, Q. / Tran, T.H. / Luca, V.C. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2022 タイトル: LAG3 ectodomain structure reveals functional interfaces for ligand and antibody recognition. 著者: Ming, Q. / Celias, D.P. / Wu, C. / Cole, A.R. / Singh, S. / Mason, C. / Dong, S. / Tran, T.H. / Amarasinghe, G.K. / Ruffell, B. / Luca, V.C. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tzg.cif.gz | 460.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tzg.ent.gz | 378 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tzg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/7tzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/7tzg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 25802.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) #2: タンパク質 | 分子量: 44344.199 Da / 分子数: 2 / Fragment: ectodomain / Mutation: M171I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAG3, FDC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P18627 #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.07 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1% Tacsimate at pH 5.0, 0.05 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6 and 7% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.71→45.62 Å / Num. obs: 19405 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.092 % / Biso Wilson estimate: 115.23 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rrim(I) all: 0.218 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 7.43 / Num. measured all: 98804 / Scaling rejects: 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6DSI 解像度: 3.71→45.62 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 363.89 Å2 / Biso mean: 148.0848 Å2 / Biso min: 30 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.71→45.62 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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