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- PDB-7twe: Crystal Structure of the Putative Oxidoreductase of DUF1479-conta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7twe
タイトルCrystal Structure of the Putative Oxidoreductase of DUF1479-containing Protein Family YPO2976 from Yersinia pestis Bound to 2-oxo-glutaric acid
要素DUF1479 domain-containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Uncharacterized protein / oxidoreductase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性Gig2-like / Gig2-like / Isopenicillin N synthase-like superfamily / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / DUF1479 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Putative Oxidoreductase of DUF1479-containing Protein Family YPO2976 from Yersinia pestis Bound to 2-oxo-glutaric acid
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2022年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF1479 domain-containing protein
B: DUF1479 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4967
ポリマ－95,0322
非ポリマー4645
水1,56787
1
A: DUF1479 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7173
ポリマ－47,5161
非ポリマー2012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DUF1479 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7794
ポリマ－47,5161
非ポリマー2633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.426, 54.054, 148.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.971, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 DUF1479 domain-containing protein


分子量: 47516.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: YPO2976 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: A0A3G5LE49
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Sodium Chloride, 0.1 M TrisHCl pH 8.5, 25 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 32217 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 35.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 1204 / CC1/2: 0.65 / Rpim(I) all: 0.355 / Rrim(I) all: 0.553 / % possible all: 72.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 4RGK

4rgk


解像度: 2.41→38.33 Å / SU ML: 0.2821 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.2792
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 1409 5.09 %
Rwork0.1979 26267 -
obs0.1999 27676 81.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→38.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6425 0 26 87 6538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00166623
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.40928993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0401948
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00421210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5462457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.490.3753580.27161149X-RAY DIFFRACTION35.74
2.49-2.590.2969790.25251767X-RAY DIFFRACTION54.97
2.59-2.710.30071020.25942079X-RAY DIFFRACTION65.18
2.71-2.850.30271360.24742439X-RAY DIFFRACTION76.64
2.85-3.030.28631560.24242829X-RAY DIFFRACTION88.73
3.03-3.270.26971620.2283106X-RAY DIFFRACTION98.05
3.27-3.590.25211850.19453207X-RAY DIFFRACTION99.71
3.59-4.110.20081650.17153199X-RAY DIFFRACTION99.67
4.11-5.180.21061630.16143226X-RAY DIFFRACTION99.65
5.18-38.330.19892030.18713266X-RAY DIFFRACTION98.55
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.303729079890.469973485090.3272218170683.411323139962.028731024812.90450482799-0.1554470946360.243858584648-0.2289299137140.238110381415-0.2982704924490.3795194671720.764344966456-0.8018919531010.4392202164870.374916205832-0.119133187495-0.009671295871680.248589498477-0.005807728604150.173258124616-3.78261339079-11.874857092348.7767461268
22.5775449938-0.0375645059619-0.7028532436991.650519939970.3118829687363.479028736650.000943771681454-0.5787762995450.3715950485090.2294690527550.173611863208-0.125641318601-0.04033564646540.387612332939-0.1403049524440.2439471061090.0892272406954-0.05559159974340.363233838921-0.1464545609190.25421554085914.89485340425.26230823265.3603320325
32.40071969029-0.447523844038-0.159248663972.362831790481.591301508763.55131799644-0.0924356916529-0.02273533368510.02836274829430.04342738510740.100133104138-0.09542071895190.396930562407-0.0997368323153-0.009526500567160.227238234657-0.02961226838230.007276894309060.200744395723-0.01304589106290.132326856734.59535828939-3.1206365617853.4612108629
43.26331550721-0.08393809216220.2512697743551.60968177944-0.4977802055133.554092983650.0834035774811-0.4016994760920.275456700611-0.3781308751880.08706416198510.00769410018550.112161728440.433635186792-0.1349874520980.1729967513750.0389154021512-0.06789443465580.387191773873-0.1735709773560.2784432184218.53469196345.0535701057159.6907390099
52.556134241661.816218861371.417072023722.46535430991.217994119464.39136422986-0.329915055239-0.5294414820390.3217869646280.07716452624110.234827536584-0.709549631504-0.2575891358420.9044699039110.09294570281760.1971743832650.0900116794427-0.0589435640920.649953119835-0.3010136433880.52014625253930.48753268376.9630202275661.4366799897
61.83665819297-0.0774848197506-0.08574004674942.806484889341.196596937482.704691164510.0480632775883-0.01576736202710.602473032010.2341418441030.002500616581170.548960997732-0.56326267358-0.761657335980.2177117621450.4074806504340.1233376742160.1487884848520.160104785862-0.001557821136250.395706249306-0.1021390412435.5998815084924.5103336031
73.280564465060.67159820013-0.7700497259370.7276326672390.4023797838332.16967093883-0.1068616936310.950453945842-0.52941709577-0.107930765605-0.0106413762871-0.07209335487720.141663768766-0.0680146043092-0.007594077725030.202939446564-0.05901892256140.03429263717330.49536485392-0.161426838690.30327588027918.7715527559-15.45573010477.59299095114
83.36727846904-0.515873125257-0.1504634041830.9990798349890.2741482425332.693699775660.04961962241770.4031021052710.4225223748340.0589756934878-0.0123058065165-0.210110618857-0.4886161407630.0665096793017-0.07018945580540.261577365948-0.02465220326970.06184231757150.2224667424770.03920055922260.27320557456215.64074305050.70807122441717.8713659073
93.56992588121-0.832669695704-0.6537170723091.609835739120.2241788219682.24039437963-0.04554782255950.285093494437-0.1369419065170.1527783340460.00945438098989-0.0190080075081-0.02634001463750.007126500534340.02091084179490.180765497392-0.06916449325720.02852514250190.204190668117-0.03522461192170.16371151266616.5946467625-9.7482187149618.4567455537
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 52 )AA3 - 521 - 50
22chain 'A' and (resid 53 through 185 )AA53 - 18551 - 178
33chain 'A' and (resid 186 through 342 )AA186 - 342179 - 335
44chain 'A' and (resid 343 through 379 )AA343 - 379336 - 372
55chain 'A' and (resid 380 through 416 )AA380 - 416373 - 409
66chain 'B' and (resid 5 through 52 )BD5 - 521 - 48
77chain 'B' and (resid 53 through 162 )BD53 - 16249 - 142
88chain 'B' and (resid 163 through 259 )BD163 - 259143 - 239
99chain 'B' and (resid 260 through 415 )BD260 - 415240 - 395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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