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Yorodumi- PDB-7twe: Crystal Structure of the Putative Oxidoreductase of DUF1479-conta... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7twe | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Putative Oxidoreductase of DUF1479-containing Protein Family YPO2976 from Yersinia pestis Bound to 2-oxo-glutaric acid | ||||||
Components | DUF1479 domain-containing protein | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Uncharacterized protein / oxidoreductase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Gig2-like / Gig2-like / Isopenicillin N synthase-like superfamily / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / DUF1479 domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Yersinia pestis CO92 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.41 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of the Putative Oxidoreductase of DUF1479-containing Protein Family YPO2976 from Yersinia pestis Bound to 2-oxo-glutaric acid Authors: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7twe.cif.gz | 404.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7twe.ent.gz | 275.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7twe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7twe_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7twe_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 7twe_validation.xml.gz | 29.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7twe_validation.cif.gz | 40 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/7twe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/7twe | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4rgkS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 47516.004 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pestis CO92 (bacteria) / Strain: CO92 / Gene: YPO2976 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): gold / References: UniProt: A0A3G5LE49 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M Sodium Chloride, 0.1 M TrisHCl pH 8.5, 25 % (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 5, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 32217 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 35.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 9.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.44 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 1204 / CC1/2: 0.65 / Rpim(I) all: 0.355 / Rrim(I) all: 0.553 / % possible all: 72.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ID 4RGK Resolution: 2.41→38.33 Å / SU ML: 0.2821 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.2792 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.41→38.33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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