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万見
- PDB-7tze: Structure of murine LAG3 domains 1-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tze
タイトルStructure of murine LAG3 domains 1-2
要素Lymphocyte activation gene 3 protein
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / Immune checkpoint / T cell / Ig-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of T cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein binding / MHC class II antigen presentation / negative regulation of interleukin-2 production / natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of immune response / T cell activation ...plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of T cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein binding / MHC class II antigen presentation / negative regulation of interleukin-2 production / natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of immune response / T cell activation / transmembrane signaling receptor activity / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor family / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lymphocyte activation gene 3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Ming, Q. / Tran, T.H. / Luca, V.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133482 米国
V Foundation for Cancer Research 米国
Rita Allen Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2022
タイトル: LAG3 ectodomain structure reveals functional interfaces for ligand and antibody recognition.
著者: Ming, Q. / Celias, D.P. / Wu, C. / Cole, A.R. / Singh, S. / Mason, C. / Dong, S. / Tran, T.H. / Amarasinghe, G.K. / Ruffell, B. / Luca, V.C.
履歴
登録2022年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lymphocyte activation gene 3 protein
C: Lymphocyte activation gene 3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3188
ポリマ－51,3092
非ポリマー1,0096
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.729, 92.534, 81.771
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 28 through 106 or (resid 107...
21(chain C and (resid 28 through 46 or (resid 47...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUARGARG(chain A and (resid 28 through 106 or (resid 107...AA28 - 1066 - 84
12SERSERSERSER(chain A and (resid 28 through 106 or (resid 107...AA10785
13GLUGLULEULEU(chain A and (resid 28 through 106 or (resid 107...AA28 - 2546 - 232
14GLUGLULEULEU(chain A and (resid 28 through 106 or (resid 107...AA28 - 2546 - 232
15GLUGLULEULEU(chain A and (resid 28 through 106 or (resid 107...AA28 - 2546 - 232
16GLUGLULEULEU(chain A and (resid 28 through 106 or (resid 107...AA28 - 2546 - 232
21GLUGLULEULEU(chain C and (resid 28 through 46 or (resid 47...CB28 - 466 - 24
22LYSLYSPROPRO(chain C and (resid 28 through 46 or (resid 47...CB47 - 4925 - 27
23LYSLYSLEULEU(chain C and (resid 28 through 46 or (resid 47...CB27 - 2545 - 232
24LYSLYSLEULEU(chain C and (resid 28 through 46 or (resid 47...CB27 - 2545 - 232
25LYSLYSLEULEU(chain C and (resid 28 through 46 or (resid 47...CB27 - 2545 - 232
26LYSLYSLEULEU(chain C and (resid 28 through 46 or (resid 47...CB27 - 2545 - 232

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要素

#1: タンパク質 Lymphocyte activation gene 3 protein / LAG-3 / Activation-induced cytidine deaminase-linked autoimmunity protein / Aida


分子量: 25654.330 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lag3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q61790
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→40.27 Å / Num. obs: 32665 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.846 % / Biso Wilson estimate: 56.032 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.176 / Net I/σ(I): 8.28 / Num. measured all: 125635
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.183.9761.3280.9320446534151420.5361.53496.3
2.18-2.333.960.9561.3919790505749980.6791.10798.8
2.33-2.513.7840.5872.2917429469546060.8680.68598.1
2.51-2.753.7210.348415774434342390.9320.40897.6
2.75-3.083.9490.1957.715271389638670.9740.22699.3
3.08-3.553.8370.09713.8813226349334470.9920.11298.7
3.55-4.343.7290.05921.3710572290328350.9950.06997.7
4.34-6.133.8020.04925.868664229522790.9960.05799.3
6.13-40.273.5650.04127.214463128412520.9980.04897.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1-3660_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L1D, 3B43

4l1d

3b43


解像度: 2.12→40.27 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1515 5.06 %
Rwork0.2121 28429 -
obs0.2133 29944 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 199.57 Å2 / Biso mean: 75.8027 Å2 / Biso min: 32.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→40.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3227 0 64 81 3372
Biso mean--81.9 63.57 -
残基数----416
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1262X-RAY DIFFRACTION14.12TORSIONAL
12C1262X-RAY DIFFRACTION14.12TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.12-2.180.41961410.37892560270199
2.18-2.260.35391350.35462604273999
2.26-2.350.3671390.33442580271999
2.35-2.460.32771150.30282560267598
2.46-2.590.34011330.29172539267296
2.59-2.750.31921410.27732600274199
2.75-2.960.26781670.25162561272899
2.96-3.260.27971330.23232619275299
3.26-3.730.24111630.19652515267897
3.73-4.70.18581220.16232638276099
4.7-40.270.16051260.1732653277998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.24183.44593.60158.09245.41836.2217-0.0886-0.3290.3071-0.5172-0.2120.3355-0.26-0.23350.18230.55560.04260.05430.6796-0.1680.5717-2.488533.035836.4481
24.88151.45541.6796.35750.45765.2125-0.057-0.6042-0.23110.18810.01010.0162-0.1455-0.26120.080.33750.05870.0320.49540.0190.3496-11.29864.088522.9225
34.4088-2.54080.22837.6996-1.63137.03540.28340.419-0.7407-0.4295-0.06150.95230.6664-0.6595-0.19660.3868-0.05750.0050.3629-0.00020.7983-44.056521.6454-9.3707
48.5861-1.32174.38723.0865-1.02269.4877-0.4159-1.26530.65650.83850.2066-0.1966-1.15580.85460.35290.6596-0.04860.05190.48660.02880.674-37.536836.01690.8314
52.1986-2.47021.60594.2889-3.05262.19160.33921.6210.1261-0.68360.36460.0994-0.57060.36130.17521.02180.0225-0.00241.08590.01761.3959-38.590531.5465-20.6327
66.3388-2.5122.29376.4131-0.72646.50230.05810.4316-0.6626-0.3119-0.01930.1358-0.0965-0.1531-0.10990.5104-0.02660.05790.30760.01370.7095-40.950824.1539-9.2877
78.0924-0.78731.06823.90380.22552.2122-0.17350.4343-0.4294-0.04080.1413-0.01980.04660.1074-0.03080.3497-0.03540.01420.2386-0.00350.4116-19.79890.9722.5114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 163 )A28 - 163
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 164 through 254 )A164 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 27 through 66 )C27 - 66
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 67 through 100 )C67 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 101 through 115 )C101 - 115
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 116 through 163 )C116 - 163
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 164 through 254 )C164 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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