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- PDB-7txa: Structure of the Class II Fructose-1,6-Bisphophatase from Francis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7txa
タイトルStructure of the Class II Fructose-1,6-Bisphophatase from Francisella tularensis complexed with native metal cofactor Mn++ and product F6P
要素Fructose-1,6-bisphosphatase
キーワードHYDROLASE/PRODUCT / class II FBPases / fructose-1 / 6-bisphosphatase / Francisella tularensis / Mycobacterium tuberculosis / gluconeogenesis / antibiotic targets / HYDROLASE / HYDROLASE-PRODUCT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol metabolic process / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / gluconeogenesis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphatase class 2/Sedoheputulose-1,7-bisphosphatase / Bacterial fructose-1,6-bisphosphatase, glpX-encoded
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / : / Fructose-1,6-bisphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Abad-Zapatero, C. / Selezneva, A.I.
資金援助2件
組織認可番号国
Other privatePotts Memorial Foundation G3541
Other privateChicago Biomedical Consortium 084679-00001
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: New structures of Class II Fructose-1,6-Bisphosphatase from Francisella tularensis provide a framework for a novel catalytic mechanism for the entire class.
著者: Selezneva, A.I. / Harding, L.N.M. / Gutka, H.J. / Movahedzadeh, F. / Abad-Zapatero, C.
履歴
登録2022年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-1,6-bisphosphatase
B: Fructose-1,6-bisphosphatase
C: Fructose-1,6-bisphosphatase
D: Fructose-1,6-bisphosphatase
Q: Fructose-1,6-bisphosphatase
U: Fructose-1,6-bisphosphatase
W: Fructose-1,6-bisphosphatase
1: Fructose-1,6-bisphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,34921
ポリマ－296,2248
非ポリマー1,12513
水7,152397
1
A: Fructose-1,6-bisphosphatase
B: Fructose-1,6-bisphosphatase
C: Fructose-1,6-bisphosphatase
D: Fructose-1,6-bisphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,70211
ポリマ－148,1124
非ポリマー5907
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11910 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area45070 Å2
手法PISA
2
Q: Fructose-1,6-bisphosphatase
U: Fructose-1,6-bisphosphatase
W: Fructose-1,6-bisphosphatase
1: Fructose-1,6-bisphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,64710
ポリマ－148,1124
非ポリマー5356
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12370 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area44610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.394, 76.628, 141.465
Angle α, β, γ (deg.)76.839, 87.235, 75.707
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Fructose-1,6-bisphosphatase


分子量: 37028.062 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア)
遺伝子: glpX, EGT35_01410, FNC33_05530, FNC42_07040 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2ZJY0
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 6.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月23日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→39.1 Å / Num. obs: 101338 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 42.17 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.075 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 17.55
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 9973 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.55 / Rsym value: 0.39 / Χ2: 0.75 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
REFMAC5精密化
MOLREP位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7js3

7js3


解像度: 2.4→39.1 Å / SU ML: 0.3292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.3821
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2478 5064 5 %
Rwork0.1958 96217 -
obs0.1984 101281 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19347 0 43 397 19787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009119587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.197626435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06473115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00653459
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.60272777
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.430.35891760.27463120X-RAY DIFFRACTION97.63
2.43-2.460.29691820.27223245X-RAY DIFFRACTION97.72
2.46-2.490.3391800.26573145X-RAY DIFFRACTION97.85
2.49-2.520.3291750.26783190X-RAY DIFFRACTION98.02
2.52-2.550.31121610.25963224X-RAY DIFFRACTION98.06
2.55-2.590.31261600.23923144X-RAY DIFFRACTION97.84
2.59-2.620.31251550.24553228X-RAY DIFFRACTION98.14
2.62-2.660.28261590.24533231X-RAY DIFFRACTION98.12
2.66-2.70.33121690.25263173X-RAY DIFFRACTION98.21
2.7-2.750.34361590.25313238X-RAY DIFFRACTION98.18
2.75-2.790.29791640.2473154X-RAY DIFFRACTION98.4
2.79-2.850.2751560.24133266X-RAY DIFFRACTION98.5
2.85-2.90.3041400.24353217X-RAY DIFFRACTION98.36
2.9-2.960.33021750.25173211X-RAY DIFFRACTION98.37
2.96-3.020.30431600.23873205X-RAY DIFFRACTION98.48
3.02-3.090.34691800.24633179X-RAY DIFFRACTION98.71
3.09-3.170.29751730.23433223X-RAY DIFFRACTION98.55
3.17-3.260.26122060.22573169X-RAY DIFFRACTION98.66
3.26-3.350.30211850.2153199X-RAY DIFFRACTION98.66
3.35-3.460.25371710.20533205X-RAY DIFFRACTION98.74
3.46-3.580.23431810.20133194X-RAY DIFFRACTION98.83
3.58-3.730.24971630.18683245X-RAY DIFFRACTION98.93
3.73-3.90.23331400.1713273X-RAY DIFFRACTION98.87
3.9-4.10.21531750.1783192X-RAY DIFFRACTION99.06
4.1-4.360.21611820.15633233X-RAY DIFFRACTION99.22
4.36-4.70.15491580.14213257X-RAY DIFFRACTION99.16
4.7-5.170.22411610.15693236X-RAY DIFFRACTION99.1
5.17-5.910.251560.17143263X-RAY DIFFRACTION99.22
5.91-7.440.18541870.15923193X-RAY DIFFRACTION99.27
7.44-39.10.17421750.14873165X-RAY DIFFRACTION97.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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