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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7twe | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Putative Oxidoreductase of DUF1479-containing Protein Family YPO2976 from Yersinia pestis Bound to 2-oxo-glutaric acid | ||||||
要素 | DUF1479 domain-containing protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Uncharacterized protein / oxidoreductase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | Gig2-like / Gig2-like / Isopenicillin N synthase-like superfamily / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / DUF1479 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of the Putative Oxidoreductase of DUF1479-containing Protein Family YPO2976 from Yersinia pestis Bound to 2-oxo-glutaric acid 著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7twe.cif.gz | 404.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7twe.ent.gz | 275.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7twe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7twe_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7twe_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7twe_validation.xml.gz | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7twe_validation.cif.gz | 40 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/7twe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/7twe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4rgkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47516.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: YPO2976 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: A0A3G5LE49 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.71 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Sodium Chloride, 0.1 M TrisHCl pH 8.5, 25 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 32217 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 35.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 1204 / CC1/2: 0.65 / Rpim(I) all: 0.355 / Rrim(I) all: 0.553 / % possible all: 72.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ID 4RGK 解像度: 2.41→38.33 Å / SU ML: 0.2821 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.2792 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.41→38.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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